第5集 新幹線大爆炸事件（找犯人，阻止爆炸，無殺人事件 ）
劇情簡介：小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新幹線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新幹線上有炸彈並且即將爆炸，眼看黑衣人離開新幹線，柯南只能憑自己找到那隻裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂後，柯南對車廂裡的四人進行試探，卻毫無頭緒，關鍵時刻元太的一句話提醒了他。
第76集 柯南VS怪盜基德（柯南和基德的對決，無殺人事件）
劇情簡介：米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開通知信的暗號後來到杯戶市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來，將警方內部搞的一團糟後，順利逃跑，並留下通知信說他定會盜走「黑暗星辰」。宴會當天，園子的母親給上船的每個人都發了一顆黑珍珠，混淆視聽，可基德手法更高一籌...
第234集 無法消滅的證據（少年偵探團一起找狗，無殺人事件）
劇情簡介：阿笠博士的朋友迦納照也由於近日就要搬家的緣故，所以計劃將用不到的東西送給朋友，柯南等人在這裡遇到了迦納在愛犬協會的朋友綱島吉雄、土佐林和蓮木志乃，就在大家思考要帶什麼東西回家作紀念的時候，迦納家飼養的一隻小狗道爾不見了，後來大家在焚化爐裡找到道爾脖子上的項圈，但幸運的是焚化爐裡並未發現狗...
第445集 俄羅斯藍貓的秘密（毛利和一隻貓咪一起破譯密碼，無殺人事件）
劇情簡介：這天小五郎回到事務所後小蘭告訴他說說英理前來拜託希望在她出門的這段時間裡可以把這隻名叫五郎的俄羅斯藍貓寄養在事務所。小蘭把貓咪五郎託給小五郎照料後便去上學了。在她走後，有一個自稱為桐下的男人來到了事務所。桐下拜託小五郎幫忙解讀自己女兒誤發來的手機簡訊。因為簡訊的內容像是什麼暗號，桐下無法破解其中的含義
第460集 一年B班大作戰（灰原哀和柯南帶領大家破解小林老師的暗號，無殺人事件）
劇情簡介：放課後，小林老師神神秘秘的讓同學們都離開教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發現黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個江戶川亂步迷老師的意圖，之後，同學們又紛紛從自己的抽屜裡找到了數字和篩子的圖紙，柯南輕鬆看出暗號的所指，就在他要揭秘時卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學，沒有柯南的幫助，他們能否解開暗號找到老師
第5集 新幹線大爆炸事件（找犯人，阻止爆炸，無殺人事件 ）
劇情簡介：小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新幹線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新幹線上有炸彈並且即將爆炸，眼看黑衣人離開新幹線，柯南只能憑自己找到那隻裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂後，柯南對車廂裡的四人進行試探，卻毫無頭緒，關鍵時刻元太的一句話提醒了他。
第76集 柯南VS怪盜基德（柯南和基德的對決，無殺人事件）
劇情簡介：米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開通知信的暗號後來到杯戶市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來，將警方內部搞的一團糟後，順利逃跑，並留下通知信說他定會盜走「黑暗星辰」。宴會當天，園子的母親給上船的每個人都發了一顆黑珍珠，混淆視聽，可基德手法更高一籌...
第234集 無法消滅的證據（少年偵探團一起找狗，無殺人事件）
劇情簡介：阿笠博士的朋友迦納照也由於近日就要搬家的緣故，所以計劃將用不到的東西送給朋友，柯南等人在這裡遇到了迦納在愛犬協會的朋友綱島吉雄、土佐林和蓮木志乃，就在大家思考要帶什麼東西回家作紀念的時候，迦納家飼養的一隻小狗道爾不見了，後來大家在焚化爐裡找到道爾脖子上的項圈，但幸運的是焚化爐裡並未發現狗...
第445集 俄羅斯藍貓的秘密（毛利和一隻貓咪一起破譯密碼，無殺人事件）
劇情簡介：這天小五郎回到事務所後小蘭告訴他說說英理前來拜託希望在她出門的這段時間裡可以把這隻名叫五郎的俄羅斯藍貓寄養在事務所。小蘭把貓咪五郎託給小五郎照料後便去上學了。在她走後，有一個自稱為桐下的男人來到了事務所。桐下拜託小五郎幫忙解讀自己女兒誤發來的手機簡訊。因為簡訊的內容像是什麼暗號，桐下無法破解其中的含義
第460集 一年B班大作戰（灰原哀和柯南帶領大家破解小林老師的暗號，無殺人事件）
劇情簡介：放課後，小林老師神神秘秘的讓同學們都離開教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發現黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個江戶川亂步迷老師的意圖，之後，同學們又紛紛從自己的抽屜裡找到了數字和篩子的圖紙，柯南輕鬆看出暗號的所指，就在他要揭秘時卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學，沒有柯南的幫助，他們能否解開暗號找到老師