協和醫院存在相對薄弱的科室。

在北京市內看：

協和醫院的耳鼻喉科、眼科不如一街之隔的同仁醫院。

協和醫院的神經外科不如宣武醫院、天壇醫院。

協和醫院的心胸外科不如阜外醫院、安貞醫院。

協和醫院的心血管內科不如阜外醫院、安貞醫院，恐怕在北醫的三個綜合性附屬醫院面前也沒有優勢。

因為兒科曾經停辦多年，協和醫院的兒科也不如北京兒童醫院、首都兒研所。

腫瘤放化療，協和醫院不如潘家園和定慧寺。

如果跟京外城市的醫院相比，協和醫院的一些短板就更顯眼了。全省人均收入在全國險些跌出前十名的省份，人均GDP全省排名第六的城市，有的醫院拿出優勢科室跟協和的劣勢科室“田忌賽馬”，會發現實力相當甚至略勝一籌。

大家都知道，臨床經驗來自大量實踐的積累。2017年協和醫院年門診量近370萬人次，在全國範圍內並不突出。協和醫院多年來“精品辦院”，很多科室“小而精”，收治病人數量存在侷限性。協和醫院水平再高，備不住有的醫院常年以幾倍的數量收治病人，實踐上的差距就縮小了。

儘管協和醫院並不是所有的要素都是全國最好的，但是協和醫院的整體實力大家是有目共睹的。如何在並不全面佔優的情況下，把課本上都寫的清清楚楚的事情做的比別人更好，是協和醫院的精髓所在。

另外，需要“頂級醫生”的病人少之又少。有一定基礎的醫院只要認真做事情，也可以成為“頂級”。協和醫院貴在“認真”。