腎主水，是指腎的氣化功能對於體內津液的輸布和排洩，維持體內津液代謝的平衡起著極為重要的調節作用。人體內的水液代謝透過上焦主宣發肅降、通條水道，中焦脾主運化水液，下焦透過腎陽的蒸騰氣化，腎關的開合來調節水量，對尿液的生成、津液的輸布、水液的排洩起調節作用。上、中、下三部，總稱“三焦氣化”，這種氣化的動力是腎陽。腎關的開合，靠腎陽的氣化來調節，腎中陰陽平衡，則腎關開合適度。

總的來說，腎主水的生理功能表現在，水液以三焦為通道輸布全身，由肺降至腎的水液，經腎的氣化，分為清濁兩部分，清者上歸於肺，濁者生成尿液，下降注入膀胱，排除體外。

在《黃帝內經》中有關於腎主水液的記載。其中在開篇上古天真論中講到腎者主水，受五臟六腑之精而藏之。腎為水髒，但水液並非為腎所主。如江河湖海雖然是水之大著，但是自己卻並不控制水，控制水的有土和火。土的型別可以用堤壩比喻，火的型別可以用太陽比喻。另外其中的閘門也至關重要。這是水液代謝的幾個關鍵，因此我們對腎主水液一詞可能有所誤解，主的意思可能不僅僅是掌管這麼簡單，還可能有歸屬屬於的意思。

這些思想同樣體現在治療的方劑中，如四君子湯。方中以人參，白朮，甘草健脾，加一味茯苓利水滲溼，體現的便是培土製水，只有土夠強大才能使水在自己的通道里執行，當然水自然是歸於腎臟。《黃帝內經》記載膀胱者州都之官，津液藏焉，氣化則能出矣。氣化來自於人體的陽氣，人體的陽氣火氣當然是心臟所發，心為火髒，總統陽氣，為五臟六腑之大主。《傷寒論》中的真武湯，以附子溫太陽心火，蒸騰水氣，開啟膀胱通道，使廢水從膀胱而出。

《傷寒論》中的苓桂術甘湯更是體現了這兩種思想的結合。苓桂術甘湯治療陽氣不足，水溼不化，土不制水導致的水氣逆行，上衝心臟，導致心下脹滿，心悸，頭暈，茯苓，白朮，炙甘草補土治水，更用桂枝溫養化氣，使水氣蒸化有度，水行通道之中，因此可以治療這種特殊的水氣病。

由此可見水雖然歸腎臟，但是治療多不從腎臟入手。腎主水液只是水液歸於腎，至於代謝途徑仍然要靠陽氣和堤壩，有時甚至是提壺揭蓋，以利水。

中醫認為腎主水液是指腎氣具有主持和調節全身水液代謝的作用。《素問》說：“腎者水藏，主津液。”水液代謝的輸布和排洩是一個十分複雜的過程，主要體現在以下兩方面： 　　

一、腎氣參與水液代謝起氣化作用，具有促進和調節全身臟腑生理功能的作用。水液代謝過程中，飲食入胃，傳之小腸、大腸中的水液，經脾氣的運化轉輸作用，吸收並輸送至肺，再經肺氣的宣發肅降作用輸布至全身，發揮滋潤和濡養作用，並將宣發至皮毛肌膚的水液化為汗液排洩；臟腑、形體、官竅代謝後所產生的濁液（代謝產物），由肺的肅降作用輸送到腎與膀胱，經腎氣的蒸化作用，吸收可再利用，而將剩餘的化為尿液排出體外。可見，機體水液的輸布與排洩，是在肺、脾、腎、胃、大腸、小腸、三焦、膀胱等臟腑的共同參與下完成的。但各臟腑之氣必須在其陰陽協調平衡的狀態下，才能正常參與水液代謝，而腎氣分化的腎陰腎陽是各臟腑陰陽的根本。腎陰腎陽透過對各臟腑陰陽有資助和促進作用，主司和調節著機體水液代謝的各個環節。 　

二、腎氣的生尿和排尿作用。尿的生成和排洩是水液代謝的一個重要環節，水液代謝產生的濁液，透過三焦下輸於腎，在腎氣的蒸化作用下，分為清濁，清者回吸收，由脾氣的轉輸作用透過三焦上騰於肺，重新參與水液代謝；濁者則化為尿液儲於膀胱，在腎氣的推動作用下排出體外。因此只有腎陰腎陽協調平衡，在腎氣的蒸化和推動作用下發揮正常，輸於腎或膀胱的水液才能升清降濁，化生尿液和排洩尿液。

腎氣的氣化功能失常致水液代謝障礙，就會發生水腫、小便不利等病症。