所謂分公司財務獨立核算是指，工程專案的收入和成本都在分公司核算，分公司以分公司的名義建立會計賬本進行成本和收入的核算，而不獨立核算是指分公司以總公司的名義建立會計賬本進行成本和收入的核算。分公司財務獨立核算下的工程專案會計核算應按照以下辦法處理：
分公司以工程專案的存續為生命週期，在賬務上，與總公司的款項往來屬於“內部往來”，分公司對專案的核算制度要求與總公司保持一致，每個會計期末，總公司需要將其納入編制彙總財務報表。
案例分析：甲路橋工程有限公司系一傢俱有特級施工資質的總公司，於2012年1月與客戶簽訂了一項總額為5000萬元的公路施工承包合同，該工程全部由其分公司乙公司承建，該施工3月份已全面開工，計劃在2013年9月完工，預計該工程的總成本為4500萬元，2月份根據合同預收工程款300萬元已如期到總公司的賬，假設至 2012年末工程實際發生成本2700萬元，全部由總公司支付給其分公司乙的賬上，總公司與建設方已結算工程價款1800萬元，假設採用完工百分比法進行核算，該公司工程專案的會計核算處理如下：
1、總公司甲的會計核算
(1)收到預收工程款時的賬務處理：
借：銀行存款 300萬
貸：預收賬款 300萬
(2)繳納預收賬款的營業稅時：
借：應交稅費——營業稅 9萬
貸：銀行存款(或現金) 9萬
(3)登記發生成本時：
借：內部往來——分公司乙(合同成本) 2700萬
貸：銀行存款 2700萬
同時，
借：工程施工——合同成本 2700萬
貸：內部往來——分公司乙(合同成本) 2700萬
(4)年底確認收入時：
完工程度2700÷4500=60%，收入為5000×60%=3000萬元，毛利為(5000-4500)×60%=300萬元。
借：主營業務成本 2700萬
工程施工——合同毛利 300萬
貸：主營業務收入 3000萬
(5)提取收入的營業稅金時：
借：營業稅金及附加 90萬
貸：應交稅費——營業稅 90萬
(6)登記已結算工程款時：
借：預收賬款 300萬
應收賬款 1500萬
貸：工程結算 1800萬
(7) 2013年9月完工，總公司與甲方結算工程款時
借：應收賬款 3200萬
貸：工程結算 3200萬
(8)2013年收到結算款時
借：銀行存款 4700萬
貸：應收賬款 3200萬
(9)工程結算與工程施工對沖結平時r> 借：工程結算 5000萬
貸：工程施工——合同成本 4500萬
——合同毛利 500萬
2、分公司乙的會計核算
(1)收到總公司撥付的工程款時
借：銀行存款 2700萬
貸：內部往來——總公司(工程款) 2700萬
(2)登記發生成本時：
借：內部往來——總公司(工程款) 2700萬
貸：銀行存款、原材料、應付職工薪酬、累計折舊等 2700萬
當然，如果分公司要反映收入，則必須總公司與甲方必須商量好，甲方同意把工程款直接打入分公司賬上，分公司以自己而不是總公司的名義與甲方結算並開具發票給甲方。但到年底，總公司還是要編制彙總財務報表，按照總分公司企業所得稅預繳分配管理辦法進行報稅。
所謂分公司財務獨立核算是指，工程專案的收入和成本都在分公司核算，分公司以分公司的名義建立會計賬本進行成本和收入的核算，而不獨立核算是指分公司以總公司的名義建立會計賬本進行成本和收入的核算。分公司財務獨立核算下的工程專案會計核算應按照以下辦法處理：
分公司以工程專案的存續為生命週期，在賬務上，與總公司的款項往來屬於“內部往來”，分公司對專案的核算制度要求與總公司保持一致，每個會計期末，總公司需要將其納入編制彙總財務報表。
案例分析：甲路橋工程有限公司系一傢俱有特級施工資質的總公司，於2012年1月與客戶簽訂了一項總額為5000萬元的公路施工承包合同，該工程全部由其分公司乙公司承建，該施工3月份已全面開工，計劃在2013年9月完工，預計該工程的總成本為4500萬元，2月份根據合同預收工程款300萬元已如期到總公司的賬，假設至 2012年末工程實際發生成本2700萬元，全部由總公司支付給其分公司乙的賬上，總公司與建設方已結算工程價款1800萬元，假設採用完工百分比法進行核算，該公司工程專案的會計核算處理如下：
1、總公司甲的會計核算
(1)收到預收工程款時的賬務處理：
借：銀行存款 300萬
貸：預收賬款 300萬
(2)繳納預收賬款的營業稅時：
借：應交稅費——營業稅 9萬
貸：銀行存款(或現金) 9萬
(3)登記發生成本時：
借：內部往來——分公司乙(合同成本) 2700萬
貸：銀行存款 2700萬
同時，
借：工程施工——合同成本 2700萬
貸：內部往來——分公司乙(合同成本) 2700萬
(4)年底確認收入時：
完工程度2700÷4500=60%，收入為5000×60%=3000萬元，毛利為(5000-4500)×60%=300萬元。
借：主營業務成本 2700萬
工程施工——合同毛利 300萬
貸：主營業務收入 3000萬
(5)提取收入的營業稅金時：
借：營業稅金及附加 90萬
貸：應交稅費——營業稅 90萬
(6)登記已結算工程款時：
借：預收賬款 300萬
應收賬款 1500萬
貸：工程結算 1800萬
(7) 2013年9月完工，總公司與甲方結算工程款時
借：應收賬款 3200萬
貸：工程結算 3200萬
(8)2013年收到結算款時
借：銀行存款 4700萬
貸：應收賬款 3200萬
應收賬款 1500萬
(9)工程結算與工程施工對沖結平時r> 借：工程結算 5000萬
貸：工程施工——合同成本 4500萬
——合同毛利 500萬
2、分公司乙的會計核算
(1)收到總公司撥付的工程款時
借：銀行存款 2700萬
貸：內部往來——總公司(工程款) 2700萬
(2)登記發生成本時：
借：內部往來——總公司(工程款) 2700萬
貸：銀行存款、原材料、應付職工薪酬、累計折舊等 2700萬
當然，如果分公司要反映收入，則必須總公司與甲方必須商量好，甲方同意把工程款直接打入分公司賬上，分公司以自己而不是總公司的名義與甲方結算並開具發票給甲方。但到年底，總公司還是要編制彙總財務報表，按照總分公司企業所得稅預繳分配管理辦法進行報稅。