根據小說，由郇山隱修會保守的聖盃的秘密有以下幾個：

* 聖盃不是一個真正的餐杯，而是個名叫抹大拉的瑪麗亞的女人，她承載著基督的血脈。

* 在古法語中表示聖盃的詞彙San gréal實際來自被故意修改了的、字面原意為“王室血統”的Sang réal一詞。

* 聖盃的遺蹟是由用來證實血統的檔案和抹大拉的瑪麗亞的屍骨組成。

* 教會將有關抹大拉的瑪麗亞和耶穌的血脈的真相隱瞞了2000年。這主要是由於他們害怕被他們描述得如惡魔般的女性崇拜（sacred feminine，對女性繁殖能力的宗教崇拜）的力量。

* 抹大拉的瑪麗亞有著王室血統（追溯至猶太人的便雅憫王），而且是有著大衛王王室血統的耶穌的妻子。她是妓女的說法是教會為隱匿他們之間的真實關係而編造的謊言。在基督受難時她懷著身孕。基督受難後她逃到高盧，在那裡受到馬賽的猶太人的保護。她生下一個女兒名叫莎拉。耶穌和抹大拉馬利亞的血統後來演變為法國的墨洛溫王朝。

* 索菲·納芙和她的兄弟是耶穌和抹大拉的瑪麗亞最初血統的後裔（他們的姓改為納芙，英文裡和nephew一詞相近，以隱瞞他們的真實出身）。

* 血緣的存在是在十字軍於1099年佔領耶路撒冷後發現的檔案中包含的秘密（參看耶路撒冷王國）。郇山隱修會和聖殿騎士團都是為保守這個秘密而成立的。

聖盃的秘密和列奧納多·達·芬奇的作品有如下的關聯：

* 達芬奇是郇山隱修會的成員，並且瞭解聖盃的秘密。事實上在《最後的晚餐》中揭示了這個秘密，畫中桌子上沒有出現真正的餐杯。挨著基督就座的人的畫像不是男人，而是一個女人，即耶穌的妻子抹大拉的瑪麗亞。該作品的大部分複製品都是在後來一次隱匿了她明顯的女性特徵的改變後複製的。

* 《蒙娜麗莎》其實是達芬奇將自己作為一個女人來畫的自畫像。這種雙性性格反映了耶穌和抹大拉的瑪麗亞神聖結合所蘊意的男性和女性的莊嚴的結合。這種陰陽的宇宙力量之間存在的對等在很長一段時期裡是教會的力量的一個深刻威脅。蒙娜麗莎（Mona Lisa）的名字其實是由“Amon L"Isa”變換字母順序而來，說的是古埃及的父神和母神（名為阿蒙和艾西斯，Amon和Isis）。

最終結果證實：

索菲其實正是耶穌的後人，即聖盃。“守護者”的首領索尼埃在車禍後將這個耶穌後裔當親生孫女一樣撫養。索菲由於偶然看到索尼埃和同伴進行的宗教的性儀式才與索尼埃斷絕了來往。兩人出來密室，發現教堂裡已經站滿了人。一個老太太告訴索菲，他們都是聖盃的守護者，她本人正是索菲的祖母。

猶大向後仰身，但手握錢袋，說明他是內奸，殺死耶穌，據說他的面相是仿造畫這幅壁畫的教堂裡的牧師【達芬奇思考用誰的面相，(酬勞用天計算的)牧師怕多付錢，催他快一點】的面相。

十二使徒的面相現實中都有原型。。。。。。