真菌門的特徵真菌有真正細胞核、沒有葉綠素，它們一般都能進行有性和無性繁殖，能產生孢子，它們的營養體通常是絲狀的且有分枝的結構，具有幾丁質(chitin)或纖維素的細胞壁(有人已將具纖維素細胞壁的類群獨立成卵菌門)，並且常常是進行吸收營養的生物。真菌不含光合作用的色素，不能進行光合作用製造養料，所以菌類的營養方式是異養(heterotrophy)的。異養方式多樣，凡從活的動物、植物吸收養分的稱為寄生(Parasitism)；從死的動、植物體或其他無生命的有機物中吸取養分的稱為腐生(saprophytism)；從活的有機體吸取養分，同時又提供該活體有利的生活條件，從而彼此間互相受益、互相依賴的稱為共生(symbiosis)。真菌除少數種類是單細胞外，絕大多數是由纖細、管狀的菌絲(hypha)構成的。菌絲分枝或不分枝。組成一個菌體的全部菌絲稱為菌絲體(mycelium)。菌絲一般直徑在10um以下，最細的不到0．5um，最粗的可超過100um。大多數菌絲都有隔膜(septum)，把菌絲分隔成許多細胞，稱為有隔菌絲(septate hypha)，有的低等真菌的菌絲不具隔膜，稱為無隔菌絲(non septate hypha)。菌絲細胞內含有原生質、細胞核、液泡、核糖體、線粒體、內質網，貯藏的營養物質是肝糖、油脂和菌蛋白，而不含澱粉。菌絲又是吸收養分的結構。腐生真菌可由菌絲直接從基質中吸收養分，或產生假根吸取養分。寄生菌在寄主細胞內寄生，直接和寄主的原生質接觸吸取養分。茯苓菌核 蘑菇的傘狀子實體 馬勃的近球形子實體 冬蟲夏草菌的棒狀子座 真菌的菌絲在正常生活條件下，一般是很疏鬆的，但在環境條件不良或繁殖的時候，菌絲相互緊密交織在一起形成各種不同的菌絲組織體。常見者如引起木材腐爛的擔子菌的菌絲糾結成繩索狀，外形似根，叫做根狀菌素(rhizomorph)。有些真菌的菌絲密整合顏色深、質地堅硬的核狀體，叫做菌核(sclerotium)，小的形如鼠糞，大的比人頭還大，如茯苓。有些種的菌核有組織分化，外層為擬薄壁組織(pseudoparenchyma)，內部為疏絲組織(prosenchyma)。有的菌核無分化現象。菌核是渡過不良環境的休眠體。很多高等真菌在生殖時期形成有一定形狀和結構、能產生孢子的菌絲體，叫做子實體(sporophore)，如蘑菇的子實體傘狀，馬勃的子實體近球形。容納子實體的菌絲褥座狀結構，叫做子座(stroma)。子座是真菌從營養階段到繁殖階段的一種過渡形式，也有擬薄壁組織和疏絲組織分化，如冬蟲夏草菌從蝙蝠蛾科昆蟲的幼蟲屍體上長出的棒狀物，麥角菌核上萌發生成的紅頭紫柄就是子座。子座形成以後，其上產生許多子囊殼即子實體，子囊殼中產生子囊和子囊孢子。