de novo assembly是新的基因組裝配，（de novo 的意思是全新，assembly是序列拼接），即在沒有參考序列的情況下進行序列拼接，對未知基因組序列進行測序，利用生物資訊學分析手段，對序列進行拼接、組裝，從而獲得其基因組的圖譜。但這是個相對的概念，比如如果有了人類基因組作參考，那拼chimpanzee的就不是de novo，而算ab initio。

此外還會有人對測序的覆蓋度（coverage）和測序的深度（depth）概念混淆。

對於coverage，由於大片段拼接的gap（空白或者缺口）、測序讀長有限、重複序列等問題的存在，測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域，覆蓋度就是最終得到的結果佔整個基因組的比例。例如一個人的基因組測序，覆蓋度為98.5%，那麼說明該基因組還有1.5%的區域透過我們的組裝和分析無法得到；

對於depth，就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數，比如某樣本的測序深度為30X，那麼就是說該樣本的基因組上每一個單鹼基平均被測序（或者說讀取）了30次，注意，是平均。當然了，depth也有最大和最小值，這個都可以由資訊分析得到。其實也就是為了提高準確率什麼的，一般15X就差不多了。