因為一直到日本的德川幕府時代未期，日本名義上是歸屬大和王朝但實際上是處於幕府間接管理四處於分五裂的時代。

當時的日本別說是庫頁島就連北海道也沒多少值得他們掠奪以經營的資源，所以說，一直，明治維新時期，日本人才開始大規模地開發北海道地區，而此時的大清王朝已經處於國事衰微的境地庫頁島已經朝不保夕，而當時的小日本還沒有那個實力去與俄國熊爭奪庫頁島。直到1904年日格戰爭終於爆發俄國戰敗，1905年日俄的英國斡旋下籤訂了普次茅斯合約，俄華人是很不情願的把庫頁島南半部分以及北千島群島南千島群島等割讓給了日本。

但由於庫頁島氣候惡劣地形複雜，日本人在當地也大規模的開發，只是充分的利用了當地的森林漁業部分礦產資源。

到了1945年八月末眼看日本要戰敗於是蘇聯人趁火打劫加入了對日戰爭，把從日俄戰爭中丟掉的庫頁島南半部分加北千島群島及歸屬一直說不清的南千島群島通通通搶了回來，對於這些日本人至今都耿耿於懷但也無可奈何。

庫頁島（俄文：Сахалин；日文：樺太島/からふと；英文：Sakhalin），中國舊稱苦葉、苦兀、骨嵬或黑龍嶼，俄譯名“薩哈林島”，日本稱“北蝦夷地”（指北海道以北）或“樺太”。

庫頁島位於亞歐大陸的東北部，黑龍江入海口的東南，東為鄂霍次克海，西透過間宮海峽與大陸相望，南隔宗谷海峽與日本的北海道相鄰，為俄羅斯聯邦最大島嶼，屬薩哈林州管轄，面積約76400km²。

庫頁島北部較為平坦，以丘陵山地為主，南部由東薩哈林山脈和西薩哈林山脈組成，最高峰為1420米。全島富森林資源，其北部為針葉林地帶，地下蘊藏石油、煤炭和黃金等礦產資源，沿海地區水產資源，是大馬哈魚的主要產區之一。島上的最早居民有基裡雅克、 鄂溫克、 阿伊奴等民族。

庫頁島在歷史上曾為中國朝代直接或間接統治。1689年9月7日，中俄兩國簽訂《尼布楚條約》，確立黑龍江和烏蘇里江流域包括庫頁島在內的廣大地區屬於中國領土。

1858年和1860年，俄國透過《璦琿條約》、《中俄北京條約》等條約迫使清朝政府割讓庫頁島。1905年，日本透過《朴茨茅斯條約》獲得庫頁島北緯50°以南區域。1905年和1918年至1925年間，庫頁島全境被日本統治。1945年，蘇聯發動八月風暴行動，佔領庫頁島全境。日本在《舊金山和約》放棄南樺太（北緯50°以南）主權。

從人口構成上來說，所謂的當地土人只佔人口比的一小部分，編入內地是遲早的事情。

但是在早期（明治和大正時代）樺太廳有過和北海道廳合併的方案，結果遭到樺太廳居民大規模反對。居民寧可樺太廳作為一個有親任官（最高階的敕任官，一般的內地知事只是普通的敕任官）總督的殖民地也不願意編入北海道的地方行政。

針對這個問題，在30年代搗鼓出了內務省移管案（將樺太廳完整的作為一個地方單位移交給內務省）。

歷史上日本為何沒有拿下看似近在咫尺的庫頁島?

首先是日本長期以來的分裂局面 導致沒有強大的中央政府有能力集中資源對外進行探索與殖民。這個可以看一下歐洲的殖民歷史，歐洲地理大發現，是從15世紀末開始的，確切的說，是1492年義大利人哥倫布代表西班牙王室發現了美洲，而資助哥倫布出發的西班牙王室，剛剛在年初結束了長達幾百年的伊比利亞聖戰，從西歐領土上徹底驅逐了盤踞西班牙長達六百多年的阿拉伯摩爾人力量，因此才有閒情雅緻和剩餘的國力來資助哥倫布。

至於動機，西班牙也不是單純為了地理大發現去的，而是因為奧斯曼土耳其截斷了歐亞商道，西班牙想利用剛剛盛行的地圓學說 從地球另一面去直接和中國印度做生意。沒有如此強大的商業利益做誘餌，西班牙王室絕對不可能砸鍋賣鐵去資助這次遠洋的。

而就算如此，當時西班牙也只能拿出幾艘小船，又從監獄裡抓了批犯人來充當水手，光這還不夠，女王伊莎貝拉還當掉了自己的珠寶，這才勉強送這個三四條小船一兩百人的小船隊上路。而當時的西班牙，能夠動員十萬以上的兵力對穆斯林力量進行長期戰爭，一打就是十年二十年，陸戰實力如此強勁的國家，遠洋探險居然只能如此寒酸，只能說遠洋事業太燒錢了。由此可見，就算當時歐洲數一數二的強國，對於一本萬利的遠洋探索事業也是要傾家蕩產才能實現的，遑論歷史上基本一直處於封建割據狀態，大名實力不過中國縣長鄉長的日本列國?哪個敢有這雄心去佔領純屬鳥不拉屎（現在拉的也不多)的庫頁島呢？

其次，缺乏佔領化外之地的動力。古代日本確實顯得地貧人多，而且日本一旦有點條件也絲毫不掩飾自己富餘於侵略的野心，但當時日本發動侵略的前提是，對方必須有現成的農業基礎，能夠滿足將軍分封大名和武士的需求。這就涉及到日本戰國時代的經濟基礎田石制度或說石高制，基本上大名的實力或說能動員兵力的總量，和他擁有的田畝數、產糧數是直接掛鉤的，基本上一萬石的產糧區要出步兵二百人，一般的中小大名，一次能出兵兩三千人 就到頭了，如令織田信長一戰成名的桶狹間之戰，織田家也就動員起了三千人的部隊而已。

而當時別說緯度更高、農業開發更為不便的庫頁島， 日本就連北海道都尚未完全消化掉，庫頁島完全是蠻荒之地 只有零星的漁民獵人偶爾光顧而已。因此在當時日本大名看來，放著眼前可以直接攻打、拿回來就可以產糧養兵用的其他弱小大名的領地不去打，反而分散寶貴的兵力去攻略征服一個幾乎沒有糧食的荒島，還有比這更不靠譜的事嗎？

而事實上，遠洋探險向來也是前任栽樹後人能否乘涼也要看運氣的事，哥倫布儘管發現了美洲 但並沒有帶來如期的高額回報，終其一生都是頂著騙子名聲潦倒度過的，直到他死後百年，西班牙在美洲的經略才結出碩果 據說西班牙一共從美洲運出了兩千多噸黃金。而反觀當時日本，哪個大名有實力有眼光有本事能耗這麼長時間去從攻略庫頁島這個百年事業裡發現如此多的財富呢？