看來還是有人沒弄明白書中程心掉進黑域之後的狀況，這裡捋一捋吧：
1.準確地說，程心乘坐星環號飛往的星系不叫藍星星系，而是DX3906星系。這是危機紀元時代的編號，在程心和艾AA離開二維化太陽系的時候，這顆恆星的編號是S74390E2。這個星系擁有兩顆行星，都是固態行星，因其表面主要顏色的不同分別被稱為藍星和灰星。但一個星系是以恆星命名的，所以這個星系是DX3906星系而不是藍星星系；
2.程心她們具體降落的地點是藍星。這是一顆藍色為主的行星，體積與火星相當，行星上有藍色的可以行走的植物。藍星的大氣成分與地球類似，人類在這裡可以無須藉助氧氣面罩而自主呼吸。藍星上雖然有生命，但是沒有文明存在的痕跡。而灰星距離DX3906較遠，沒有大氣層，表面十分荒涼；
3.程心她們一下飛船就見到了一個人類男人，他不是雲天明，而是正在這裡進行科學考察的關一帆。程心本來是跟雲天明說好有朝一日在“我們的星星”相見的，但無法確定具體的時間，因此不能斷定雲天明一定會來，因此在關一帆的勸說下，程心和艾AA打算跟隨關一帆一起離開，去追隨已經在其他地方落腳的星艦人類；
4.啟程前，關一帆收到監視衛星發來的報告：發現灰星有不明飛行器短暫降落。關一帆決定去灰星探察，程心希望知道這些飛行器是否與雲天明有關，強烈要求一同前往；
5.程心和關一帆乘坐“亨特號”到達灰星，發現飛行器與雲天明無關，而且飛行器在灰星上方製造了五根死線，也就是光速為0的無引力黑洞。關一帆介紹，死線極易因擾動而擴散，擴散後的死線光速不再為0，但同樣是每秒十幾千米的低光速，事實上就會形成黑域；
6.程心和關一帆離開灰星返回藍星。在進入藍星軌道時，收到艾AA的資訊：雲天明的飛船已於3個小時前降落藍星，雲天明還給程心帶來了一件禮物。程心和關一帆從亨特號轉移到穿梭機，並減速準備降落。但在穿梭機進入藍星大氣層之後，一件尖厲的怪聲傳來，程心有掉進了一種“時間真空”的感覺，原來穿梭機進入了黑域；
7.根據關一帆的解釋，有可能是雲天明的飛船在不知情的狀況下使灰星上方的死線出現擾動，迅速擴散至整個DX3906星系。也就是說，現在整個DX3906星系已經變成了一個光速只有每秒十幾千米的黑域。穿梭機裡的程心和關一帆，以及藍星上的艾AA和雲天明，都被困在黑域裡，永遠無法離開DX3906星系了；
8.雖然同在DX3906星系或者說DX3906黑域，但是穿梭機先前的速度是遠高於每秒十幾千米的，由於光速不可超越，在掉進DX3906黑域範圍的瞬間，穿梭機的速度被迫下降到和這個黑域的光速持平。也就是說，現在穿梭機在這個黑域裡，以這個黑域的光速在藍星的大氣層盤旋，無法落地；
9.在低光速狀態下，穿梭機原來的計算機徹底失效，包括控制系統、聯絡系統等各種裝置完全無法使用，所以程心和關一帆無法與外界聯絡。後來關一帆啟動了專門應對低光速狀況的神經元計算機，才使穿梭機脫離DX3906黑域的光速，進一步減速至成功在藍星表面降落。但這個過程耗費了16天，而根據相對論“鐘慢尺縮”的原理，以光速執行的穿梭機上的這16天，底下以非光速執行的藍星已經過去整整1890萬年！
10.程心和關一帆走出穿梭機時，踏足的是1890萬年後的藍星，這時因為光輻射的改變，已經變成一顆紫色為主的行星。行星上沒有任何人類和其他智慧生命存在的跡象，關一帆按照程心的意見，讓同樣配置了神經元計算機並且能夠自啟動的“亨特號”飛船探索這顆行星地表下的情況，結果在地下23米至28米，遙感探測發現了刻在岩石上的幾行字。那是艾AA和雲天明留給他們的，從中可以得知，艾AA和雲天明也是終老藍星沒有離開，而云天明帶給程心的禮物，是一個獨立於大宇宙時間之外的小宇宙；
11.程心和關一帆根據這些文字的指引，進入小宇宙中過了一段時間的美好田園生活。直到大宇宙將要坍縮的時刻到來，他們接到迴歸運動宣告，並響應倡議退出小宇宙，回到即將迎來末日的大宇宙中。
整個過程大概就是這樣。這就是為什麼程心和雲天明明明在同一個恆星系，或者說同在藍星，卻陰差陽錯不能見上一面的原因。因為變成黑域的DX3906星系將程心和雲天明分隔在“光速”和“非光速”兩個區域，兩個區域產生巨大的時間差，最終用滄海桑田的方式永遠隔開程心和雲天明。所以，對題主的問題應該這麼回答：程心和雲天明是被一同困在藍星，而且一開始是處於相同的時空，但是之後時間不同步，最終倆人被困在同一個空間的不同時間裡。
參見之前回答的相關問答：
《<三體>小說裡面，為什麼程心和關一帆從灰星迴到藍星用了16天？》
《不考慮相對論，假設我在光速飛船裡，100光年要多久到？》
《<三體>裡，雲天明為什麼不和艾aa一起進小宇宙等程心？》
看來還是有人沒弄明白書中程心掉進黑域之後的狀況，這裡捋一捋吧：
1.準確地說，程心乘坐星環號飛往的星系不叫藍星星系，而是DX3906星系。這是危機紀元時代的編號，在程心和艾AA離開二維化太陽系的時候，這顆恆星的編號是S74390E2。這個星系擁有兩顆行星，都是固態行星，因其表面主要顏色的不同分別被稱為藍星和灰星。但一個星系是以恆星命名的，所以這個星系是DX3906星系而不是藍星星系；
2.程心她們具體降落的地點是藍星。這是一顆藍色為主的行星，體積與火星相當，行星上有藍色的可以行走的植物。藍星的大氣成分與地球類似，人類在這裡可以無須藉助氧氣面罩而自主呼吸。藍星上雖然有生命，但是沒有文明存在的痕跡。而灰星距離DX3906較遠，沒有大氣層，表面十分荒涼；
3.程心她們一下飛船就見到了一個人類男人，他不是雲天明，而是正在這裡進行科學考察的關一帆。程心本來是跟雲天明說好有朝一日在“我們的星星”相見的，但無法確定具體的時間，因此不能斷定雲天明一定會來，因此在關一帆的勸說下，程心和艾AA打算跟隨關一帆一起離開，去追隨已經在其他地方落腳的星艦人類；
4.啟程前，關一帆收到監視衛星發來的報告：發現灰星有不明飛行器短暫降落。關一帆決定去灰星探察，程心希望知道這些飛行器是否與雲天明有關，強烈要求一同前往；
5.程心和關一帆乘坐“亨特號”到達灰星，發現飛行器與雲天明無關，而且飛行器在灰星上方製造了五根死線，也就是光速為0的無引力黑洞。關一帆介紹，死線極易因擾動而擴散，擴散後的死線光速不再為0，但同樣是每秒十幾千米的低光速，事實上就會形成黑域；
6.程心和關一帆離開灰星返回藍星。在進入藍星軌道時，收到艾AA的資訊：雲天明的飛船已於3個小時前降落藍星，雲天明還給程心帶來了一件禮物。程心和關一帆從亨特號轉移到穿梭機，並減速準備降落。但在穿梭機進入藍星大氣層之後，一件尖厲的怪聲傳來，程心有掉進了一種“時間真空”的感覺，原來穿梭機進入了黑域；
7.根據關一帆的解釋，有可能是雲天明的飛船在不知情的狀況下使灰星上方的死線出現擾動，迅速擴散至整個DX3906星系。也就是說，現在整個DX3906星系已經變成了一個光速只有每秒十幾千米的黑域。穿梭機裡的程心和關一帆，以及藍星上的艾AA和雲天明，都被困在黑域裡，永遠無法離開DX3906星系了；
8.雖然同在DX3906星系或者說DX3906黑域，但是穿梭機先前的速度是遠高於每秒十幾千米的，由於光速不可超越，在掉進DX3906黑域範圍的瞬間，穿梭機的速度被迫下降到和這個黑域的光速持平。也就是說，現在穿梭機在這個黑域裡，以這個黑域的光速在藍星的大氣層盤旋，無法落地；
9.在低光速狀態下，穿梭機原來的計算機徹底失效，包括控制系統、聯絡系統等各種裝置完全無法使用，所以程心和關一帆無法與外界聯絡。後來關一帆啟動了專門應對低光速狀況的神經元計算機，才使穿梭機脫離DX3906黑域的光速，進一步減速至成功在藍星表面降落。但這個過程耗費了16天，而根據相對論“鐘慢尺縮”的原理，以光速執行的穿梭機上的這16天，底下以非光速執行的藍星已經過去整整1890萬年！
10.程心和關一帆走出穿梭機時，踏足的是1890萬年後的藍星，這時因為光輻射的改變，已經變成一顆紫色為主的行星。行星上沒有任何人類和其他智慧生命存在的跡象，關一帆按照程心的意見，讓同樣配置了神經元計算機並且能夠自啟動的“亨特號”飛船探索這顆行星地表下的情況，結果在地下23米至28米，遙感探測發現了刻在岩石上的幾行字。那是艾AA和雲天明留給他們的，從中可以得知，艾AA和雲天明也是終老藍星沒有離開，而云天明帶給程心的禮物，是一個獨立於大宇宙時間之外的小宇宙；
11.程心和關一帆根據這些文字的指引，進入小宇宙中過了一段時間的美好田園生活。直到大宇宙將要坍縮的時刻到來，他們接到迴歸運動宣告，並響應倡議退出小宇宙，回到即將迎來末日的大宇宙中。
整個過程大概就是這樣。這就是為什麼程心和雲天明明明在同一個恆星系，或者說同在藍星，卻陰差陽錯不能見上一面的原因。因為變成黑域的DX3906星系將程心和雲天明分隔在“光速”和“非光速”兩個區域，兩個區域產生巨大的時間差，最終用滄海桑田的方式永遠隔開程心和雲天明。所以，對題主的問題應該這麼回答：程心和雲天明是被一同困在藍星，而且一開始是處於相同的時空，但是之後時間不同步，最終倆人被困在同一個空間的不同時間裡。
參見之前回答的相關問答：
《<三體>小說裡面，為什麼程心和關一帆從灰星迴到藍星用了16天？》
《不考慮相對論，假設我在光速飛船裡，100光年要多久到？》
《<三體>裡，雲天明為什麼不和艾aa一起進小宇宙等程心？》