用砂鍋燉制食物，由於密封較嚴，像羊肉、排骨等肉類的腥味、異味很難散發出去，並且部分低脂肪酸等不好的物質還存於食物及湯汁中，在長時間的熱反應中生成對人體有害的物質。

另外，大家常用的普通砂鍋可能還會含有石英之類的物質高溫燒成，有的砂鍋還經過塗釉料燒製。釉中的一些有害物質，這些物質就會隨著食物長期進入人體，影響健康。

特別是用砂鍋燉制食物，一旦時間太長，食物的營養素平均損失率也較高，尤其是蔬菜類的維生素流失很多。

大家常用的普通砂鍋是以黏土為主，加入長石、石英，經過高溫燒製而成，雖然用其烹製食物具有獨特風味，但如果加熱時間過長，動物性食物原料蛋白質降解，使其韌性增加，食用時口感差，不利於人體的消化吸收。

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用砂鍋燉制食物，由於密封較嚴，原料中異味物質很難溢位，部分戊酸、戊醛及低脂肪酸還存於食物及湯汁中，在熱反應中生成對人體有害的物質。砂鍋大都經塗釉料燒結，其中鉛、砷等有害物質，會因反覆加熱解析，長石、石英等無機鹽也會脫溢，如長期食用，會在體內引起慢性中毒。

用砂鍋燉制食物，食物的營養素平均損失率較高，尤其是動、植物性原料中的無機鹽鈣、磷、鐵、鋅、碘等，維生素C損失率更達100%。所以，食用砂鍋菜時需要另外搭配食用生蔬菜粗糧，來彌補營養素的損失與不足。