甲基化檢測有很多方法：

1、甲基化特異性的PCR(Methylation-specific PCR，MSP)

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，所有未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變；隨後設計針對甲基化和非甲基化序列的引物進行PCR。透過電泳檢測MSP擴增產物，如果用針對處理後甲基化DNA鏈的引物能得到擴增片段，則說明該位點存在甲基化；反之，說明被檢測的位點不存在甲基化。

2、亞硫酸氫鹽測序法(Bisulfite sequencing PCR，BSP)

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，則未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變。隨後設計BSP引物進行PCR，在擴增過程中尿嘧啶全部轉化為胸腺嘧啶，最後對PCR產物進行測序就可以判斷CpG位點是否發生甲基化稱為BSP-直接測序方法。將PCR產物克隆至載體後進行測序，可以提高測序成功率，這種方法稱為BSP-克隆測序法。

3、甲基化敏感擴增多型性 (Methylation-Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP) MSAP是利用對DNA甲基化敏感的兩種同裂酶Hpa II和Msp I來對基因組DNA進行酶切和連線。由於兩種酶能夠識別相同的限制性酶切位點，即CCGG位點。當DNA序列中的CCGG位點出現不同程度的甲基化狀態時，會分別被這兩種酶識別，以有無產物的方式體現出來。

4、焦磷酸測序(Pyrosequencing)

透過準確定量單個連續的CpG 位點上的甲基化頻率，焦磷酸測序能檢測並定量甲基化水平上的細微改變。在序列延伸過程中，根據C和T的摻入量來定量確定單個位點的C-T比例。因此，不同位點的甲基化變異就能被準確檢測。由於焦磷酸測序提供了真實的序列資料，甲基化狀態也就以序列形式呈現。

等等。。。

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