目前,對於微生物分類的方法有很多,但是就微生物到底分為那幾類：
通常分為細菌、真菌、放線菌、螺旋體、支原體（黴形體）、衣原體、立克次氏體、病毒這麼幾大類，現在人們又把朊病毒(鋸蛋白)也加進來了，它被懷疑是瘋牛病的病原。大致就是這樣，沒有發現更新的分類法。
微生物分類目前採用的當然還是其結構的不同進行分類，分為
原核細胞型
真核細胞型
非細胞型
其中原核細胞型又根據其生物學特性的不同分為不同的類別：細菌、放線菌、螺旋體、支原體、衣原體、立克次氏體。
當然在這種分類上有些是有不同見解的，比如放線菌，由於其有菌絲、孢子、並以孢子分裂方式進行繁殖，以前把它歸為真菌類。而現在認為它只有一個擬核，應和細菌相似，所以認為它是一種界於細菌和真菌之間的微生物，在分類上仍屬於原核細胞型。隨著人們對微生物的研究和認識程度的逐漸深入，在不同時期人們對微生物的分類也不一致，目前人們傾向於微生物分類的三域學說。
人類在發現和研究微生物之前，把一切生物分成截然不同的兩大界－動物界和植物界。隨著人們對微生物認識的逐步深化，從兩界系統經歷過三界系統、四界系統、五界系統甚至六界系統，直到70年代後期，美華人Woese等發現了地球上的第三生命形式－古菌，才導致了生命三域學說的誕生。該學說認為生命是由古菌域（Archaea）、細菌域（Bacteria）和真核生物域（Eucarya）所構成。
古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、廣域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；細菌域包括細菌、放線菌、藍細菌和各種除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、動物和植物。
微生物的種類繁多，有數十萬種以上。按其大小，結構，組成等，分為三大類：
1。非細胞型微生物：最小。無典型的細胞結構，無產生能量的酶系統，只在活細胞內生長繁殖。核酸型別為DNA活或RNA,兩者不同時存在。病毒屬於這一類。
2。原核細胞型微生物：這類微生物的原始核為環狀裸DNA團狀結構，無核膜，核仁，細胞器很不完善，只有核糖體。DNA和RNA同時存在。這類微生物種類繁多，有細菌，支原體，衣原體，立克次氏體，螺旋體和放線菌。由於後五類結構和組成與細菌相似。將其列入廣義細菌範疇。
3。真核細胞型微生物：細胞核分化程度高，有核膜與核仁，細胞器完整。真菌屬此類。
不同於以上三類微生物的一個特殊：前一時期的瘋牛病的病原體是朊粒（prion)又稱傳染性蛋白粒子，是醫學生物學領域中至今未徹底弄清的一種蛋白質傳染因子。其最主要成分是一種蛋白酶抗性蛋白（PrP),至今未發現核酸，對各種理化因素抵抗力強。具有傳染性，潛伏期長。在人和動物中引起海綿狀腦病（TSE）為特徵的致死性中樞神經系統的慢性退化性疾患。1997年Prusiner因為發現PrP和TSE高度相關，並且對PrP進行了生化，分子生物學，免疫組化和轉基因動物實驗而獲得諾貝爾獎。關於prion的研究已逐漸成為微生物研究中的熱點。
目前,對於微生物分類的方法有很多,但是就微生物到底分為那幾類：
通常分為細菌、真菌、放線菌、螺旋體、支原體（黴形體）、衣原體、立克次氏體、病毒這麼幾大類，現在人們又把朊病毒(鋸蛋白)也加進來了，它被懷疑是瘋牛病的病原。大致就是這樣，沒有發現更新的分類法。
微生物分類目前採用的當然還是其結構的不同進行分類，分為
原核細胞型
真核細胞型
非細胞型
其中原核細胞型又根據其生物學特性的不同分為不同的類別：細菌、放線菌、螺旋體、支原體、衣原體、立克次氏體。
當然在這種分類上有些是有不同見解的，比如放線菌，由於其有菌絲、孢子、並以孢子分裂方式進行繁殖，以前把它歸為真菌類。而現在認為它只有一個擬核，應和細菌相似，所以認為它是一種界於細菌和真菌之間的微生物，在分類上仍屬於原核細胞型。隨著人們對微生物的研究和認識程度的逐漸深入，在不同時期人們對微生物的分類也不一致，目前人們傾向於微生物分類的三域學說。
人類在發現和研究微生物之前，把一切生物分成截然不同的兩大界－動物界和植物界。隨著人們對微生物認識的逐步深化，從兩界系統經歷過三界系統、四界系統、五界系統甚至六界系統，直到70年代後期，美華人Woese等發現了地球上的第三生命形式－古菌，才導致了生命三域學說的誕生。該學說認為生命是由古菌域（Archaea）、細菌域（Bacteria）和真核生物域（Eucarya）所構成。
古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、廣域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；細菌域包括細菌、放線菌、藍細菌和各種除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、動物和植物。
微生物的種類繁多，有數十萬種以上。按其大小，結構，組成等，分為三大類：
1。非細胞型微生物：最小。無典型的細胞結構，無產生能量的酶系統，只在活細胞內生長繁殖。核酸型別為DNA活或RNA,兩者不同時存在。病毒屬於這一類。
2。原核細胞型微生物：這類微生物的原始核為環狀裸DNA團狀結構，無核膜，核仁，細胞器很不完善，只有核糖體。DNA和RNA同時存在。這類微生物種類繁多，有細菌，支原體，衣原體，立克次氏體，螺旋體和放線菌。由於後五類結構和組成與細菌相似。將其列入廣義細菌範疇。
3。真核細胞型微生物：細胞核分化程度高，有核膜與核仁，細胞器完整。真菌屬此類。
不同於以上三類微生物的一個特殊：前一時期的瘋牛病的病原體是朊粒（prion)又稱傳染性蛋白粒子，是醫學生物學領域中至今未徹底弄清的一種蛋白質傳染因子。其最主要成分是一種蛋白酶抗性蛋白（PrP),至今未發現核酸，對各種理化因素抵抗力強。具有傳染性，潛伏期長。在人和動物中引起海綿狀腦病（TSE）為特徵的致死性中樞神經系統的慢性退化性疾患。1997年Prusiner因為發現PrP和TSE高度相關，並且對PrP進行了生化，分子生物學，免疫組化和轉基因動物實驗而獲得諾貝爾獎。關於prion的研究已逐漸成為微生物研究中的熱點。