工業提煉魚肝油主要採取淡鹼水解法，即採用淡鹼液，將魚肝蛋白質組織分解，破壞蛋白質與肝油間結合，使魚肝油得到分離。提煉的要點如下：

①魚肝油生產原料主要是鯊魚肝、鮐魚肝、大黃魚肝等新鮮魚肝臟，可用鹽醃或冷藏方法預以貯存。採用鹽醃法時，魚肝要除去膽囊，用冷水洗淨，切成小塊，加10～30%食鹽拌勻，裝於桶內。採用冷藏法時，如果儲存時間不長，可用冰或冰鹽保藏；如果儲存時間較長，必須置於-15℃冷庫內貯藏。

②將鮮肝或部分脫鹽後的鹽醃肝切碎成漿。

④繼續升溫至80℃，水解1～2小時至肝漿呈現黑色無粘性時過篩，除去肝渣等雜質，注入保溫鍋內並保持80℃。用離心機分離水解液得肝油。

⑤加入約15%鹽水進行鹽析，鹽析溫度為80℃，分離蛋白質等雜質。

⑥鹽析後的肝油用80℃熱水洗油數次，至洗滌水呈中性為止。除去粗製魚肝油中高凝固點的固體脂肪，避免低溫季節析出結晶。將粗油逐漸降溫，一般先在7～10℃預冷7天左右，再經-2～4℃繼續冷卻3天以上，使粗油的中心溫度降至0～1℃。在0～1℃的溫度條件下壓濾，將粗油製成清油。

⑦冷濾所得的藥用清魚肝油，因原料不同，維生素含量也不同，不能符合藥典要求，新增一定量維生素a和維生素d或用一定量精煉植物油稀釋，配製成所需的適當濃度。