真菌性尿路感染如能早期診斷，及時治療，則療效較好。治療和控制原發病並祛除醫源性因素，停用抗生素，可促進真菌性尿路感染的痊癒，甚至部分病例可自愈。治療包括一般治療和使用抗真菌藥物。 一般治療應注意以下幾點： (1)祛除基礎病因：積極治療原發病，祛除易感因素，提高機體抵抗力很重要，特別是癌症患者，Brown指出很多癌症患者的死亡與黴菌感染有關。 (2)正確使用抗生素：濫用抗生素，特別是廣譜抗生素，是近幾年真菌感染增多的一個誘因，故強調正確使用抗生素。在使用廣譜抗生素治療期間發生真菌感染，應予停用。如尿路真菌感染合併其他器官的細菌感染，其治療方針則根據其具體病例而定，有時需要聯合用藥。 (3)鹼化尿液：念珠菌生長的適宜pH值為5.1～6.4，正常時尿液呈酸性有利於其生長，而在鹼性尿液中受抑制，故鹼化尿液治療很重要。鹼化尿液一般採用口服小蘇打片或10%枸櫞酸鉀合劑，或用2%～3%碳酸氫鈉溶液滴注膀胱。 可使用的抗真菌藥物有二性黴素B、咪康唑、氟康唑、氟胞嘧啶、大蒜注射液等，給藥途徑包括區域性及全身應用，現具體介紹如下： (1)二性黴素B：全身用藥可每日用0.2～1mg/kg加入5%葡萄糖500mL中靜脈滴注，區域性可用50mg加入注射用生理鹽水100mL作膀胱灌洗。本藥可單獨使用或與氟胞嘧啶或大蒜注射液合用，但由於本藥有腎毒性，區域性應用亦有不適感，甚至疼痛，目前已較少應用。 (2)咪康唑：為目前療效較好、副作用較少的抗真菌藥，全身用藥每日用0.4～1.2g，加入 500mL葡萄糖或葡萄糖鹽水靜滴4～6周；區域性應用可用20～200mg加入100～200mL生理鹽水或 1∶5000呋喃西林液中膀胱內灌洗，每日2～4次；病情嚴重者可全身與區域性同時用藥。本藥不宜與其他全身性抗真菌藥同時應用，長期全身用藥者要定期複查肝功。 (3)氟康唑：目前認為氟康唑為治療尿路真菌感染較理想的藥物。口服每次50～100mg，每日 2～3次。靜脈滴注每日用100～400mg。 (4)氟胞嘧啶：每日50～150mg/kg，口服或靜滴，療效不及上三種藥物。 (5)大蒜注射液：20%大蒜注射液200mL加入葡萄糖液中靜滴，每日1～2次，有一定療效。