在菌種生產過程中，常會發生雜菌汙染。因此，必須高度重視，嚴格無菌操作，注意每個環節堵絕雜菌汙染源，使菌種成品率提高。 （1）汙染原因 ①培養基汙染。培養基的各種原料，本身不同程度地混有雜菌或雜菌孢子。如果消毒滅菌不徹底，培養5天左右，在培養基表面和內部就會同時發生雜菌。 ②菌種本身汙染。一級種、二級種本身不純，汙染上雜菌，突出表現在接入的菌種塊周圍培養基上。混有雜菌的菌種，會導致逐級擴大成批汙染。 ③操作汙染。在一級種和二級種確認無汙染的情況下，且培養基滅菌徹底，發現被轉接的培養基表面（包括種塊周圍）出現雜菌汙染時，說明是由操作帶來汙染。 ④環境汙染。培養室溼度高，消毒不徹底，或者菌種瓶棉塞潮溼等，這種汙染表現在培養料表面或料內，雜菌多樣性，隨時間的推移汙染越來越嚴重。 （2）防止汙染措施 ①講究配料。製作原種、栽培種的培養料，其原料要新鮮；難吸水的培養料，應先用足夠的水預溼充分，拌勻，及時裝瓶上鍋滅菌，擱置時間不宜超過5小時。 ②細心裝料。選用合適的菌瓶。培養料裝料按不同級別菌種要求的裝料量達標時，抹淨瓶口，然後加棉塞，以免水分和培養料把棉塞玷汙。製作母種注入培養基時要細心，切勿將培養基沾在試管口上。管口棉塞要鬆緊適中，過鬆易侵入雜菌。 ③滅菌徹底。滅菌時，試管豎放，料瓶排放要留空隙，棉塞不能互相擠壓。根據培養料和容器裝置，確定達標的滅菌蒸汽壓力（或溫度）及滅菌時間。滅菌操作過程注意排出鍋內冷空氣，滅菌達標後放氣速度要慢。 ④無菌操作。滅菌後冷卻至不燙手時再搬動，可減少瓶壁破裂。接種器具要保持潔淨，用前要消毒。接種時每個環節都要嚴格按照無菌操作規程進行，防止“病從口入”。 ⑤精選良種。應選無汙染，菌絲生長健壯的適齡一級種和二級種。根據不同級別的菌種質量標準，應在接種前認真檢查對照，若有懷疑寧棄勿用。 ⑥淨化環境。接種室要通風乾燥，啟用前清掃、消毒。菌種培養期間，每天要適當通風，當空氣相對溼度大於70%時，要開吸溼機、空調機或用生石灰等降低室內溼度。 ⑦定期檢查。接種後5天檢查1次是否有汙染。汙染雜菌的菌種，要及時揀出處理，並找出原因，加以防治。同時還要預防老鼠、蟑螂等帶入雜菌。
在菌種生產過程中，常會發生雜菌汙染。因此，必須高度重視，嚴格無菌操作，注意每個環節堵絕雜菌汙染源，使菌種成品率提高。 （1）汙染原因 ①培養基汙染。培養基的各種原料，本身不同程度地混有雜菌或雜菌孢子。如果消毒滅菌不徹底，培養5天左右，在培養基表面和內部就會同時發生雜菌。 ②菌種本身汙染。一級種、二級種本身不純，汙染上雜菌，突出表現在接入的菌種塊周圍培養基上。混有雜菌的菌種，會導致逐級擴大成批汙染。 ③操作汙染。在一級種和二級種確認無汙染的情況下，且培養基滅菌徹底，發現被轉接的培養基表面（包括種塊周圍）出現雜菌汙染時，說明是由操作帶來汙染。 ④環境汙染。培養室溼度高，消毒不徹底，或者菌種瓶棉塞潮溼等，這種汙染表現在培養料表面或料內，雜菌多樣性，隨時間的推移汙染越來越嚴重。 （2）防止汙染措施 ①講究配料。製作原種、栽培種的培養料，其原料要新鮮；難吸水的培養料，應先用足夠的水預溼充分，拌勻，及時裝瓶上鍋滅菌，擱置時間不宜超過5小時。 ②細心裝料。選用合適的菌瓶。培養料裝料按不同級別菌種要求的裝料量達標時，抹淨瓶口，然後加棉塞，以免水分和培養料把棉塞玷汙。製作母種注入培養基時要細心，切勿將培養基沾在試管口上。管口棉塞要鬆緊適中，過鬆易侵入雜菌。 ③滅菌徹底。滅菌時，試管豎放，料瓶排放要留空隙，棉塞不能互相擠壓。根據培養料和容器裝置，確定達標的滅菌蒸汽壓力（或溫度）及滅菌時間。滅菌操作過程注意排出鍋內冷空氣，滅菌達標後放氣速度要慢。 ④無菌操作。滅菌後冷卻至不燙手時再搬動，可減少瓶壁破裂。接種器具要保持潔淨，用前要消毒。接種時每個環節都要嚴格按照無菌操作規程進行，防止“病從口入”。 ⑤精選良種。應選無汙染，菌絲生長健壯的適齡一級種和二級種。根據不同級別的菌種質量標準，應在接種前認真檢查對照，若有懷疑寧棄勿用。 ⑥淨化環境。接種室要通風乾燥，啟用前清掃、消毒。菌種培養期間，每天要適當通風，當空氣相對溼度大於70%時，要開吸溼機、空調機或用生石灰等降低室內溼度。 ⑦定期檢查。接種後5天檢查1次是否有汙染。汙染雜菌的菌種，要及時揀出處理，並找出原因，加以防治。同時還要預防老鼠、蟑螂等帶入雜菌。