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128 黑暗組織10億搶劫事件

132 魔術愛好者殺人事件(事件篇)

133 魔術愛好者殺人事件(疑惑篇)

136 藍色古堡搜尋事件(上集)

153 園子的夏日海灘冒險物語(上集)

154 園子的夏日海灘冒險物語(下集)

162 飛天密室 工藤新一最初的事件

176 與黑暗組織的再會(灰原篇)

177 與黑暗組織的再會(柯南篇)

188 危命的復活 洞窟內的偵探團

189 危命的復活 負傷之下的名偵探

190 危命的復活 第三個選擇

191 危命的復活 黑衣騎士

192 危命的復活 新一回來了

193 危命的復活 約定的場所

222 人魚又再度哭泣(事件篇)

223 人魚又再度哭泣(推理篇)

224 人魚又再度哭泣(解決篇)

253 本廳刑事戀愛物語4(前篇)

266 情人節的真實(事件篇)

267 情人節的真實(推理篇)

268 情人節的真實(解決篇)

286 工藤新一紐約事件(事件篇)

287 工藤新一紐約事件(推理篇)

288 工藤新一紐約事件(解決篇)

304 震動警視廳 1200萬名人質

（因為這一集，讓我們認識了松田陣平……永遠的痛……超級感人！！！可以說是柯南最經典的特別篇！！第二個五星推薦！！！）

309 同黑暗組織的接觸(交涉篇)

310 同黑暗組織的接觸(追蹤篇)

323 服部平次一籌莫展(前篇)

333 像公主的人(前篇)

345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案

385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(前奏曲)

386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(間奏曲)

411 神社鳥居之驚悚暗號(前篇)

415 佛滅前出現的惡靈(事件篇)

416 佛滅前出現的惡靈(推理篇)

457 園子的紅手帕(前篇)

469 怪盜KID與四幅名畫(前篇)

472 工藤新一少年的冒險(前篇)

491 紅與黑的碰撞 開端

492 紅與黑的碰撞 血緣

493 紅與黑的碰撞 絕叫

494 紅與黑的碰撞 冥土

495 紅與黑的碰撞 昏睡

496 紅與黑的碰撞 侵入

497 紅與黑的碰撞 覺醒

498 紅與黑的碰撞 攪亂

499 紅與黑的碰撞 偽裝

500 紅與黑的碰撞 遺言

501 紅與黑的碰撞 嫌疑

502 紅與黑的碰撞 潔白

503 紅與黑的碰撞 決死

504 紅與黑的碰撞 殉職

劇情介紹：

高中生偵探工藤新一和青梅竹馬的同學毛利蘭一同去遊樂園玩的時候，目擊了黑衣男子的可疑交易現場。只顧偷看交易的工藤新一，卻忽略了從背後接近的另一名同夥。他被那名男子灌下了毒藥，當他醒來時，身體居然縮小了！

如果讓那些傢伙知道工藤新一還活著的話，不僅性命難保，還會危及身邊的人。在阿笠博士的建議下他決定隱瞞身份，在被小蘭問及名字時，化名江戶川柯南，為了蒐集那些傢伙的情報，寄住在父親以偵探為業的小蘭家中。

謎團重重的黑衣組織……他所瞭解的，就只有他們是以酒的名稱作為代號的。為了揭露那些傢伙的真面目，小小偵探江戶川柯南的活躍開始了！