傳統上，翼龍目被分為兩個亞目：
【喙嘴龍亞目】
一群早期、原始翼龍類，許多物種有長尾巴，雙翼有短指骨。它們體型小，手指仍然適合攀爬。喙嘴翼龍類出現在晚三疊紀，持續存活到晚侏羅紀。
【翼手龍亞目】
更多樣性的翼龍類，有短尾巴，雙翼有長指骨。翼手龍類出現在中侏羅紀，在白堊紀-第三紀滅絕事件中滅絕。
翼手龍亞目又分為（ 翼手龍的品種）
喙嘴翼龍亞目 Rhamphorhynchoidea
雙型齒翼龍科 Dimorphodontidae
蛙嘴龍科Anurognathidae
曲頜形翼龍科 Campylognathoididae
喙嘴翼龍科 Rhamphorhynchidae
翼手龍亞目 Pterodactyloidea
鳥掌龍超科 Ornithocheiroidea
帆翼龍科 Istiodactylidae
鳥掌龍科 Ornithocheiridae
無齒翼龍科Pteranodontidae
夜翼龍科 Nyctosauridae
梳頜翼龍超科 Ctenochasmatoidea
鵝喙翼龍科 Gallodactylidae
翼手龍科 Pterodactylidae
梳頜翼龍科 Ctenochasmatidae
準噶爾翼龍超科 Dsungaripteroidea
德國翼龍科 Germanodactylidae
準噶爾翼龍科 Dsungaripteridae
神龍翼龍超科 Azhdarchoidea
Lonchodectidae科
古神翼龍科 Tapejaridae
神龍翼龍科Azhdarchidae
傳統上，翼龍目被分為兩個亞目：
【喙嘴龍亞目】
一群早期、原始翼龍類，許多物種有長尾巴，雙翼有短指骨。它們體型小，手指仍然適合攀爬。喙嘴翼龍類出現在晚三疊紀，持續存活到晚侏羅紀。
【翼手龍亞目】
更多樣性的翼龍類，有短尾巴，雙翼有長指骨。翼手龍類出現在中侏羅紀，在白堊紀-第三紀滅絕事件中滅絕。
翼手龍亞目又分為（ 翼手龍的品種）
喙嘴翼龍亞目 Rhamphorhynchoidea
雙型齒翼龍科 Dimorphodontidae
蛙嘴龍科Anurognathidae
曲頜形翼龍科 Campylognathoididae
喙嘴翼龍科 Rhamphorhynchidae
翼手龍亞目 Pterodactyloidea
鳥掌龍超科 Ornithocheiroidea
帆翼龍科 Istiodactylidae
鳥掌龍科 Ornithocheiridae
無齒翼龍科Pteranodontidae
夜翼龍科 Nyctosauridae
梳頜翼龍超科 Ctenochasmatoidea
鵝喙翼龍科 Gallodactylidae
翼手龍科 Pterodactylidae
梳頜翼龍科 Ctenochasmatidae
準噶爾翼龍超科 Dsungaripteroidea
德國翼龍科 Germanodactylidae
準噶爾翼龍科 Dsungaripteridae
神龍翼龍超科 Azhdarchoidea
Lonchodectidae科
古神翼龍科 Tapejaridae
神龍翼龍科Azhdarchidae