11集（走失的小火龍）劇情簡介：小智三人向枯葉市前進途中，在山頭遇見一隻體力衰弱的小火龍。它在巖上不知是在等誰,小智收服失敗後來到神奇寶貝中心，在那裡遇見佑大。他就是拋棄小火龍的飼主。最後由於小智救了小火龍，在小火龍的選擇下，決定跟小智一起走。12集（傑尼龜軍團登場）劇情簡介：傑尼龜軍團和火箭隊連成一氣欺負小智等人。皮卡丘接近死亡邊緣被關起來。小智為了買療傷的藥而奔走。眼看約定的時間刻刻逼近…16集（神奇寶貝漂流記）劇情簡介：小智等人在船上受到火箭隊攻擊。就在一片混戰中，船不知不覺漂到灣外，還遇到暴風雨。船員與乘客們都搭救生艇逃脫了，只有小智等人與火箭隊昏迷在船上。眼看船隻漸漸沉沒，神奇寶貝逃亡劇開始了…17集（巨大神奇寶貝之島）劇情簡介：小智等人與火箭隊被暴鯉龍的龍之怒給吹跑，還與自己的神奇寶貝們分散。他們在島上互相尋找對方。這座島有許多巨大無比的神奇寶貝，這裡到底是哪裡呢？18集（藍普爾其的假日）劇情簡介：渡假村藍普爾其，柳爺爺的夢想是乘著一艘船遊覽世界一週，於是小智等人便幫忙柳爺爺工作。但是火箭隊和附近的金婆婆想盡辦法破壞。最後火箭隊等人又被打飛出去了。而柳爺爺也開始了他的夢想。20集（幽靈神奇寶貝跟夏天的廟會）劇情簡介：小智等人來到一個港都，那裡正在舉辦夏天廟會。小剛一到那裡就感受到少女的呼喚。火箭隊的小次郎也是同樣經驗。兩人為了少女而失魂落魄，原來那少女是兩千年前的亡魂。神奇寶貝鬼斯與她陪伴，搞得大夥嚇得魂都飛了。23集（在神奇寶貝塔收服幽靈）劇情簡介：為了打敗娜姿的超能力神奇寶貝，小智按照老人指示來到聳立在霧中的神奇寶貝塔，想收服這裡的幽靈神奇寶貝。最後雖然沒收服成功，但是離開時有隻鬼斯通自願跟上來，也算是小有收穫吧。24集（鬼斯通對抗超能力）劇情簡介：小智有了鬼斯通跟蹤，又壯起膽子去向娜姿挑戰。可是臨陣時鬼斯通又不見影，跟在一旁的小剛與小霞成了代替小智受罰的倒黴鬼，被變成娃娃，小智忍無可忍，再度挑戰…25集（火爆猴 別生氣哦）劇情簡介：小智遇見猴怪想加以收服，反而遭受攻擊。此時火箭隊過來攪局，踹了猴怪一腿，使得猴怪氣憤進化成火爆猴，不管小智怎麼逃，火爆猴都一再追上來，最後小智只好向火爆猴挑戰。26集（艾莉嘉和臭臭花）劇情簡介：來到彩虹市，小智在香水店批評女人用的香水，不只被趕出門，還不準進入道館。原來香水店就是彩虹道館！這時武藏獻計讓小智扮女生去當門徒，他們扮演小智的父母。火箭隊在道館內偷走東西后就縱火，小智救出臭臭花，獲得彩虹徽章。32集（淺紅道館的忍者決鬥）劇情簡介：小智一行人來到一所遍地機關的忍者屋。那是粉紅色徽章的淺紅道館。道館的館主阿桔一再派出了有劇毒的神奇寶貝，小智要怎樣運用戰鬥呢。34集（袋龍的搖籃曲）劇情簡介：小智以為他們來野生原野區了，見到神奇寶貝就想收服，被君莎給阻止，原來他們只是在邊境而已。小智在這裡認識跟袋龍住在一塊的達山，以及前來尋子的達郎的爸媽。36集（暴風雨的單車路）劇情簡介：小智等人為了到Sunny鎮，必須過一座大橋才行，可是照規定，橋上只准單車通行，幸好喬伊拜託小智三人送藥到對岸去，並借出單車，但卻碰上了暴風雨來襲…42集（椰蛋樹軍團大前進）劇情簡介：為了讓大家看他表演魔術，馬健使出險招，想利用椰蛋樹的催眠能力，誰知火箭隊埋伏在後，一番亂鬥，害得椰蛋樹叢失控向城市奔去…
11集（走失的小火龍）劇情簡介：小智三人向枯葉市前進途中，在山頭遇見一隻體力衰弱的小火龍。它在巖上不知是在等誰,小智收服失敗後來到神奇寶貝中心，在那裡遇見佑大。他就是拋棄小火龍的飼主。最後由於小智救了小火龍，在小火龍的選擇下，決定跟小智一起走。12集（傑尼龜軍團登場）劇情簡介：傑尼龜軍團和火箭隊連成一氣欺負小智等人。皮卡丘接近死亡邊緣被關起來。小智為了買療傷的藥而奔走。眼看約定的時間刻刻逼近…16集（神奇寶貝漂流記）劇情簡介：小智等人在船上受到火箭隊攻擊。就在一片混戰中，船不知不覺漂到灣外，還遇到暴風雨。船員與乘客們都搭救生艇逃脫了，只有小智等人與火箭隊昏迷在船上。眼看船隻漸漸沉沒，神奇寶貝逃亡劇開始了…17集（巨大神奇寶貝之島）劇情簡介：小智等人與火箭隊被暴鯉龍的龍之怒給吹跑，還與自己的神奇寶貝們分散。他們在島上互相尋找對方。這座島有許多巨大無比的神奇寶貝，這裡到底是哪裡呢？18集（藍普爾其的假日）劇情簡介：渡假村藍普爾其，柳爺爺的夢想是乘著一艘船遊覽世界一週，於是小智等人便幫忙柳爺爺工作。但是火箭隊和附近的金婆婆想盡辦法破壞。最後火箭隊等人又被打飛出去了。而柳爺爺也開始了他的夢想。20集（幽靈神奇寶貝跟夏天的廟會）劇情簡介：小智等人來到一個港都，那裡正在舉辦夏天廟會。小剛一到那裡就感受到少女的呼喚。火箭隊的小次郎也是同樣經驗。兩人為了少女而失魂落魄，原來那少女是兩千年前的亡魂。神奇寶貝鬼斯與她陪伴，搞得大夥嚇得魂都飛了。23集（在神奇寶貝塔收服幽靈）劇情簡介：為了打敗娜姿的超能力神奇寶貝，小智按照老人指示來到聳立在霧中的神奇寶貝塔，想收服這裡的幽靈神奇寶貝。最後雖然沒收服成功，但是離開時有隻鬼斯通自願跟上來，也算是小有收穫吧。24集（鬼斯通對抗超能力）劇情簡介：小智有了鬼斯通跟蹤，又壯起膽子去向娜姿挑戰。可是臨陣時鬼斯通又不見影，跟在一旁的小剛與小霞成了代替小智受罰的倒黴鬼，被變成娃娃，小智忍無可忍，再度挑戰…25集（火爆猴 別生氣哦）劇情簡介：小智遇見猴怪想加以收服，反而遭受攻擊。此時火箭隊過來攪局，踹了猴怪一腿，使得猴怪氣憤進化成火爆猴，不管小智怎麼逃，火爆猴都一再追上來，最後小智只好向火爆猴挑戰。26集（艾莉嘉和臭臭花）劇情簡介：來到彩虹市，小智在香水店批評女人用的香水，不只被趕出門，還不準進入道館。原來香水店就是彩虹道館！這時武藏獻計讓小智扮女生去當門徒，他們扮演小智的父母。火箭隊在道館內偷走東西后就縱火，小智救出臭臭花，獲得彩虹徽章。32集（淺紅道館的忍者決鬥）劇情簡介：小智一行人來到一所遍地機關的忍者屋。那是粉紅色徽章的淺紅道館。道館的館主阿桔一再派出了有劇毒的神奇寶貝，小智要怎樣運用戰鬥呢。34集（袋龍的搖籃曲）劇情簡介：小智以為他們來野生原野區了，見到神奇寶貝就想收服，被君莎給阻止，原來他們只是在邊境而已。小智在這裡認識跟袋龍住在一塊的達山，以及前來尋子的達郎的爸媽。36集（暴風雨的單車路）劇情簡介：小智等人為了到Sunny鎮，必須過一座大橋才行，可是照規定，橋上只准單車通行，幸好喬伊拜託小智三人送藥到對岸去，並借出單車，但卻碰上了暴風雨來襲…42集（椰蛋樹軍團大前進）劇情簡介：為了讓大家看他表演魔術，馬健使出險招，想利用椰蛋樹的催眠能力，誰知火箭隊埋伏在後，一番亂鬥，害得椰蛋樹叢失控向城市奔去…