為達到汙水中汙染物質降解的目的，遴選、培養、組合針對汙水特別降解能力的微生物菌形成菌群，成為專門的汙水處理菌種，稱為汙水處理菌。。

菌種源自於大自然，加以人工培育馴化，最終迴歸大自然，擔任修復水體氮迴圈的使命，符合無毒、無公害、無二次汙染、對人體無害的原則。能有效去除氨氮、BOD、COD、SS、硝酸根、硫酸根、色度、臭味、毒性物質、化合汙染物等，而不需化學混凝、助凝的過程。

汙水處理菌的主要分類

硝化細菌：硝化細菌 ( Nitrifying bacteria ) 是一種好氧性細菌，包括亞硝酸菌和硝酸菌。生活在有氧的水中或砂層中，在氮迴圈水質淨化過程中扮演著很重要的角色。廣泛存在大自然各個角落，空氣、江河、大海、土壤都有，生物學中發現的硝化細菌有幾千種之多。

反硝化細菌：反硝化細菌是一種能引起反硝化作用的細菌。多為異養、兼性厭氧細菌，如反硝化桿菌、斯氏桿菌、螢氣極毛桿菌等。它們在氙氣條件下，利用硝酸中的氧，氧化有機物質而獲得自身生命活動所需的能量。反硝化細菌廣泛分佈於土壤、廄肥和汙水中。可以將硝態氮轉化為氮氣而不是氨態氮，與硝化細菌作用不完全相反。主要應用於汙水處理,如景觀水治理,城市內河治理,水產養殖處理等,其中水產養殖汙水處理應用最為廣泛。

硝化反硝化複合菌種：具備硝化和反硝化雙重作用的複合菌種，在汙水處理環境日益複雜的情況下，單一使用硝化或反硝化菌種越來越難達成菌種平衡，硝化反硝化的配比多數企業對汙此的掌握也並非準確，造成大量菌種資源浪費或不足，難以達成理想的汙水處理效果。複合菌種可根據水質情況自我擴繁，達到菌種平衡，讓汙水處理工作更簡單、高效。