華北地區芽球菊苣肉質直根一般在11月上旬末收穫，必須搶在嚴重霜凍連續發生前收穫完畢。收刨時可在壟的一側挖土，再將肉質直根刨出，然後切去地上部葉叢，留葉柄3～4釐米長，注意不要切割過低，否則會切去根頭部的生長錐，使種根失去生產芽球的能力。收穫後可暫時將肉質直根就地堆成小堆，並用切割下的蓮座葉進行覆蓋，以免肉質直根失水和受霜凍危害。與此同時應準備好貯藏窖。窖址應選擇在背陰、高燥地塊，挖寬1～1.2米、深1～1.2米、東西延長的土窖，並將挖出的土堆放在窖的南沿，以造成遮陰，使窖內溫度更趨穩定，窖口可覆蓋稻草和蒲席進行防寒保溫。華北地區約在11月中下旬（小雪節前後）土地將上凍前，將肉質直根貯入窖內，整齊地碼放，20～30釐米為一層，碼好一層、蓋一層5～10釐米厚的潮潤細土，一般可碼2～3層。貯藏前期管理上要注意防熱，覆蓋的土層和其他覆蓋物不要太厚，蒲席可晝蓋夜揭。如窖內溫度過高，則易引起肉質直根發芽或腐爛。貯藏中後期，管理上則應注意防寒保溫，要根據天氣變化，逐漸加厚覆土或稻草，蒲席可晝揭夜蓋，最嚴寒時可加蓋雙席。如窖內覆蓋物不足，則易使肉質直根遭受凍害。貯藏後期，尤其在進入翌年2月以後，管理上要重新注意防熱，應根據天氣返暖情況，逐漸撤去蒲席、稻草和蓋土，以儘量推遲其發芽並延長貯藏時間。採用此法貯藏一般可貯藏至翌年3月中下旬。貯藏期間應儘量保持窖溫在0～4℃之間，並使肉質直根不失水、不腐爛、不受凍、不長芽。在貯藏期內，可根據市場和生產的需要，隨時取用肉質直根。為了延長芽球菊苣的生產供應期，有條件的生產者，還可在3月上旬前，將肉質直根用塑膠保鮮袋分裝後放入紙箱，移送到0℃±1℃的冷庫中繼續貯存。如能在肉質直根收穫時，直接進入冷庫貯藏，則效果更好。