其實沒有明顯的界限，如果非要區分的話傳統的化學合成工藝沒有生物活性的大分子（蛋白質、核酸等）或微生物的參與，而是透過人工設計的合成路線，以經典的有機反應進行合成的生物技術的引入主要體現在生物活性分子，如各種酶，參與到合成中，最大的優勢在於反應的選擇性提高、反應條件更溫和、反應速率也有一定的提高，同時微生物參與的合成則更為便捷，如染色體被修改了的大腸桿菌已經被用於合成藥物，只需要提供含有人工合成的原料的培養液，大腸桿菌體內的各種酶就能利用這些原料來合成藥物

其實沒有明顯的界限，如果非要區分的話

傳統的化學合成工藝沒有生物活性的大分子（蛋白質、核酸等）或微生物的參與，而是透過人工設計的合成路線，以經典的有機反應進行合成的

生物技術的引入主要體現在生物活性分子，如各種酶，參與到合成中，最大的優勢在於反應的選擇性提高、反應條件更溫和、反應速率也有一定的提高，同時微生物參與的合成則更為便捷，如染色體被修改了的大腸桿菌已經被用於合成藥物，只需要提供含有人工合成的原料的培養液，大腸桿菌體內的各種酶就能利用這些原料來合成藥物

生物藥物是生物製品,藥效比化學藥物的高,同時它的毒副作用較小,而化學藥物它的成本雖然較低,但毒副作用較高,同時用多就會有耐藥性.化學藥物是透過化學反應合成的藥物發 各有優點，生物技術主要是有機合成特別生物活性物質合成如胰島素（現在用細菌轉基因生產），疫苗用動物活體或器官培養，這些化學合成成本高或者幾乎不能合成，但其缺點是反應環境等要求苛刻，而且反應物含有異性蛋白易導致過敏等.但很多藥物都是化學實際反應透過很多步驟合成特點產量大，但副產物多收成率低和汙染環境.生物藥品不需要肝腎代謝是體內活性物質，而化學藥物很多需要肝腎代謝長期應用會損害肝腎.