經常使用微波爐熱菜，食用這些飯菜不會有問題，但微波爐本身在使用過程中有輻射，長時間使用會對身體有一定的危害。

微波爐是利用食物在微波場中吸收微波能量而使自身加熱的烹飪器具。在微波爐微波發生器產生的微波在微波爐腔建立起微波電場，並採取一定的措施使這一微波電場在爐腔中儘量均勻分佈，將食物放入該微波電場中，由控制中心控制其烹飪時間和微波電場強度，來進行各種各樣的烹飪過程。

通俗地講，微波是一種高頻率的電磁波，其本身並不產生熱，在宇宙、自然界中到處都有微波，但存在自然界的微波，因為分散不集中，故不能加熱食品。微波爐乃是利用其內部的磁控管，將電能轉變成微波，以2450MHZ的振盪頻率穿透食物，當微波被食物吸收時，食物內之極性分子（如水、脂肪、蛋白質、糖等）即被吸引以每秒鐘24億5千萬次的速度快速振盪，這種震盪的宏觀表現就是食物被加熱了。

微波加熱的原理簡單說來是：當微波輻射到食品上時，食品中總是含有一定量的水分，而水是由極性分子（分子的正負電荷中心，即使在外電場不存在時也是不重合的）組成的，這種極性分子的取向將隨微波場而變動。由於食品中水的極性分子的這種運動。以及相鄰分子間的相互作用，產生了類似摩擦的現象，使水溫升高，因此，食品的溫度也就上升了。用微波加熱的食品，因其內部也同時被加熱，使整個物體受熱均勻，升溫速度也快。它以每秒24.5億次的頻率，深入食物5cm進行加熱，加速分子運轉。

因為微波是一種輻射，有一種錯誤的觀點認為它會致癌。事實上，微波是一種電磁波，跟收音機和電報所用的電波、紅外線、以及可見光本質上是同樣的東西。它們的差別只在於頻率的不同。微波的頻率高於電波，低於紅外線和可見光。處於這一頻率波段的電磁波是不會致癌的。

雖然同樣被稱作“輻射”，但微波與跟X光、放射性同位素產生的輻射等是不一樣的。後兩者屬於較危險的電離輻射，而微波屬於非電離輻射，二者危險性並不相同。X光雖然也是電磁波，但是其頻率比微波高得太多，因而能量也高；而放射性同位素在衰變過程中會放射出粒子，所以它們能讓生物體產生癌變。

為了方便,年輕人喜歡用微波爐來加熱飯菜,微波爐專用的聚乙稀盒子盛飯菜,其中的化學物質在加熱的過程中仍會釋放出來,融入飯菜中,使食用者受其毒害。有人用瓷器,其實瓷器含鉛量高,對人體更是有害。所以最好不要用微波爐加熱飯菜。根據蘇聯、德國、瑞士等國家所作對對微波爐的研究，發現有許多負面的結論(01)它破壞腦組織腦的傳播是靠磁波，微波爐處理過的食物，如長期食用，會中和腦磁波，使腦退化，磁波短路，此為長期副作用(02)長期食用微波爐食物，使男女荷爾蒙分泌量減低或改變。(03)微波爐食物的副產品，是長期而永久性的殘存於人體內。(04)食物中的礦物質，維生素及營養大量減少，或改變成致癌物，以及許多不能為身體所分解的合成物。(05)微波爐烹煮的食物，使蔬菜中的礦物質，改變成會破壞人體的自由基。(06)微波爐食物能引起胃癌，有些胃癌及腸癌，皆與吃太多微波爐食物有關。這或許解釋了何以美華人近些年來，患直腸癌的比例如此迅速增加。(07)長期吃微波爐食物，易使身體產生大量癌細胞。(08)長期攝取微波爐食物，由於其中營養已被破壞，將使身體免疫系統出問題。(09)這樣的食物，終將使記憶退化，精神不集中，情緒不穩定，且理解力降低。