大蔥常見病害主要有：紫斑病、鏽病、菌核病、黃矮病、霜黴病、軟腐病、黑斑病等。（1）大蔥紫斑病 主要為害大蔥的葉片，初期呈水漬狀白色小點，後變成淡褐色圓形或紡錘形稍凹陷斑，繼續擴大呈褐色或暗紫色，周圍常有黃色暈圈，病斑具同心輪紋，潮溼時，發病部位長有黑色黴狀物。病害發生嚴重時全葉枯死。（2）鏽病 主要為害葉片。初期表皮上產生橢圓形稍隆起的橙黃色皰斑，後表皮破裂向外翻，散出橙黃色粉末，秋後皰斑變為黑褐色，破裂時散出暗褐色粉末。（3）菌核病 主要為害葉片，多發生在近地表處。菌絲由外向內層葉鞘擴充套件，嚴重時全株倒折，基部腐爛死亡，病部產生白色絮狀菌絲和黑色短桿狀或粒狀菌核。（4）黃萎病 病毒性病害，葉片產生黃綠色斑駁，或呈現長條黃斑，葉面皺褶，新葉生長受阻，植株矮小，發病嚴重時葉尖黃化，整株枯死。病毒主要透過蚜蟲傳染，春季早期乾燥蟲口密度大，發病重，幼苗期感病為害程度也較重，宜在幼苗期及時根治蚜蟲防病。（5）霜黴病 真菌性病害，在葉片上出現不規則形病斑，邊緣不明顯，黃白色或者淡黃色。斑面產生稀疏的灰白色黴狀物，後變為灰紫色，乾燥後病斑枯黃。春夏多雨時病害發生普遍。（6）軟腐病 細菌性病害，在田間和貯運過程中都可發生。從植株傷口處開始發病，病部初呈浸潤狀半透明，以後黏滑軟腐，有惡臭，出現白色細菌溢膿。（7）大蔥黑斑病 病葉上形成橢圓形的病斑，病勢進一步發展時變為暗褐色，出現輪紋，其上產生煤點狀的黴。病斑擴充套件以後，容易自病部折斷。病菌隨病株在土中殘存。（8）白絹病 真菌性病害，病菌主要為害假莖地下部，在地下5～10釐米深處，假莖第一層包葉先發病，以後逐漸向裡層侵染，嚴重時假莖軟腐倒伏，地上部葉片由綠逐漸變黃乾枯死亡。受害後的假莖，易從病部拔出。在高溼和較高溫度下，病株周圍地表上可產生很多白色菌絲，病株上產生許多菌核。菌核似油菜籽狀，初為白色，逐漸變為褐色至茶褐色。每下一次較大的雨或澆一次水，即可產生大量菌絲和菌核。（9）大蔥疫病 葉、花、花梗染病初出現青白色不明顯斑點，擴大後成為灰白色斑，致葉片枯萎。陰雨連綿或溼度大時，病部長出白色棉毛狀黴；天氣乾燥時，白黴消失，撕開表皮可見棉毛狀白色菌絲體。（10）大蔥葉枯病 該病主要為害葉和花梗，發病初期，病斑為白色小圓點，擴大後病斑呈橢圓形或不規則形，大小差異很大，呈灰白色或灰褐色，其上生出黑色黴狀物。嚴重時病葉枯死，最後在病部生出許多黑色小粒點。