腦幹神經核的排列規律，自界溝由內向外：
一般軀體運動核、特殊內臟運動核（向腹側遷移）、一般內臟運動核、一般內臟感覺核、特殊內臟感覺核、一般軀體感覺核（向腹外側遷移）、特殊軀體感覺核。
1、一般軀體運動核：
動眼神經核：支配上瞼提肌、上直肌、內直肌、下斜肌、下直肌。
滑車神經核：交叉出腦，支配上斜肌。
展神經核：外直肌。
舌下神經核：舌內、外肌。
2、特殊內臟運動核（向腹側遷移）
三叉神經運動核：咀嚼肌，下頜舌骨肌，二腹肌，前腹。
面神經核：支配全部表情肌二腹肌後腹莖突舌骨肌蹬骨肌。背側核：額肌，眼輪匝肌。
腹側核：口周圍肌。
疑核：纖維加入舌咽迷走副神經支配咽喉肌。
3、一般內臟運動核
動眼神經副核：瞳孔擴約肌睫狀肌。
上泌涎核：纖維加入面神經支配淚腺舌下腺下頜下腺及口腔鼻腔的腺體。
下泌涎核：纖維加入舌咽神經經耳神經節支配腮腺的分泌。
迷走神經背核：纖維經迷走神經，在器官內和旁節交換神經元---節後纖維管理胸腹腔內臟平滑肌、心肌、腺體的運動和分泌。
4、一般內臟感覺核
孤束核：內臟器官的粘膜血管壁的一般內臟感覺---舌咽迷走面神經---孤束---孤束核---發出纖維到上行到間腦，中繼後達高階中樞。
腦幹運動核：參與內臟反射，網狀結構，參與呼吸迴圈和嘔吐反射。
5、特殊內臟感覺核
孤束核背側小部分：接受面神經舌咽神經傳入的味覺纖維。
6、一般軀體感覺核（向腹外側遷移）
三叉神經核
三叉神經脊束核：額面鼻口腔粘膜的痛溫觸覺。
三叉神經感覺核：額面鼻口腔的觸壓覺。
三叉神經中腦核：與額面部的本體感覺有關。
7、特殊軀體感覺核
蝸神經核：聲波刺激螺旋器周圍突耳蝸神經節中樞突蝸神經前後核斜方體（大部交叉，部分未交叉終達同側聽覺中樞；蝸神經核的部分纖維中途止於上橄欖核斜方體核外側丘系核，參與聽覺反射）外側丘系內側膝狀體聽輻射顳葉聽覺中樞。
前庭神經核：前庭神經的纖維一部分直接經小腦下腳入小腦，其他纖維達前庭神經核。
8、腦幹中其他重要神經核團
薄束核和楔束核、楔束副核、上丘核、下丘核、頂蓋前區、藍斑、網狀結構的核群、紅核、黑質、下橄欖核。
腦幹神經核的排列規律，自界溝由內向外：
一般軀體運動核、特殊內臟運動核（向腹側遷移）、一般內臟運動核、一般內臟感覺核、特殊內臟感覺核、一般軀體感覺核（向腹外側遷移）、特殊軀體感覺核。
1、一般軀體運動核：
動眼神經核：支配上瞼提肌、上直肌、內直肌、下斜肌、下直肌。
滑車神經核：交叉出腦，支配上斜肌。
展神經核：外直肌。
舌下神經核：舌內、外肌。
2、特殊內臟運動核（向腹側遷移）
三叉神經運動核：咀嚼肌，下頜舌骨肌，二腹肌，前腹。
面神經核：支配全部表情肌二腹肌後腹莖突舌骨肌蹬骨肌。背側核：額肌，眼輪匝肌。
腹側核：口周圍肌。
疑核：纖維加入舌咽迷走副神經支配咽喉肌。
3、一般內臟運動核
動眼神經副核：瞳孔擴約肌睫狀肌。
上泌涎核：纖維加入面神經支配淚腺舌下腺下頜下腺及口腔鼻腔的腺體。
下泌涎核：纖維加入舌咽神經經耳神經節支配腮腺的分泌。
迷走神經背核：纖維經迷走神經，在器官內和旁節交換神經元---節後纖維管理胸腹腔內臟平滑肌、心肌、腺體的運動和分泌。
4、一般內臟感覺核
孤束核：內臟器官的粘膜血管壁的一般內臟感覺---舌咽迷走面神經---孤束---孤束核---發出纖維到上行到間腦，中繼後達高階中樞。
腦幹運動核：參與內臟反射，網狀結構，參與呼吸迴圈和嘔吐反射。
5、特殊內臟感覺核
孤束核背側小部分：接受面神經舌咽神經傳入的味覺纖維。
6、一般軀體感覺核（向腹外側遷移）
三叉神經核
三叉神經脊束核：額面鼻口腔粘膜的痛溫觸覺。
三叉神經感覺核：額面鼻口腔的觸壓覺。
三叉神經中腦核：與額面部的本體感覺有關。
7、特殊軀體感覺核
蝸神經核：聲波刺激螺旋器周圍突耳蝸神經節中樞突蝸神經前後核斜方體（大部交叉，部分未交叉終達同側聽覺中樞；蝸神經核的部分纖維中途止於上橄欖核斜方體核外側丘系核，參與聽覺反射）外側丘系內側膝狀體聽輻射顳葉聽覺中樞。
前庭神經核：前庭神經的纖維一部分直接經小腦下腳入小腦，其他纖維達前庭神經核。
8、腦幹中其他重要神經核團
薄束核和楔束核、楔束副核、上丘核、下丘核、頂蓋前區、藍斑、網狀結構的核群、紅核、黑質、下橄欖核。