動畫的結局大家應該比較熟悉了，透過兩部舊劇場版的補充，動畫版得以完結，碇真嗣決定挽救人類，鑽出禁錮而成神，空無一人的沙灘上只留下碇真嗣和明日香，人類是全死了還是都復活了這一點一直有爭議。

漫畫版的結局，碇真嗣也是一樣鑽出禁錮，但是隻有碇真嗣一人出現在沙灘上，而且世界遭到清洗，世界獲得重生，可以說這件事情之後，世界好像就已經是另外一個平行世界了，他們的記憶與人生都遭到了重寫，他們稱呼插在地上的EVA量產機為“遺蹟”，不知道他們從何而來，也不知道以前發生了什麼事情。獨自一人來到東京上學的碇真嗣，在列車上初次邂逅了明日香，並因為看到她下不來而拉了她一把，卻遭到明日香的白眼，看來是要變成一切迴歸到平靜的生活的言情故事了。香黨歡呼。

並且在漫畫的最後《夏日韶光》這一段，額外講述了碇唯和真希波的故事，真希波是碇唯的學妹，她臉上那副眼鏡就是唯送的，聯絡到EVA讓人不老的事情，新劇場版中的真希波很有可能就是碇真嗣的阿姨啊。

首先原著是tv版不是漫畫，漫畫是tv的人設畫師貞本義行根據自己對“人類補完計劃的理解”改編的，結局與tv版不同，為更易令人接受的大團圓結局

TV版結局是第三次衝擊後，還攤上剩下真嗣和明日香，世界迴歸初始，真嗣和明日香充當亞當和夏娃，開始新的人類延續。根據TV版的劇情，第三次衝擊後全世界只剩下真嗣和明日香兩個人，其他人都已經變成LCL液，迴歸最原始的狀態。漫畫版的劇情延續其實是一個平行世界，我覺得只是為了結局而畫的，為了給大家一個美好的結局。推薦看一看同人漫畫retake，劇情根據TV劇場版結局，真嗣掐著明日香的脖子，被明日香罵了一句噁心後，發怒了，引發了亞當之力，意識回到了一個平行世界，開始了平行世界改變以前的贖罪之旅，而明日香的意識也跟著真嗣去到了那個以前的平行世界，並且只能被真嗣看到。真嗣為了贖罪，在平行世界中冷漠凌波，追求那個時候明日香，劇情實在太多，設計3個平行世界，大家一定要仔細看，真的非常棒，劇情堪比原作。

新世紀福音戰士的就舊劇場版早就在1997年日本電影院公映，而漫畫版的完結卻是要到2014年才姍姍來遲，這個時間新世紀eva的新劇場版都已經上映了兩部，也可以這樣理解難怪eva在日本始終是風頭不減畢竟每一年都會有相關的新作品出現，始終保持著一定的曝光度。

這裡就沒有新劇場版的事兒了，畢竟從第二部的結尾開始就已經和原來的TV版沾不上邊了，漫畫版和原來的TV版大結局（也就是電影版air/真心為你）的結局在最後是有不小的差別，可以說漫畫版更符合大團圓結局的思路，而電影版則是顯得更加悲涼。

漫畫版和電影版最主要的不同就在於明日香和二號機覺醒後單挑eva量產機開始，電影版中初號機是趕不上時間這時候二號機已經被eva量產機完全的拆解，真治隨機陷入了換亂被量產機直接託上上空變成了生命之樹的形態。而漫畫版eva初號機則趕上在二號句被打敗之前出現，雖然最後初號機還是被量產機生擒但至少二號機沒有被拆解。

之後的劇情漫畫要比電影版多更多的細節，碇源渡把亞當的胚胎融入到自己的手中卻被綾波麗給拒絕了而且還奪走了亞當，最後被律子射殺。在所有人的靈魂都回歸到黑之卵的時候，明日香看到了加持先生也被一併帶回去這裡就和電影版不同，而碇源渡並沒有給迴歸一直保持著死時的狀態，或許是因為將死時與碇唯相遇靈魂也一併融入到初號機的緣故。

而最後碇真治還是選擇讓世界重新迴歸到原始狀態，這就是對整個地球的重啟。畫面一轉雖然人物還是那一些但是這已經是一個嶄新的世界所有人都從毀滅再重新走過來。這裡描寫的或許就是電影版結局之後的世界一個從毀滅到再生的世界，只是漫畫版把時間往後拉而電影版則是直接描寫第三次衝擊之後的實況。

雖然貌似是大團圓結局的漫畫版其實只是人類在第三次衝擊之後的延伸，隨處可見的量產機已經成為了遺蹟，世界即使恢復到當初的模樣也已經是新的世界，唯獨就只有成為永恆的初號機帶著真治父母的靈魂一直在觀察著真治所在的這個世界。

而作為碇唯學妹的真希波則在碇唯的回憶中出現，可見真希波其實已經是哦巴桑的年紀只是由於eva的詛咒而一直保持16歲的狀態。

可以說漫畫版與電影版結局幾乎一樣都是人類全體迴歸到起源之中，只漫畫版要比電影版來得更多細節而已。