一、菲律賓靠近亞洲重要海域南海，重要海口馬六甲海峽，透過控制馬六甲海峽，日本可以控制整個亞洲國家的外部支援資源(當時馬六甲海峽是作為國際貿易通道使用，並不是石油運送資源，這是70年代發現波斯灣石油之後的事)，控制馬六甲海峽就控制了當時美國等盟國給盟友輸送資源的重要海道;

二、當時東南亞二戰前期基本處於日本的控制，而東南亞作為二戰時候，日本瘋狂掠奪原材料、石油、木材、礦產等資源的重要地方，東南亞對於日本來說是除中國之外不可失去的重要殖民地;

三、日本海軍駐紮東南亞菲律賓，主要因為菲律賓地理位置居於東南亞中心，而且靠近南海，並且菲律賓當地土著抵抗勢力弱小，這也為日本當地駐軍降低了風險以及阻力;

這個要從海上生命運輸線說起，第二次世界大戰到了後期日本的戰爭物資已經不多了，為了能夠維持戰爭的繼續，維護海上生命線日本把海軍的主力都集中在了菲律賓，因為菲律賓是扼守著南海馬六甲海峽的重要戰略位置，日本會不惜一切代價守住，因為前期的盟國的戰略封鎖，日本的戰爭物資渠道只剩下南線通道，所謂的南線通道就是以“臺灣--菲律賓--馬來半島--印度尼西亞”為線的通道，戰爭初期日本瘋狂戰略東南亞，搶燒這裡的戰爭資源，如：橡膠、錫錠、石油等。運回日本做為戰爭資源，為戰爭服務。到最後美國還是將日本這一最後的通道給砍掉，美國通過幾次兩棲登陸作戰終結了日本的大部分的海軍力量，中途島海戰，塞班島登陸戰等。

準確的說，是太平洋戰爭後期。日本海軍也不是駐紮在菲律賓，而是中國臺灣。

這些軍艦基本都因缺少柴油而停泊港內。結果成了美軍的靶船。特別是象徵日本帝國的大和號軍艦被炸沉後。其他艦船根本就不敢出港了。

1944年10月，美國為首的盟國海軍和日本海軍在菲律賓萊特島附近展開了一場激烈的海戰，這就是著名的萊特灣海戰。萊特灣海戰是日本海軍和盟國海軍在二戰中的巔峰對決，堪稱世界史上規模最大的海戰，也是最後一次航母對決。在這場海戰中日本和盟軍在六天內投入了數十艘航母、數百艘戰艦、數千架飛機，艦艇總噸位接近300萬噸。戰爭最終以日本海軍的失敗而告終。萊特灣海戰中，日本海軍主力幾乎損失殆盡，再也無力與美國抗衡。不過有趣的是，很多人在慨嘆日本海軍覆滅的同時，卻也產生了疑惑。人們不禁要問，日本海軍為何沒有把海軍主力駐紮到本土和太平洋，而是把海軍主力駐紮到東南亞的菲律賓？日本海軍為何要在菲律賓和盟國海軍決戰？

第一，日本把海軍主力駐紮到東南亞的首要原因就是石油。日本是個資源匱乏的島國，特別是石油資源非常緊缺，可以說石油就是日本人的軟肋。二戰時日本人幾乎被石油逼瘋了。如果不是美國切斷了對日本的石油供應，日本未必會孤注一擲的和美國開戰，去東南亞搶奪石油。日本拿下印尼的油田後，大大緩解了石油短缺的問題。但由於美國海軍異常強大，日本海軍被美國海軍打得節節敗退，海上航運路線被切斷，所以日本不得不駐紮到南洋的油田，以獲得充足的燃料。如果日本海軍駐紮到本土或者太平洋的島嶼上，沒有燃油的日本軍艦就和廢銅爛鐵一樣，所以日本海軍必須駐紮到東南亞。所以，日本海軍一直在菲律賓和印尼附近晃悠，最終遭到了美英海軍的攻擊，導致了萊特灣海戰的爆發。

第二，東南亞資源豐富，是日本的石油、橡膠等資源的主要來源地。日本嚴重依賴東南亞的資源來維持運轉，但由於日本海軍在和美軍的交鋒中被打得節節敗退，美國的潛艇又不斷進行騷擾，所以日本海軍必須保障東南亞到日本本土的航線。而菲律賓恰好位於這條航線的中間，而萊特島扼菲律賓中部的海上要衝蘇里高海峽，戰略位置非常重要，是進攻呂宋島的跳板，也是保護和維繫東南亞至日本航線的戰略支撐。為了保證海上航線的暢通，日本海軍主力因此駐紮在菲律賓一帶，導致雙方的海上大決戰爆發在菲律賓的萊特灣。

第三，菲律賓位於日本本土和東南亞之間，戰略位置非常重要。日本海軍駐紮在菲律賓，南可支援印尼、馬來亞，向東可輻射越南、中國東南沿海，北上可連線本土、北韓半島，向西可通往太平洋，是日本海軍最佳的屯駐地點。日軍在塞班島、馬里亞那群島等戰役皆失利後，若再喪失菲律賓或臺灣，日本“南線”資源輸送本土的命脈將斷絕，東南亞與中國、北韓、本土的聯絡將被切斷，到時候日本連抵抗的資本都沒了。而盟軍盯上了菲律賓，試圖拿下萊特島，所以日本孤注一擲調集了所有的海軍主力和美國海軍在萊特島附近決戰，結果輸得一敗塗地，最終徹底喪失了制海權。

參考資料：《太平洋戰爭》、《萊特灣海戰》