放線菌或真菌組成其菌絲體的基本單位。放線菌的菌絲細胞纖細、無隔、分枝。真菌的菌絲較粗、有分枝，其中少數無隔、多核，如鞭毛菌亞門和接合菌亞門的低等真菌；多數有隔、單核或少核，如子囊菌亞門、半知菌亞門和擔子菌亞門的高等真菌。菌絲透過頂端生長而延伸，透過側生而分枝。埋入基質中以吸取營養為主的菌絲稱營養菌絲，有的種類還可分化成假根、吸器等構造；伸展在空間的菌絲稱氣生菌絲，成熟後可分化成各種形式的產孢子構造，如放線菌的孢子絲或真菌中的子實體。菌絲具有無性繁殖功能，可用於接種、擴大。　　菌絲粉從根本上儲存了植物的有效成分和活性，可直接食用，易被人體吸收。菌絲的分類基內菌絲　　基內菌絲匍匐生長於營養基質表面或伸向基質內部，它們象植物的根一樣，具有吸收水分和養分的功能。有些還能產生各種色素，把培養基染成各種美麗的顏色。放線菌中多數種類的基內菌絲無隔膜，不斷裂，如鏈黴菌屬和小單孢菌屬等；但有一類放線菌，如諾卡氏菌型放線菌的基內菌絲生長一定時間後形成橫隔膜，繼而斷裂成球狀或桿狀小體。氣生菌絲　　氣生菌絲是基內菌絲長出培養基外並伸向空間的菌絲。在顯微鏡下觀察時，一般氣生菌絲顏色較深，比基內菌絲粗；而基內菌絲色淺、發亮。有些放線菌氣生菌絲髮達，有些則稀疏，還有的種類無氣生菌絲。孢子絲　　孢子絲是當氣生菌絲髮育到一定程度，其上分化出的可形成孢子的菌絲。放線菌孢子絲的形態多樣，有直形、波曲、鉤狀、螺旋狀、一級輪生和二級輪生等多種，是放線菌定種的重要標誌之一。孢子絲髮育到一定階段便分化為分生孢子。在光學顯微鏡下，孢子呈圓形、橢圓形、桿狀、圓柱狀、瓜子狀、梭狀和半月狀等，孢子的顏色十分豐富。孢子表面的紋飾因種而異，在電子顯微鏡下清晰可見，有的光滑，有的褶皺狀、疣狀、刺狀、毛髮狀或鱗片狀，刺又有粗細、大小、長短和疏密之分。