基因密碼又稱密碼子、遺傳密碼子、三聯體密碼。指信使RNA(mRNA）分子上從5"端到3"端方向，由起始密碼子AUG開始，每三個核苷酸組成的三聯體。它決定肽鏈上每一個氨基酸和各氨基酸的合成順序，以及蛋白質合成的起始、延伸和終止。遺傳密碼是一組規則，將DNA或RNA序列以三個核苷酸為一組的密碼子轉譯為蛋白質的氨基酸序列，以用於蛋白質合成。幾乎所有的生物都使用同樣的遺傳密碼，稱為標準遺傳密碼；即使是非細胞結構的病毒，它們也是使用標準遺傳密碼。但是也有少數生物使用一些稍微不同的遺傳密碼。擴充套件資料：遺傳密碼的這些性質可使基因更加耐受點突變。四重簡併密碼子可以容忍密碼子第三位的任何變異；二重簡併密碼子使三分之一可能的第三位的變異不影響蛋白質序列。由於轉換變異（嘌呤變為嘌呤或者嘧啶變為嘧啶）比顛換變異（嘌呤變為嘧啶或者嘧啶變為嘌呤）的可能性更大，因此二重簡併密碼子也具有很強的對抗突變的能力。不影響氨基酸序列的突變稱為沉默突變。遺傳密碼在不同生命之間有很強的一致性，但亦存在非標準的遺傳密碼。在有“細胞能量工廠”之稱的線粒體中，便有和標準遺傳密碼數個相異的之處，甚至不同生物的線粒體有不同的遺傳密碼。支原體會把UGA轉譯為色氨酸。纖毛蟲則把UAG（有時候還有UAA）轉譯為谷氨醯胺（一些綠藻也有同樣現象），或把UGA轉譯為半胱氨酸。