調節嬰兒腸胃功能最好的“藥“就是母乳。母乳缺少，或幹粹以牛奶米漿代替母乳，都是對嬰兒腸胃功能最大的傷害。一旦嬰兒腸胃功能受到損傷，修復最好最快的也是母乳。母乳中的消化酶是修復嬰兒腸胃的最好藥物。可惜現代人認為牛奶才是嬰兒最好的食物。牛奶生產商鼓吹:母乳的蛋白質含比牛奶低；母乳中不含有甘氨酸，而牛奶中含有甘氨酸；母乳中含有與免疫功能有關的ɑ-乳清蛋白，牛奶中含有β-乳清蛋白美元免疫功能。這些都是為了否定母乳，讓牛奶成為嬰兒主食。現代人盲目相信工業產品，已出現嚴重後果，明顯的就是現代人憂鬱症發病率高，現代科學研究證實，憂鬱症發病原因是腸胃中缺少一種酶，而這種酶只來自母體。年青人糖尿病發病率高，也源於現代人過早讓嬰兒食用含糖和鹽的輔食。還有人認為，維生素和礦物質含量高，某種物質含量高對嬰兒有好處，這是完全錯誤的。任何哺乳動物，自身都產生了哺育嬰幼最好的乳汁，高了，低了，都是不好的。隨著時間推移，這些觀點會得到更明確證明。所以，要想你的寶貝健康，請母乳餵養滿一週歲。

常用的藥物有以下幾種：1.腸道活菌劑，如布拉氏酵母菌、雙歧桿菌三聯活菌片、枯草桿菌二聯活菌片，此類藥透過新增腸道益生菌達到調節腸道的功能；2.中成藥，如養脾散、小兒健脾顆粒等透過健脾胃、消食等起到調節胃腸道的作用，在臨床上也經常使用。