牡丹和其它花卉相同，有必要進行整枝修剪作業，以堅持株形漂亮，堅持地上有些和地下有些器官成長平衡。

　　1整枝:牡丹為叢生狀灌木，供欣賞定植的牡丹，每株留5-8個分枝，除掉纖細的冗長枝。留下的枝條要散佈均勻，高矮適度。如所留枝條部位不當令，也應除掉，選留根頸處的土芽(分櫱芽)，培育成枝。供繁衍用的植株，可徹底儲存其悉數土芽和枝條，愈繁密愈好，以分株培育枝幹。

　　2除芽:除芽能夠堅持枝條勻稱，開花茂盛，規整共同，操控花朵的多少和根部成長的強弱。植物名實圖考一書記載:"種牡丹者，必剔其嫩芽，則精脈聚於老幹，故有芍藥打頭，牡丹修腳之諺。"牡丹的花芽成長在頂芽或頂芽下的第一個側芽。因而，牡丹除芽主要是儲存頂芽，除掉土芽和選留出來的枝條上無用芽。為了堅持株形，還要去除過高枝條的頂芽，留其側芽令其開花;頂芽發育不健全者，應留下發育較好的側芽。

　　除芽時刻，通常在每年的春分與清明之間，過早，土芽沒有出土，在土壤內，對根部營養還能起輸導效果;過遲，牡丹冗枝成長旺盛，耗費了營養，按捺了枝條的正常成長。牡丹第一年培養後不進行除芽作業，留下一切的枝條和芽子，聽之任之成長。第二年春季，土芽伸長5-150px時開端除芽，選出健壯的或散佈均勻的枝條或土芽5-8個，其他的芽子用刀或用手悉數剷除淨。

　　牡丹嫁接後兩年內，最佳不讓其開花，春季發現有花蕾時及早除掉。特別採根供藥用的牡丹應如此。由於開一次花，要耗費很多的營養，影響植株根部成長，有的植株則出現晚年狀況。