佐助與卡卡西棋逢對手，同時晉升上忍，水門分別贈予飛雷神苦無。
神無毗橋之戰，兩人共任隊長。琳被抓走，佐助去救，卡卡西口頭拒絕暗地跟蹤。在洞口旁，佐助遇險，卡卡西來救，巖忍隱身，卡卡西左眼被割瞎，佐助開啟雙單勾玉寫輪眼擊敗巖忍。兩人合力擊敗洞中巖忍救出琳，岩石砸來，佐助推開卡卡西自己也成功脫險。佐助卡卡西琳苦戰洞外巖忍眾終因敵眾我寡而不敵，被四代飛雷神救出。此戰後，木葉多了一位寫輪眼英雄與一位獨眼英雄。
三戰後，和平到來，水門升任四代火影，卡卡西、佐助加入暗部。佐助用寫輪眼複製了卡卡西的千鳥，苦學宇智波火遁、手裡劍術、寫輪眼幻術，在止水、鼬的幫助下突飛猛進。卡卡西苦練白牙劍術，四代傳授其飛雷神之術、螺旋丸，自學通靈術等。琳繼續鑽研醫療忍術。
木葉頻頻發生人員失蹤事件，許多人失蹤了，其中有不少宇智波族人。佐助奉命調查發現是大蛇丸搞的鬼，佐助不敵大蛇丸，危急之際，三代趕來，大蛇丸撤退卻在佐助身上留了咒印。三代對佐助用了封邪法印。三代因大蛇丸叛逃一事對佐助十分愧疚，外加佐助十分優秀與自己父親同名覺得佐助尊敬自己的父親，三代決定悉心培養佐助。佐助更加精通雷火雙遁了：學會了猿飛火遁並將其與宇智波火遁結合；忍術教授指導佐助如何更好地使用雷遁尤其是千鳥。
玖奈辛生出鳴人後，大蛇丸以鳴人挾持四代趁機擄走玖奈辛召喚九尾襲擊木葉。四代打跑大蛇丸，用屍鬼封盡削弱再將九尾封印在鳴人體內，與玖奈辛共赴黃泉。三代復出，有意將佐助培養為第五代。可九尾襲擊木葉時，眼睛出現了寫輪眼的圖案，團藏為首的木葉高層認為這是宇智波的陰謀，反對三代，認為該培養卡卡西。九尾事件後木葉高層更加排斥宇智波了。隨著時間的流逝，村子與宇智波日益激化，正當止水眼睛被團藏所奪，鼬正要滅族之際，佐助透過調查發現是大蛇丸（竄通團藏（暗報三代））嫁禍給宇智波的真相，化解了宇智波被滅族之禍。由於團藏在木葉經營多年，盤根錯節，三代決定暗中慢慢削弱剷除團藏的勢力。
鳴人與帶土從小孤苦伶仃，同為班裡的吊車尾，同病相憐成了好朋友。帶土不因大人對鳴人異樣的眼光而像其他孩子一樣排斥鳴人。鳴人與帶土互幫互助共同成長在學校裡的成績由吊車尾升到了中庸水平。兩人與小櫻組成7班由卡卡西帶隊，搶鈴鐺測試因帶土重視同伴分飯給鳴人吃而透過。波之國，帶土因鳴人被白打傷開啟雙勾玉卻仍不敵被鳴人開掛救起。中忍考試，第一場帶土寫輪眼複製小櫻憑實力鳴人演戲透過，第二場在兜的幫助下透過也沒有大蛇丸的襲擊，第三場預賽帶土開寫輪眼憑體術輕鬆擊敗吸藍男，一個月期間，在卡卡西的訓練下帶土體術大幅增強，決賽帶土憑藉高速移動輕鬆虐毆我愛羅，我愛羅開沙“防護罩”，帶土起爆符破之，我愛羅受傷。此時，毀滅木葉行動開始，假扮風影的大蛇丸劫持了三代，三代護衛佐助激戰君麻呂。帶土追擊我愛羅，鳴人小櫻後來跟隨。沙忍音忍入侵，根響應，鼬對戰團藏。帶土被我愛羅打殘，鳴人開掛打敗我愛羅，帶土回村看到族人與村民慘死開啟三勾玉。三代屍鬼封盡大蛇丸的手與穢土初代二代死去。佐助險勝君麻呂，咒印的烙印卻被喚醒了，佐助前往支援鼬發現鼬被團藏殺了怒開萬花筒對戰殘血團藏，團藏依邪那岐炸死弄瞎佐助雙眼後在藥師兜的護衛下夥同大蛇丸逃離了木葉（本想補刀佐助奈何富嶽來了），毀滅木葉計劃失敗，木葉損失慘重。
佐助在琳的幫助下移植了鼬的眼睛，養病。第七班跟隨自來也尋找綱手，期間鳴人帶土學會了螺旋丸。三忍大戰，大蛇丸率領音忍四人眾水月香磷重吾音忍對戰自來也綱手靜音第七班。音忍突襲擄走小櫻，帶土去救，小櫻與音忍在一山洞裡，帶土擊敗音忍救出小櫻，卻因戰鬥使山洞崩塌，帶土被壓在岩石下，帶土自知自己死期將至決心讓綱手把眼睛移植給獨眼的卡卡西老師。因為大蛇丸集團的步步緊逼，帶土因山體崩塌而被掩埋了。三忍大戰後木葉多了兩位寫輪眼英雄。
三年後，鳴人隨自來也苦學歸來。佐助將永恆萬花筒運用得如火純青了。我愛羅被曉擄走了，卡卡西佐助（共任班長）鳴人小櫻組成新第七班前去營救。佐助直接天照燒掉迪達拉一隻胳膊，迪達拉自爆，卡卡西神威與佐助加具土命合力將迪達拉轉移燃盡。蠍，佐助直接須佐一箭打爆傀儡，須佐能乎加具土命箭射死三代風影燒死百個傀儡，一發千鳥直擊命脈。天地橋，佐助十拳劍封印大蛇丸（繼承鼬須佐能力與別天神），比團藏先手一步別天神控制團藏，讓團藏用別天神控制兜移植柱間細胞到自己身上。接著解除別天神血戰依邪那岐團藏與仙人兜，瀕死遇見六道仙人獲得六道之力、開啟九勾玉輪迴眼！（期間多虧小櫻的醫療輔助，卡卡西鳴人應付兜團藏）佐助幻術輪迴眼一瞪直接控住團藏兜，佐助吸取了兜身上所有的仙人之力，隨後將兩人斬殺。
佐助偽裝成蠍潛入曉調查，發現帶土沒死！帶土被斑黑化洗腦並且成為了曉的幕後黑手。佐助擒拿八尾給帶土（一瞪幻術輪迴眼搞定），佐助直接別天神帶土讓帶土改邪歸正。佐助天手力到鳴人那將鳴人斬殺抽出九尾後又將其輪迴天生復活。佐助集齊九大尾獸召喚外道魔像成為十尾人柱力，超六道佐助！佐助可以自由穿梭在宇宙中,佐助找到大筒木一族的母星探索六道之力的根源。
宇智波佐助成為全宇宙的至高無上的神！君臨天下，造福眾生！
佐助與卡卡西棋逢對手，同時晉升上忍，水門分別贈予飛雷神苦無。
神無毗橋之戰，兩人共任隊長。琳被抓走，佐助去救，卡卡西口頭拒絕暗地跟蹤。在洞口旁，佐助遇險，卡卡西來救，巖忍隱身，卡卡西左眼被割瞎，佐助開啟雙單勾玉寫輪眼擊敗巖忍。兩人合力擊敗洞中巖忍救出琳，岩石砸來，佐助推開卡卡西自己也成功脫險。佐助卡卡西琳苦戰洞外巖忍眾終因敵眾我寡而不敵，被四代飛雷神救出。此戰後，木葉多了一位寫輪眼英雄與一位獨眼英雄。
三戰後，和平到來，水門升任四代火影，卡卡西、佐助加入暗部。佐助用寫輪眼複製了卡卡西的千鳥，苦學宇智波火遁、手裡劍術、寫輪眼幻術，在止水、鼬的幫助下突飛猛進。卡卡西苦練白牙劍術，四代傳授其飛雷神之術、螺旋丸，自學通靈術等。琳繼續鑽研醫療忍術。
木葉頻頻發生人員失蹤事件，許多人失蹤了，其中有不少宇智波族人。佐助奉命調查發現是大蛇丸搞的鬼，佐助不敵大蛇丸，危急之際，三代趕來，大蛇丸撤退卻在佐助身上留了咒印。三代對佐助用了封邪法印。三代因大蛇丸叛逃一事對佐助十分愧疚，外加佐助十分優秀與自己父親同名覺得佐助尊敬自己的父親，三代決定悉心培養佐助。佐助更加精通雷火雙遁了：學會了猿飛火遁並將其與宇智波火遁結合；忍術教授指導佐助如何更好地使用雷遁尤其是千鳥。
玖奈辛生出鳴人後，大蛇丸以鳴人挾持四代趁機擄走玖奈辛召喚九尾襲擊木葉。四代打跑大蛇丸，用屍鬼封盡削弱再將九尾封印在鳴人體內，與玖奈辛共赴黃泉。三代復出，有意將佐助培養為第五代。可九尾襲擊木葉時，眼睛出現了寫輪眼的圖案，團藏為首的木葉高層認為這是宇智波的陰謀，反對三代，認為該培養卡卡西。九尾事件後木葉高層更加排斥宇智波了。隨著時間的流逝，村子與宇智波日益激化，正當止水眼睛被團藏所奪，鼬正要滅族之際，佐助透過調查發現是大蛇丸（竄通團藏（暗報三代））嫁禍給宇智波的真相，化解了宇智波被滅族之禍。由於團藏在木葉經營多年，盤根錯節，三代決定暗中慢慢削弱剷除團藏的勢力。
鳴人與帶土從小孤苦伶仃，同為班裡的吊車尾，同病相憐成了好朋友。帶土不因大人對鳴人異樣的眼光而像其他孩子一樣排斥鳴人。鳴人與帶土互幫互助共同成長在學校裡的成績由吊車尾升到了中庸水平。兩人與小櫻組成7班由卡卡西帶隊，搶鈴鐺測試因帶土重視同伴分飯給鳴人吃而透過。波之國，帶土因鳴人被白打傷開啟雙勾玉卻仍不敵被鳴人開掛救起。中忍考試，第一場帶土寫輪眼複製小櫻憑實力鳴人演戲透過，第二場在兜的幫助下透過也沒有大蛇丸的襲擊，第三場預賽帶土開寫輪眼憑體術輕鬆擊敗吸藍男，一個月期間，在卡卡西的訓練下帶土體術大幅增強，決賽帶土憑藉高速移動輕鬆虐毆我愛羅，我愛羅開沙“防護罩”，帶土起爆符破之，我愛羅受傷。此時，毀滅木葉行動開始，假扮風影的大蛇丸劫持了三代，三代護衛佐助激戰君麻呂。帶土追擊我愛羅，鳴人小櫻後來跟隨。沙忍音忍入侵，根響應，鼬對戰團藏。帶土被我愛羅打殘，鳴人開掛打敗我愛羅，帶土回村看到族人與村民慘死開啟三勾玉。三代屍鬼封盡大蛇丸的手與穢土初代二代死去。佐助險勝君麻呂，咒印的烙印卻被喚醒了，佐助前往支援鼬發現鼬被團藏殺了怒開萬花筒對戰殘血團藏，團藏依邪那岐炸死弄瞎佐助雙眼後在藥師兜的護衛下夥同大蛇丸逃離了木葉（本想補刀佐助奈何富嶽來了），毀滅木葉計劃失敗，木葉損失慘重。
佐助在琳的幫助下移植了鼬的眼睛，養病。第七班跟隨自來也尋找綱手，期間鳴人帶土學會了螺旋丸。三忍大戰，大蛇丸率領音忍四人眾水月香磷重吾音忍對戰自來也綱手靜音第七班。音忍突襲擄走小櫻，帶土去救，小櫻與音忍在一山洞裡，帶土擊敗音忍救出小櫻，卻因戰鬥使山洞崩塌，帶土被壓在岩石下，帶土自知自己死期將至決心讓綱手把眼睛移植給獨眼的卡卡西老師。因為大蛇丸集團的步步緊逼，帶土因山體崩塌而被掩埋了。三忍大戰後木葉多了兩位寫輪眼英雄。
三年後，鳴人隨自來也苦學歸來。佐助將永恆萬花筒運用得如火純青了。我愛羅被曉擄走了，卡卡西佐助（共任班長）鳴人小櫻組成新第七班前去營救。佐助直接天照燒掉迪達拉一隻胳膊，迪達拉自爆，卡卡西神威與佐助加具土命合力將迪達拉轉移燃盡。蠍，佐助直接須佐一箭打爆傀儡，須佐能乎加具土命箭射死三代風影燒死百個傀儡，一發千鳥直擊命脈。天地橋，佐助十拳劍封印大蛇丸（繼承鼬須佐能力與別天神），比團藏先手一步別天神控制團藏，讓團藏用別天神控制兜移植柱間細胞到自己身上。接著解除別天神血戰依邪那岐團藏與仙人兜，瀕死遇見六道仙人獲得六道之力、開啟九勾玉輪迴眼！（期間多虧小櫻的醫療輔助，卡卡西鳴人應付兜團藏）佐助幻術輪迴眼一瞪直接控住團藏兜，佐助吸取了兜身上所有的仙人之力，隨後將兩人斬殺。
佐助偽裝成蠍潛入曉調查，發現帶土沒死！帶土被斑黑化洗腦並且成為了曉的幕後黑手。佐助擒拿八尾給帶土（一瞪幻術輪迴眼搞定），佐助直接別天神帶土讓帶土改邪歸正。佐助天手力到鳴人那將鳴人斬殺抽出九尾後又將其輪迴天生復活。佐助集齊九大尾獸召喚外道魔像成為十尾人柱力，超六道佐助！佐助可以自由穿梭在宇宙中,佐助找到大筒木一族的母星探索六道之力的根源。
宇智波佐助成為全宇宙的至高無上的神！君臨天下，造福眾生！