為何終明一朝始終沒有解決蒙古問題，主要原因在於明朝是取元代之，從政治上來說是死敵，另一個方面就是遊牧民族嚴重依賴中原的鐵器，茶，鹽等生活必須品，而明朝設立九邊制度來防範遊牧民族襲擾（也包括後金），沒有把遊牧民族放在相互平等的位置上來對待。明初，在朱元璋和朱棣多次遠征的高壓打擊下，蒙古老實了一段比較長的時間，而等到明中期，特別是英宗時期，連皇帝都被俘虜，就更談不上消滅和解決這個問題了。

後金則不然，他們本身就是遊牧民族，不存在民族意識上的不平等，因此可以和平共處，努爾哈赤統一後金，在赫圖阿拉（今遼寧省新賓縣）建立後金政權，號稱“覆育列國英明汗”，注意這裡是汗王而不是中原政權所尊崇的皇帝。

後金另一手段就是聯姻，努爾哈赤娶科爾沁貝勒明安之女博爾濟吉特氏為妃，大貝勒代善娶喀爾喀寨三貝勒之女博爾濟吉特氏為妻，皇太極更是娶了三位蒙古后妃，分別是科爾沁貝勒莽古思之女博爾濟吉特氏，立為中宮皇后（哲哲皇后），吳克善兩妹妹，即莊妃（大玉兒）與宸妃（海蘭珠），順便說一句，這三位后妃是姑侄關係。後金的聯姻政策使得蒙古貴族有機會可以登堂入室，甚至成為皇后，間接分化了蒙古各部族之間的勢力。

後金最重要的手段就是實力，皇太極繼承汗位後，於1626年至1632年分三次征討蒙古實力最強大的察哈爾林丹汗，三次均大勝而歸。林丹汗死後，其子額哲率部歸降，奉上傳國玉璽（後被證實是贗品），被封為親王，並以皇女馬喀塔格格嫁之。皇太極也在得到傳國玉璽後於1636年在盛京(今瀋陽)即皇帝位，改國號為“清”，改元崇德。

1636年三月，漠南蒙古十六部49個大小領主齊聚瀋陽，承認皇太極為汗，並奉上“博格達·徹辰汗”的尊號。皇太極又設立蒙古八旗，將蒙古軍隊收編，同時在蒙古境內設立盟旗制度，內屬、外藩共計262旗，嚴格限制各旗屬民越旗遊牧、耕種、往來、婚嫁。這個措施使得蒙古不能夠再度團結，形成對清朝有威脅的軍事力量。

總的來說，明朝首先是因為民族優越感不屑於與蒙古平等相待，中期以後因為軍事上的衰退只能以一方面修築長城重點防守，一方面定期通商，對歸順的部落封賞（如封俺答汗為順義王）的形勢保持一種均勢，互不侵犯。

而後金是透過平等相待，聯姻和親，分而化之，武力威懾多種手段相互作用，把蒙古問題徹底解決。這是清朝對中國歷史和民族融合所作出的一大貢獻。

　　蒙古草原上的遊牧民族一直都是中原封建王朝的心腹大患，從戰國末年的匈奴，到後來入主中原的蒙古，無一不給中原王朝的統治帶來過極大的威脅。朱元璋推翻蒙古後，蒙古人退回長城以北，卻依然是草原上最強悍的民族，然而到了清朝統治時期，蒙古人卻一下就變得溫順了，即便噶爾丹叛亂，卻也很難得到大多數蒙古人的支援。那麼，清王朝有何妙計安撫蒙古呢？　

　　大清對蒙古的忽悠，是在入關之前就開始的。皇太極等人許諾，若得到中原王朝，就與蒙古人共同治理，並且把與蒙古的通婚指定為基本的國策。

　　曾經入主中原的蒙古人顯然是抵不住這種強烈的誘惑的，自然就為後金馬首是瞻了。

　　清朝統一中國後，雖然沒有像許諾的那麼好，但也不算完全失信，蒙古人在清朝的地位是很高的，貴族不但多被封王封侯，蒙古的女子也多被納入後宮，成為皇帝的妻妾。從某種程度上來說，蒙古人也確實曲線的實現了和滿人的共治天下了吧。

　　藏傳佛教是清王朝統治蒙古的又一個高明手段。滿人將藏傳佛教帶入蒙古，並大肆的推廣。一旦有人信奉喇嘛教，清朝統治者不吝賞賜，除了給金錢外，還會給豪宅，當時非常多的喇嘛寺廟就很能說明這一點。而且清朝還不斷提高喇嘛領袖的地位。

　　另外，清朝還有一項嚴格的規定，那就是每個蒙古人的家庭裡，必須有一個人出家當喇嘛，只要有人當喇嘛，是可以免除徭役和賦稅的。在這樣的政策下，很多蒙古勇士變成了唸經的小喇嘛，再加上不能結婚生子，導致其人口急劇下降，從而能更好的的控制蒙古。

　　總的來說，清王朝對蒙古的政策與之前的中原王朝還是有很大區別的。過去，中原王朝對北方遊牧民族採用恩賞和和親為主的政策，而清王朝則採用懷柔的政策對待蒙古，並在潛移默化的從文化和精神層面統治蒙古人。據說這一策略來自《三國演義》。清朝皇帝的政治權術不得不讓人佩服啊！

因為元朝滅亡時，蒙古的實力還很強，軍隊還在，各個汗國還在，被明朝打了兩百年後，啥都沒了，就剩角弓了，連鐵箭頭都要進口，那些汗國也逐漸消亡了，明朝末期的特點就是明朝武將在後金這裡吃了虧貶職，然後在蒙古這裡刷戰績升回來，蒙古已經淪落到送人頭了。戚繼光常年對蒙古一比五十傷亡比，李成梁養寇自重，指的不是後金而是蒙古，反覆刷戰績邀功，就是不肯一棒打死。 還有著名的馬世龍，在東北後金吃了虧降職，在西北蒙古經常大勝刷到太子太傅。