1. 體檢的專案不同。職業病體檢的體檢專案一般不是由個人或單位自己選擇，則是由國家規定，一般流程是單位向當時的職業病體檢中心申請進行職業病體檢，然後由職業病體檢中心根據職工的工作性質來決定該進行哪些專案體檢，而普通的健康體檢則是由個人或單位自己決定體檢哪些專案。

2. 體檢報告格式不同。職業病體檢的報告格式需要體現職工的職業性質以及職業工作史、急慢性職業病史以及接觸毒害物情況等，具體格式也和普通健康體檢格式有所不同。並且報告最後要給出職業禁忌說明或建議。

3. 指標結果診斷標準不同。相同的檢驗指標診斷規則不一樣，職業病要結合具體接觸的毒害物來診斷，而健康體檢就簡單的根據指標結果進行診斷。

4. 職業病體檢分崗前體檢、在崗定期體檢、離崗體檢和應急體檢四種情況，不同的階段體檢專案有所不同,而普通的健康體檢是由個人或單位自己決定的。

5. 固定的體檢週期。職業病體檢有固定的週期規定，接觸不同的毒害物的體檢週期也不一樣(比如接收氨氣的職工體檢週期是1年，而接觸二氧化硫的職工的體檢週期就是2年), 健康體檢卻沒有嚴格的規定。

6. 不同的體檢目的。職業病體檢的主要目的是進行職業禁忌，即禁止從事相關職業的工作(比如有明顯呼吸系統慢性疾病的人就禁止從事接觸二氧化硫的工作)，健康體檢的主要目的是檢查身體健康狀況，以便及時就醫治療。

7. 職業危害申報。單位進行職業病體檢後，需要定期向當地相關機構進行職業危險情況申報，而普通體檢不需要進行申報。