線粒體和葉綠體的遺傳資訊系統 被稱為真核細胞的第二遺傳資訊系統，或核外基因及其表達體系。這是因為研究發現，線粒體和葉綠體中除有DNA外，還有RNA（mRNA、tRNA、rRNA）、核糖體、氨基酸活化酶等。說明這兩種細胞器都具有獨立進行轉錄和轉譯的功能。也就是說，線粒體和葉綠體都具有自身轉錄RNA和翻譯蛋白質的體系。但迄今為止，人們發現葉綠體僅能合成13種蛋白質，線粒體能夠合成的蛋白質也只有60多種，而參與組成線粒體和葉綠體的蛋白質卻分別有上千種。這說明，線粒體和葉綠體中自身編碼合成的蛋白質並不多，它們中的絕大多數蛋白質是由核基因編碼，在細胞質核糖體上合成的。也就是說，線粒體和葉綠體的自主程度是有限的，它們對核遺傳系統有很大的依賴性。因此，線粒體和葉綠體的生長和增殖是受核基因組及自身的基因組兩套遺傳資訊系統控制的，所以它們都被稱為半自主性細胞器。線粒體DNA呈雙鏈環狀，與細菌DNA相似。一個線粒體中可有一個或幾個DNA分子。各種生物的線粒體DNA大小不一樣，大多數動物細胞線粒體DNA的周長約為5μm，約含有16 000個鹼基對，相對分子質量比核DNA分子小100～1 000倍。葉綠體DNA也呈雙鏈環狀，其大小差異較大（有200 000～2 500 000個鹼基對）。葉綠體DNA的周長一般在40～60μm。每個線粒體中平均約含有6個線粒體DNA分子，每個葉綠體中平均約含12個葉綠體DNA分子。線粒體DNA和葉綠體DNA都可以自我複製，複製也是以半保留方式進行的。它們的複製都受細胞核的控制，複製所需的DNA聚合酶都是由細胞核DNA編碼，在細胞質核糖體上合成的。