瑪卡的副作用在臨床試驗上主要表現為吃後容易上火，所以一般容易上火的要少量吃瑪卡。對於正在上火的人，吃瑪卡會加重上火的病情，所以建議少吃甚至不吃。　　瑪卡不能吃的太多，一般建議一天不超過25克，吃的太多容易上火，而且可能達不到預期的效果。如果在吃瑪卡上火後，可以適當吃一些味苦的食物，如苦瓜、杏仁、苦菜，這是下火最好的辦法；當然也可以喝一些下火茶，比如苦丁茶、苦蕎麥、芥蘭、旱金蓮等。　　雖然瑪卡是純天然的植物，食用瑪咖對人體的損害很小，但這並不表示所有人都適合吃瑪卡，特別是以下幾類人群：　　

1、嬰幼兒　　瑪卡雖然是一種天然食物，可以快速補充人的精力、改善善睡眠等功效，但是瑪卡中獨有的瑪卡烯和瑪卡醯胺具有調節荷爾蒙，提高人的性慾和效能力，這個不適合嬰幼兒吃。因為有可能導致孩子早熟，所以瑪卡產品不建議嬰幼兒服用。　　

2、哺乳期婦女　　瑪卡能夠增強性慾，而且瑪卡中的營養成分是否會對哺乳期媽媽的奶水成分造成影響，目前還沒有確切的研究證明，哺乳期媽媽吃瑪卡其奶水是否對胎兒有影響。在這種情況下，為了保險起見，不建議吃瑪卡。　　

3、孕婦　　是指處於懷孕期的女性，在懷孕期間，由於出於孩子的保護，一般都會停止同房，而瑪卡可以增強性慾、提高效能力，這不利於孕婦保胎，從另一方面講，目前並沒有臨床證明瑪卡的營養成分不會對胎兒產生不好的影響，但是為了保險起見，不建議孕婦吃瑪卡。　　

4、甲狀腺疾病患者　　瑪卡中有一種叫硫代葡萄糖甙的化合物，由於飲食中或多或少都有一些碘攝入，而硫代葡萄糖甙結合碘可能會導致甲狀腺腫脹，這對甲狀腺疾病患者會產生一系列影響。　　

5、未成年人　　專家認為瑪卡不適合未成年人食用，未成年人處於發育期，是正在長身體的時候，建議多吃各種營養豐富的蔬菜、水果，這樣就可以發育的很好，從健康意義上講，只要營養跟得上，一般都可以健康成長。