一、性質不同

1、基因組：是細胞內所有遺傳資訊，這種遺傳資訊以核苷酸序列形式儲存。

2、染色體組：是細胞中的一組非同源染色體。

二、特徵不同

1、基因組：.基因組較大。真核生物的基因組由多條線形的染色體構成，每條染色體有一個線形的DNA分子，每個DNA分子有多個複製起點；不存在操縱子結構。真核生物的同一個基因簇的基因，不會像原核生物的操縱子結構那樣，轉錄到同一個mRNA上。

2、染色體組：不論一個染色體組內包含有幾個染色體，同一個染色體組的各個染色體的形態、結構和連鎖群都彼此不同，但它們卻構成了一個完整而協調的體系，缺少其中任何一個都會造成不育或性狀的變異。

三、影響 不同

1、基因組：基因是DNA(脫氧核糖核酸)分子上具有遺傳效應的特定核苷酸序列的總稱，是具有遺傳效應的DNA分子片段。基因位於染色體上，並在染色體上呈線性排列。基因不僅可以透過複製把遺傳資訊傳遞給下一代。

2、染色體組：細胞內個別染色體的增加或減少，也會引起生物性狀的改變，甚至導致生物體死亡。例如，對玉米和番茄來說，細胞內缺少了一條染色體就不能成活：又如，在黑腹果蠅中，細胞內多一條或者少一條性染色體都會影響果蠅的生育力。