沉香的功能主治多以行、降、溫為主。《海藥本草》曰：沉香主心腹痛，霍亂，中惡邪，鬼疰，清人神，並宜酒煮服之；諸瘡腫宜入膏用。內服可以酒服，外用以為膏。《日華子本草》雲：沉香調中，補五臟，益精壯陽，暖腰膝，去邪氣，止轉筋吐瀉、冷氣，破癥癖，治冷風麻痺，骨節不任，溼風面板癢，心腹痛，氣痢。此時對沉香的藥用功效有了較為全面的認識。
宋代以後，對沉香臨床應用的認識有了較大的發展，《本草衍義》曰：然《經》中止言療風水毒腫，去惡氣，餘更無治療。今醫家用以保和衛氣，為上品藥，須極細為佳。今人故多與烏藥磨服，走散滯氣，獨行則勢弱，與他藥相佐，當緩取效，有益無損。其保和衛氣與《日華子本草》中調中，補五臟相似。
明代《本草綱目》認為沉香還可治上熱下寒，氣逆喘急，大腸虛閉，小便氣淋，男子精冷，並收集了治療諸虛寒熱、胃冷久呃、心神不足、腎虛目黑、胞轉不通、大腸虛閉、痘瘡黑陷等病症的藥方。明代陳嘉謨《本草蒙筌》曰：補相火抑陰助陽，養諸氣通天徹地。轉筋吐瀉能止，噤口痢痛可驅。明代繆希雍在其《神農本草經疏》中謂：沉香治冷氣、逆氣、氣鬱、氣結，殊為要藥。《本草通玄》雲：扶脾而執行不倦，達腎而導火歸元，有降氣之功，無破氣之害。《藥品化義》雲：沉香有通天徹地之功，治胸背四肢諸癰及面板作癢。且香能溫養臟腑，保和衛氣。若寒溼滯於下部，此能佐舒經藥，善驅除邪氣；若跌撲損傷，以此佐和血藥，能散瘀定痛；若怪異諸病，以此佐攻痰藥，能降氣安神。總之，疏通經絡，血隨氣行，痰隨氣轉，幾屬痛癢，無不悉愈。
清代《本草述》中對沉香功效大加推崇，雲：按諸香如木香之專調滯氣，丁香之專療寒氣，檀香之升理上焦氣，皆不得如沉香之功能，言其養諸氣，保和衛氣，降真氣也。木香能疏導滯氣，而沉之宜於氣鬱氣結者，則有不同；木香能升降滯氣，而沉之能升降真氣者，則有不同；丁香能祛寒開胃，而沉之調中止冷者，則有不同；檀香能開發清陽，而沉之升降水火者，則有不同。《本草新編》雲：沉香，溫腎而又通心，用黃連、肉桂以交心腎者，不若用沉香更為省事，一藥而兩用之也。但用之以交心腎，須用之一錢為妙，不必水磨，切片為末，調入於心腎補藥中同服可也。吳儀洛輯《本草從新》載：諸木皆浮，而沉香獨沉，故能下氣而墜痰涎。怒則氣上，能平肝下氣。能降亦能升，故能理諸氣調中。黃宮繡著《本草求真》雲：能補火、暖精、壯陽。是以心腹疼痛，噤口毒痢，癥癖邪惡，冷風麻痺，氣痢氣淋，冷字氣字宜審。審其病因屬虛屬寒，俱可用此調治……並婦女強忍入房，或過忍尿以致胞轉不通。清康熙年間著名醫家張璐在其《本經逢原》中載：沉水香專於化氣，諸氣鬱結不伸者宜之。溫而不燥，行而不洩，扶脾達腎，攝火歸元。主大腸虛秘，小便氣淋及痰涎血出於脾者之要藥。《醫林纂要》：堅腎，潤命門，溫中，燥脾溼，瀉心，降逆氣，凡一切不調之氣皆能調之。並治噤口毒痢及邪惡冷風寒痺。可看出，沉香的主要功能在於行氣、溫中、納氣，兼有保和衛氣、暖精、壯陽之功。
而現今的《全國中草藥彙編》中記載沉香可行氣止痛、溫中止嘔、納氣平喘，用於胸腹脹悶疼痛、胃寒嘔吐呃逆、腎虛氣逆喘急，從主治看偏於行氣。《中藥大辭典》記載沉香可降氣溫中、暖腎納氣，用於治氣逆喘息、嘔吐呃逆、脘腹脹痛、腰膝虛冷、大腸虛秘、小便氣淋、男子精冷，從應用看偏於降氣暖腎。《中華本草》稱其可行氣止痛、溫中降逆、納氣平喘，用於脘腹冷痛、氣逆喘息、胃寒嘔吐呃逆、腰膝虛冷、大腸虛秘、小便氣淋。中國從1953年後的《中國藥典》記載沉香功能與主治均依從《全國中草藥彙編》中的記載。
在用藥禁忌上面，《本草經疏》雲：中氣虛，氣不歸元者忌之；心經有實邪者忌之；非命門真火衰者，不宜入下焦藥用。《本草匯言》曰：陰虛氣逆上者切忌。《本經逢原》雲：氣虛下陷人，不可多服。《本草從新》雲：陰虧火旺者，切勿沾唇。《雷公炮製藥性解》雲：然香劑多燥，未免傷血，必下焦虛寒者宜之。若水髒衰微，相火盛炎者，誤用則水益枯而火益烈，禍無極矣。今多以為平和之劑，無損於人，輒用以化氣，其不禍人者幾希。
沉香的功能主治多以行、降、溫為主。《海藥本草》曰：沉香主心腹痛，霍亂，中惡邪，鬼疰，清人神，並宜酒煮服之；諸瘡腫宜入膏用。內服可以酒服，外用以為膏。《日華子本草》雲：沉香調中，補五臟，益精壯陽，暖腰膝，去邪氣，止轉筋吐瀉、冷氣，破癥癖，治冷風麻痺，骨節不任，溼風面板癢，心腹痛，氣痢。此時對沉香的藥用功效有了較為全面的認識。
宋代以後，對沉香臨床應用的認識有了較大的發展，《本草衍義》曰：然《經》中止言療風水毒腫，去惡氣，餘更無治療。今醫家用以保和衛氣，為上品藥，須極細為佳。今人故多與烏藥磨服，走散滯氣，獨行則勢弱，與他藥相佐，當緩取效，有益無損。其保和衛氣與《日華子本草》中調中，補五臟相似。
明代《本草綱目》認為沉香還可治上熱下寒，氣逆喘急，大腸虛閉，小便氣淋，男子精冷，並收集了治療諸虛寒熱、胃冷久呃、心神不足、腎虛目黑、胞轉不通、大腸虛閉、痘瘡黑陷等病症的藥方。明代陳嘉謨《本草蒙筌》曰：補相火抑陰助陽，養諸氣通天徹地。轉筋吐瀉能止，噤口痢痛可驅。明代繆希雍在其《神農本草經疏》中謂：沉香治冷氣、逆氣、氣鬱、氣結，殊為要藥。《本草通玄》雲：扶脾而執行不倦，達腎而導火歸元，有降氣之功，無破氣之害。《藥品化義》雲：沉香有通天徹地之功，治胸背四肢諸癰及面板作癢。且香能溫養臟腑，保和衛氣。若寒溼滯於下部，此能佐舒經藥，善驅除邪氣；若跌撲損傷，以此佐和血藥，能散瘀定痛；若怪異諸病，以此佐攻痰藥，能降氣安神。總之，疏通經絡，血隨氣行，痰隨氣轉，幾屬痛癢，無不悉愈。
清代《本草述》中對沉香功效大加推崇，雲：按諸香如木香之專調滯氣，丁香之專療寒氣，檀香之升理上焦氣，皆不得如沉香之功能，言其養諸氣，保和衛氣，降真氣也。木香能疏導滯氣，而沉之宜於氣鬱氣結者，則有不同；木香能升降滯氣，而沉之能升降真氣者，則有不同；丁香能祛寒開胃，而沉之調中止冷者，則有不同；檀香能開發清陽，而沉之升降水火者，則有不同。《本草新編》雲：沉香，溫腎而又通心，用黃連、肉桂以交心腎者，不若用沉香更為省事，一藥而兩用之也。但用之以交心腎，須用之一錢為妙，不必水磨，切片為末，調入於心腎補藥中同服可也。吳儀洛輯《本草從新》載：諸木皆浮，而沉香獨沉，故能下氣而墜痰涎。怒則氣上，能平肝下氣。能降亦能升，故能理諸氣調中。黃宮繡著《本草求真》雲：能補火、暖精、壯陽。是以心腹疼痛，噤口毒痢，癥癖邪惡，冷風麻痺，氣痢氣淋，冷字氣字宜審。審其病因屬虛屬寒，俱可用此調治……並婦女強忍入房，或過忍尿以致胞轉不通。清康熙年間著名醫家張璐在其《本經逢原》中載：沉水香專於化氣，諸氣鬱結不伸者宜之。溫而不燥，行而不洩，扶脾達腎，攝火歸元。主大腸虛秘，小便氣淋及痰涎血出於脾者之要藥。《醫林纂要》：堅腎，潤命門，溫中，燥脾溼，瀉心，降逆氣，凡一切不調之氣皆能調之。並治噤口毒痢及邪惡冷風寒痺。可看出，沉香的主要功能在於行氣、溫中、納氣，兼有保和衛氣、暖精、壯陽之功。
而現今的《全國中草藥彙編》中記載沉香可行氣止痛、溫中止嘔、納氣平喘，用於胸腹脹悶疼痛、胃寒嘔吐呃逆、腎虛氣逆喘急，從主治看偏於行氣。《中藥大辭典》記載沉香可降氣溫中、暖腎納氣，用於治氣逆喘息、嘔吐呃逆、脘腹脹痛、腰膝虛冷、大腸虛秘、小便氣淋、男子精冷，從應用看偏於降氣暖腎。《中華本草》稱其可行氣止痛、溫中降逆、納氣平喘，用於脘腹冷痛、氣逆喘息、胃寒嘔吐呃逆、腰膝虛冷、大腸虛秘、小便氣淋。中國從1953年後的《中國藥典》記載沉香功能與主治均依從《全國中草藥彙編》中的記載。
在用藥禁忌上面，《本草經疏》雲：中氣虛，氣不歸元者忌之；心經有實邪者忌之；非命門真火衰者，不宜入下焦藥用。《本草匯言》曰：陰虛氣逆上者切忌。《本經逢原》雲：氣虛下陷人，不可多服。《本草從新》雲：陰虧火旺者，切勿沾唇。《雷公炮製藥性解》雲：然香劑多燥，未免傷血，必下焦虛寒者宜之。若水髒衰微，相火盛炎者，誤用則水益枯而火益烈，禍無極矣。今多以為平和之劑，無損於人，輒用以化氣，其不禍人者幾希。