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(一)貫徹執行出入境衛生檢疫、動植物檢疫和進出口商品檢驗法律、法規和政策規定的實施細則、辦法及工作規程，負責所轄區域的出入境檢驗檢疫、鑑定、認證和監督管理等行政執法工作。

(二)負責實施出入境衛生檢疫、傳染病監測和衛生監督，負責口岸傳染病的預防與控制工作，負責出入境人員的預防接種和傳染病監測體檢的管理工作。

(三)負責實施出入境動植物及其產品和其他檢疫物的檢驗檢疫與監督管理，負責動植物疫情監測、調查等工作，辦理國家質檢總局授權的動植物檢疫審批，實施動植物疫情的緊急預防措施。

(四)負責實施進出口商品(含食品)的法定檢驗和監督管理，負責實施一般包裝和出口危險品貨物包裝檢驗，負責進出口商品鑑定管理工作，負責實施外商投資財產鑑定，辦理進出口商品複驗工作。

(五)負責實施對進出口食品、動植物及其產品等的生產(養殖、種植)、加工和存放等單位的衛生、檢疫註冊，負責實施進口安全質量許可和出口質量許可工作，負責實施進出口產品、體系認證和實驗室認可、人員註冊等工作，並監督管理。

(六)負責實施國家實行進口許可制度的民用商品的入境驗證，負責出口、轉口商品的有關出境驗證。

(七)負責實施出入境交通運載工具和集裝箱及容器的衛生監督、檢疫監督和有關的適載檢驗、鑑定，負責出入境交通運載工具、集裝箱：包裝物及鋪墊材料和貨物的衛生除害處理的管理工作。

(八)負責執行國家、國務院有關部門和國家質檢總局簽署的有關檢疫、檢驗的國際協議、協定和議定書等，負責技術性貿易壁壘協定和檢疫協議的實施工作。

(九)負責簽發出入境檢驗檢疫證單和標識、封識，並進行監督管理。負責出口商品普惠制原產地證和一般原產地證的簽證工作。

(十)負責所轄區域的出入境檢驗檢疫業務統計，調查和收集國外傳染病疫情、動植物疫情和國際貿易商品質量狀況，提供有關資訊。

(十一)負責對所轄區域內各類涉外檢驗檢疫、鑑定和認證機構(包括中外合資、合作機構)以及衛生除害處理機構的監督管理。

(十二)負責出入境檢驗檢疫科技、標準化和資訊化工作，負責有關的國際合作與交流工作。

(十三)負責人事管理、教育培訓、外事、財務、基建、物資管理．、紀檢監察、審計、精神文明建設與思想政治工作。

(十四)承辦國家質檢總局交辦的其他工作。