在構建均一化的 cDNA 文庫中至少有2種主要的觀點：一種是基於復性動力學的原理，高丰度的 cDNA 在退火條件下復性的速度快，而低丰度的 cDNA 復性要很長時間，從而可以透過控制復性時間來降低丰度；另一種是基於基因組 DNA 在複製數上具有相對均一化的性質，透過 cDNA 與基因組 DNA 飽和雜交而降低在文庫中高複製存在的 cDNA 的丰度。第一種方法的掌握對技術的要求比較高，對多數人而言需要多次摸索才能找到最適條件；而後一種方法易於掌握，但有研究者根據復性動力學的原理也提出了其不利因素，即採用基因組 DNA 飽和雜交的方法會因為低複製的表達基因複製數少而無法被雜交上。目前已報到的均一化 cDNA 文庫多是根據第二種原理構建的，常用策略有基於 PCR 技術利用 cDNA 多次復性 mRNA-cDNA 雜交等。有研究報道，針對各自選擇的高表達靶序列進行分析後，均一化處理後文庫的高丰度表達 cDNA 是處理前的0.3％～2.5％，基本滿足節約篩選的要求。

　　均一化 cDNA 文庫具有以下4方面的優點：第一，在經濟上具有廣泛的應用空間，可以節約大量試驗成本。第二，增加克隆低丰度 mRNA 的機會，適用於分析各種發育階段或各種組織的基因表達及突變檢測。第三，與原始丰度的 mRNA 複製數相對應的 cDNA 探針與均一化的 cDNA 文庫作雜交，可以估計出大多數基因的表達水平及發現一些組織特異的基因。而以往的文庫構建，忽略了 mRNA 丰度的影響。第四，可以用於遺傳圖譜的製作和進行大規模的原位雜交，作為最佳化的文庫系統還可以用於大規模的測序或晶片製作等研究。