《異形：契約》中的事件設定在2012年《普羅米修斯》和1979年的原版《異形》時間線之間，影片開始時是2104年12月。一艘殖民飛船正向銀河深處的遙遠星球飛去。合成生化人Walter是唯一一位飛船上醒著掌舵的人，突然有個能量彈把他們撞出了軌，在緊急情況之下，船員們紛紛從深度休眠中被喚醒。船長瞬間被殺死，留下來管事。 活下來的船員還有Branson的妻子，土地形成方面的專家Daniels；Oram的妻子Karine，衛生員Faris，以及她的飛行員丈夫Tennessee，安保隊長Lope，和他的丈夫Hallett。“契約”號飛船上還有2000名乘客在繼續休眠，醒著的這一小分隊船員試圖讓飛船穩定下來，回到深睡狀態，不過一則奇怪的無線電把他們引到了一個居住條件與地球相似的星球上去。 Oram決定放棄在原有星球上的殖民計劃，選擇新的這個星球。“契約”號上幾位負責勘探的船員漸漸生了病，還被襲擊了。這組人被Walter的初級版本David救了下來，當然他就是《普羅米修斯》中Weyland公司的那同一位生化人。他的出現卻引發了更多問題。

該片講述一群宇航員乘坐“契約號”飛船駛向銀河系遠端一顆未被探索的星球，本欲發現美好天堂結果陷入黑暗地獄的危險之旅的故事。

時間線設定在《普羅米修斯》故事結束的10年之後。載有移民的飛船“契約號”航行遇到變故降落在一個遙遠星球上。

並找到了“普羅米修斯”號的倖存者生化人大衛，同時等待他們的還有可怕的異形怪物。這個看似天堂的星球實際上是一個萬劫不復的地獄。

擴充套件資料：

主要人物：

1、大衛

生化人大衛是“普羅米修斯號”的生還者之一，他和“契約號”飛船的宇航員不期而遇。

大衛不僅具有超越阿爾法狗運算能力、認知能力，更具有獨立思考的能力，並且還會不斷產生疑問不斷積累含義，進而迸發出燦爛輝煌的創造力。大衛想要成為造物者上帝，併為契約號船員精心設計了一場陰謀。

2、丹尼爾絲

契約號船員之一，該片主要角色，契約號遭遇變故，其他船員準備探索一顆神秘未知星球時，她提出了異議，但大家都不理她。

最後，丹尼爾絲在經歷了九死一生，以為終於解決了異形，回到了契約號上，進入睡眠艙做準備入眠時，才意識到管理整個契約號的生化人不是沃爾特，而是長相一摸一樣的大衛，這場異形危機的幕後黑手。