1、不能及時定期清掏：

傳統化糞池自身的弊端是缺乏技術含量，有機物去除率低，沉澱和厭氧消化同在一個池內進行，汙水與汙泥直接接觸，致使出水呈酸性，有惡臭，經過化糞池的酸性發酵後，酸性汙水對下水道有腐蝕作用。而且化糞池沉積到一定時間後要清渣，以保證下一階段的正常執行。若長期未清掏，池內汙泥積滿，汙泥固結在池底會使化糞池的有效容積日趨減少，不能發揮截留作用，化糞池不能沉澱固體雜質，不能去除生化需氧量，形同虛設，起不到減少環境汙染的作用。因此，國家規定化糞池3?12個月為一個清掏週期。

2、化糞池的溢流造成汙染：

在春、夏等降雨較充沛的時期，由於不能及時清掏，化糞池常常發生溢流的現象，大量池內汙染物隨雨水進入自然水體，嚴重汙染了地下水源和地下供水管道，直接威脅著居民的健康。因此不能及時清掏的化糞池不僅不能起到應有的作用，相反成為汙染環境的一個汙染源。化糞池溢流還會導致建築物附近的地質鬆軟，造成建築物不同程度的傾斜，影響建築地基和房屋安全。

3、化糞池的沼氣累積：

化糞池長期無人管理，有的在化糞池上面建操場、建花壇，在較高密封程度下，糞便在消化處理過程中，產生大量的二氧化碳、甲烷、硫化氫等氣體，俗稱沼氣，易發生爆炸事故，危害人民生命財產安全，同時也會嚴重汙染環境。