玉米自交系是從一個玉米單株經過連續多代自交和選擇分離出的性狀整齊一致，遺傳上相對穩定的自交後代系統。自交系不直接用於生產，而是以其為親本組配強優勢雜交種在生產上應用。眾多的研究結果和長期的育種實踐表明，雜交種的優良種性和增產潛力源於親本自交系的合理組配，因此，選育優良的自交系是利用雜種優勢的基礎，也是玉米育種工作的重點。一個優良的自交系必須具備下列基本條件：（1）農藝性狀好植株性狀：株型緊湊，中稈或半矮稈，穗位適中偏低，莖稈堅韌有彈性，抗莖部倒折，根系和支援根發達，抗根倒。穗部性狀：長穗型和粗穗型兼顧，穗行數10～20行，包葉嚴實不露尖、不過長，子粒中等或大粒，粒色一致，穗軸較細，質地結實。抗逆性：對當地的主要病蟲害的一種或多種（如大斑病、小斑病、莖腐病、絲黑穗病、玉米螟等）具有抗性或耐性；對當地的災害性條件（如干旱、低溫、暴風雨、鹽鹼地等）有抗性或耐性。（2）配合力高自交系配合力的高低是衡量自交系優劣的首要指標。優良自交系應具有較高的一般配合力，在此基礎上，透過優良自交系之間的合理組配，獲得較高的特殊配合力，才有可能選育出具有強優勢的雜交種。（3）純合度高自交系的純合度高，性狀的遺傳較穩定，可見性狀整齊一致，在自交系的繁殖及雜交制種時便於去雜、去劣，保證種子質量。自交系純合度越高，雜種一代優勢越強。（4）適宜繁殖制種為了便於雜交制種，降低種子生產成本，優良自交系應具有種子發芽勢強、幼苗長勢旺、易於保苗、雌雄花期協調、吐絲快、結實性好的特性，產量高（尤其是作母本的自交系），作父本的自交系必須散粉通暢、花粉量大。