●工藤大器（工藤 タイキ，Taiki Kudou）
聲優：高山南
簡介：本作男主角，13歲的中一學生（第三部以後為中二），父親因職業賽車出國後與母親兩人獨居。老實人且愛幫助別人的性格，體格強韌，過去一直是社團救兵，有著「怎麼能拋開不管！」的口頭禪。經常為了幫助他人而累垮。運動神經非常好。好的過頭。往後跳能做出迴旋式的後空翻，落地很遠。（54集在巴古拉身體裡做出）
因為高吼獸的求救聲而來到數碼世界，順便把當時他的兩位朋友陽本明裡跟劍善次郎也一起捲進數碼世界，之後成為率領Xros Heart隊伍的指揮官。第三期大器跟悠為了守護人類世界，指導捕獵數碼獸的激。名字的由來是“大器”=器量大的人。●蒼沼切羽（蒼沼キリハ Kiriha Aonuma）
聲優：草尾毅
簡介：名校艾莉特中學的中一學生，被巴古拉獸召喚到數碼世界。率領暴龍獸等數碼獸，身為Blue Flare之指揮官，在家庭方面有不愉快的經歷。一開始時經常使用不光彩的手段攻擊敵人，但和工藤大器等人戰鬥和合作後處事方式逐漸改變。第三期前往美國並與機械暴龍獸重逢，其後環遊世界獨自調查數碼晶界的事情。●天野音音（天野ネネ，Nene Amano）
聲優：桑島法子
簡介：率領著謎之軍團吠眀椀氀椀最梔琀萀蹶少女。目的是為了尋找最強的戰士，不時在各方勢力間予以插手。因為骷髏騎士獸需要黑暗力量讓Darkness Loader甦醒，所以骷髏騎士獸以其弟弟作威脅，利用天野音音幫忙收集黑暗力量。在“Xros Heart”團隊的理念感動下，在第24話正式加入為“Xros Heart”一員，悠的Xros Loader也從原本的黑色變成淡紫色，持有權轉移到為音音身上。第三期時音音到香港發展演藝事業。●天野悠（天野ユウ）
聲優：衝佳苗（日）
音音的弟弟，13歲的小六生（第三部以後為中一）。骷髏騎士獸為了需要黑暗力量讓Darkness Loader甦醒，把他作為人質用作威脅音音幫忙收集黑暗力量。於邪惡的死亡指揮官與七個王國篇，天野悠受控制成為了Twilight的新指揮官。但日後因不行獸戰死的打擊而醒悟，悔改並回到音音身邊。後來因為仰慕大器，追隨其進入大器與善二郎就讀的中學。第三期大器跟悠為了守護人類世界，指導捕獵數碼獸的激。漫畫版並未登場。獵人●明石激（明石タギル）
聲優：井上麻裡奈
簡介：本作第三期登場的新主角，和悠一起就讀大器學校的同班同學，加入大器、悠組成的“Xros Heart”三人籃球隊，以超越大器為目標。在偶然的情況下進入了數碼晶界，目睹了最上龍馬等人進行狩獵的情況，同時與膠龍獸相遇，因同樣想超越數碼世界的國王（大器的搭檔高吼獸）而志氣相投成為夥伴。令人意外地擅長料理，喜歡吃御好燒。表面既衝動又粗線條，其實激也有著溫柔的一面。因大器被龍馬（被晶界獸操縱時）暗下毒手，而替代大器的的英雄位置，併成功捕獲晶界獸。●最上龍馬（最上リョウマ）
聲優：柿原徹也
簡介：第三期登場，持有Xros Loader的銀髮少年，搭檔數碼獸為阿斯塔獸。與蓮、愛琉組成獵人小組擔任軍師的角色。個性冷靜慷慨總是面帶微笑的男孩，不會因隊友意見不合或狩獵成績而打亂思考。似乎知道大器一年前的事蹟，並對新人激做某種程度的狩獵指導。是晶界獸（邪惡的存在）的夥伴，也就是最終boss，實際上被假裝成阿斯塔獸的晶界獸操縱。●戶張蓮（戸張レン）
第三期登場，搭檔數碼獸為德拉庫獸。龍馬的隊友，冷靜的獵手。已擁有許多罕見數碼獸。以捕獲稀有數碼獸為目的，但除此之外的都沒有興趣。為了捕捉稀有的數碼獸而不惜傷害任何人。●洲崎愛琉（洲崎アイル）
聲優：潘めぐみ
第三期登場，搭檔數碼獸為負鼠獸。視數碼獸狩獵為樂趣的女孩。龍馬的隊友，喜歡收集“卡哇伊”數碼獸，以捕捉可愛的數碼獸為狩獵目標，自稱“可愛獵人”，性格非常自我中心，同時也擅長計策和陷阱。愛慕天野悠。●真下英秋（真下ヒデアキ）
聲優：阪口周平
第三期登場，持有Xros Loader的東雲區少年，搭檔數碼獸為杜賓犬獸。希望在狩獵中儲存足夠的資金開章魚燒店，對狩獵本身不感興趣。●船橋貴一（船橋キイチ）
聲優：大本真基子
第三期登場，激的同班同學，與激一樣被鐘錶行爺爺給予Xros Loader。成為數碼獸獵人卻不狩獵數碼獸，只要和大家一起乘坐機車獸旅行。●水樹
聲優：雪野五月●ハルキ、ケン、ノボル
聲優：根本幸多、岡本寛志、粕谷雄太
第68話中參與捕獵活動的三位龍套獵人3部劇情●普通篇（主要環繞各隊伍彼此爭奪Zone）。邪惡的死亡指揮官與七個王國。穿越時空的少年獵人們
●工藤大器（工藤 タイキ，Taiki Kudou）
聲優：高山南
簡介：本作男主角，13歲的中一學生（第三部以後為中二），父親因職業賽車出國後與母親兩人獨居。老實人且愛幫助別人的性格，體格強韌，過去一直是社團救兵，有著「怎麼能拋開不管！」的口頭禪。經常為了幫助他人而累垮。運動神經非常好。好的過頭。往後跳能做出迴旋式的後空翻，落地很遠。（54集在巴古拉身體裡做出）
因為高吼獸的求救聲而來到數碼世界，順便把當時他的兩位朋友陽本明裡跟劍善次郎也一起捲進數碼世界，之後成為率領Xros Heart隊伍的指揮官。第三期大器跟悠為了守護人類世界，指導捕獵數碼獸的激。名字的由來是“大器”=器量大的人。●蒼沼切羽（蒼沼キリハ Kiriha Aonuma）
聲優：草尾毅
簡介：名校艾莉特中學的中一學生，被巴古拉獸召喚到數碼世界。率領暴龍獸等數碼獸，身為Blue Flare之指揮官，在家庭方面有不愉快的經歷。一開始時經常使用不光彩的手段攻擊敵人，但和工藤大器等人戰鬥和合作後處事方式逐漸改變。第三期前往美國並與機械暴龍獸重逢，其後環遊世界獨自調查數碼晶界的事情。●天野音音（天野ネネ，Nene Amano）
聲優：桑島法子
簡介：率領著謎之軍團吠眀椀氀椀最梔琀萀蹶少女。目的是為了尋找最強的戰士，不時在各方勢力間予以插手。因為骷髏騎士獸需要黑暗力量讓Darkness Loader甦醒，所以骷髏騎士獸以其弟弟作威脅，利用天野音音幫忙收集黑暗力量。在“Xros Heart”團隊的理念感動下，在第24話正式加入為“Xros Heart”一員，悠的Xros Loader也從原本的黑色變成淡紫色，持有權轉移到為音音身上。第三期時音音到香港發展演藝事業。●天野悠（天野ユウ）
聲優：衝佳苗（日）
音音的弟弟，13歲的小六生（第三部以後為中一）。骷髏騎士獸為了需要黑暗力量讓Darkness Loader甦醒，把他作為人質用作威脅音音幫忙收集黑暗力量。於邪惡的死亡指揮官與七個王國篇，天野悠受控制成為了Twilight的新指揮官。但日後因不行獸戰死的打擊而醒悟，悔改並回到音音身邊。後來因為仰慕大器，追隨其進入大器與善二郎就讀的中學。第三期大器跟悠為了守護人類世界，指導捕獵數碼獸的激。漫畫版並未登場。獵人●明石激（明石タギル）
聲優：井上麻裡奈
簡介：本作第三期登場的新主角，和悠一起就讀大器學校的同班同學，加入大器、悠組成的“Xros Heart”三人籃球隊，以超越大器為目標。在偶然的情況下進入了數碼晶界，目睹了最上龍馬等人進行狩獵的情況，同時與膠龍獸相遇，因同樣想超越數碼世界的國王（大器的搭檔高吼獸）而志氣相投成為夥伴。令人意外地擅長料理，喜歡吃御好燒。表面既衝動又粗線條，其實激也有著溫柔的一面。因大器被龍馬（被晶界獸操縱時）暗下毒手，而替代大器的的英雄位置，併成功捕獲晶界獸。●最上龍馬（最上リョウマ）
聲優：柿原徹也
簡介：第三期登場，持有Xros Loader的銀髮少年，搭檔數碼獸為阿斯塔獸。與蓮、愛琉組成獵人小組擔任軍師的角色。個性冷靜慷慨總是面帶微笑的男孩，不會因隊友意見不合或狩獵成績而打亂思考。似乎知道大器一年前的事蹟，並對新人激做某種程度的狩獵指導。是晶界獸（邪惡的存在）的夥伴，也就是最終boss，實際上被假裝成阿斯塔獸的晶界獸操縱。●戶張蓮（戸張レン）
聲優：桑島法子
第三期登場，搭檔數碼獸為德拉庫獸。龍馬的隊友，冷靜的獵手。已擁有許多罕見數碼獸。以捕獲稀有數碼獸為目的，但除此之外的都沒有興趣。為了捕捉稀有的數碼獸而不惜傷害任何人。●洲崎愛琉（洲崎アイル）
聲優：潘めぐみ
第三期登場，搭檔數碼獸為負鼠獸。視數碼獸狩獵為樂趣的女孩。龍馬的隊友，喜歡收集“卡哇伊”數碼獸，以捕捉可愛的數碼獸為狩獵目標，自稱“可愛獵人”，性格非常自我中心，同時也擅長計策和陷阱。愛慕天野悠。●真下英秋（真下ヒデアキ）
聲優：阪口周平
第三期登場，持有Xros Loader的東雲區少年，搭檔數碼獸為杜賓犬獸。希望在狩獵中儲存足夠的資金開章魚燒店，對狩獵本身不感興趣。●船橋貴一（船橋キイチ）
聲優：大本真基子
第三期登場，激的同班同學，與激一樣被鐘錶行爺爺給予Xros Loader。成為數碼獸獵人卻不狩獵數碼獸，只要和大家一起乘坐機車獸旅行。●水樹
聲優：雪野五月●ハルキ、ケン、ノボル
聲優：根本幸多、岡本寛志、粕谷雄太
第68話中參與捕獵活動的三位龍套獵人3部劇情●普通篇（主要環繞各隊伍彼此爭奪Zone）。邪惡的死亡指揮官與七個王國。穿越時空的少年獵人們