廣泛的研究表明，牙周翻瓣術的治療效果與患者自我菌斑控制的水平及牙周維護治療的依從性密切相關。對於菌斑控制良好，且堅持定期牙周維護治療的患者，透過翻瓣術消除口內深牙周袋，可有效防止牙周炎病情進一步惡化，並在相當長時間內保持療效的穩定。Rosling 和Nyman 等學者的一項對照研究表明，經過牙周翻瓣術消除深牙周袋的患者，在2年的觀察期內，未堅持按照牙周維護治療者，其平均牙周探診深度（用來衡量牙周袋深，進而判斷牙周炎嚴重程度的一項指標，越大表明牙周炎越嚴重）恢復至術前未治療時的水平，而堅持規律牙周維護治療的病人，大多數牙齒位點牙周探診深度持續下降，牙周炎顯著好轉。Lindhe 等學者對經過牙周翻瓣術治療的患者進行了長達5年的跟蹤隨訪，結果發現，菌斑控制良好的患者，較菌斑控制不佳的患者，其療效更為穩定。
有關翻瓣術與閉合刮治術（即在不翻瓣的情況下對齦下牙石進行刮治、根面平整等治療）這兩種不同治療方案的選擇，除了要考慮上述翻瓣術的適應證和禁忌症等因素外，還應把不同牙位的不同探診深度作為選擇判斷的一項依據。Lindhe 等學者的一項研究表明，對於切牙、前磨牙，當經過牙周潔治後尚有大於6~7mm的深袋時，採用牙周翻瓣術效果優於閉合刮治術，而對於磨牙，當經過牙周潔治後尚有大於4.5mm的牙周袋時，翻瓣術的效果就已經優於閉合刮治術了。這主要是因為磨牙通常有多個牙根，當牙周病變累及根分叉區之後，即使探診深度並不深，也很難透過閉合刮治術等牙周基礎治療完成對病變的徹底清除，因此選擇翻瓣術的袋深標準應較切牙和前磨牙為低。
對於某些導致牙槽骨吸收的牙周炎，牙周翻瓣術還可以在一定程度上引起骨再生，填補骨缺損，從而使牙周炎病情好轉。Lang 等學者綜述了近年來15篇相關研究顯示，經過牙周翻瓣術治療後，523個骨缺損平均獲得了1.5mm的骨再生。
由於手術切除了牙周袋壁，或齦瓣被根向復位，術後牙齦組織的炎症水腫消退，這些均可導致齦緣位置向根方移位，牙根面暴露，造成牙齦退縮。Becker 等學者的研究表明，治療前牙周袋較深的位點，在接受了翻瓣術較基礎治後牙齦退縮大。但Lindhe和Nyman的研究表明，隨著時間的延長，這種差異會逐漸減小，牙齦邊緣也漸向牙冠方向移位。
廣泛的研究表明，牙周翻瓣術的治療效果與患者自我菌斑控制的水平及牙周維護治療的依從性密切相關。對於菌斑控制良好，且堅持定期牙周維護治療的患者，透過翻瓣術消除口內深牙周袋，可有效防止牙周炎病情進一步惡化，並在相當長時間內保持療效的穩定。Rosling 和Nyman 等學者的一項對照研究表明，經過牙周翻瓣術消除深牙周袋的患者，在2年的觀察期內，未堅持按照牙周維護治療者，其平均牙周探診深度（用來衡量牙周袋深，進而判斷牙周炎嚴重程度的一項指標，越大表明牙周炎越嚴重）恢復至術前未治療時的水平，而堅持規律牙周維護治療的病人，大多數牙齒位點牙周探診深度持續下降，牙周炎顯著好轉。Lindhe 等學者對經過牙周翻瓣術治療的患者進行了長達5年的跟蹤隨訪，結果發現，菌斑控制良好的患者，較菌斑控制不佳的患者，其療效更為穩定。
有關翻瓣術與閉合刮治術（即在不翻瓣的情況下對齦下牙石進行刮治、根面平整等治療）這兩種不同治療方案的選擇，除了要考慮上述翻瓣術的適應證和禁忌症等因素外，還應把不同牙位的不同探診深度作為選擇判斷的一項依據。Lindhe 等學者的一項研究表明，對於切牙、前磨牙，當經過牙周潔治後尚有大於6~7mm的深袋時，採用牙周翻瓣術效果優於閉合刮治術，而對於磨牙，當經過牙周潔治後尚有大於4.5mm的牙周袋時，翻瓣術的效果就已經優於閉合刮治術了。這主要是因為磨牙通常有多個牙根，當牙周病變累及根分叉區之後，即使探診深度並不深，也很難透過閉合刮治術等牙周基礎治療完成對病變的徹底清除，因此選擇翻瓣術的袋深標準應較切牙和前磨牙為低。
對於某些導致牙槽骨吸收的牙周炎，牙周翻瓣術還可以在一定程度上引起骨再生，填補骨缺損，從而使牙周炎病情好轉。Lang 等學者綜述了近年來15篇相關研究顯示，經過牙周翻瓣術治療後，523個骨缺損平均獲得了1.5mm的骨再生。
由於手術切除了牙周袋壁，或齦瓣被根向復位，術後牙齦組織的炎症水腫消退，這些均可導致齦緣位置向根方移位，牙根面暴露，造成牙齦退縮。Becker 等學者的研究表明，治療前牙周袋較深的位點，在接受了翻瓣術較基礎治後牙齦退縮大。但Lindhe和Nyman的研究表明，隨著時間的延長，這種差異會逐漸減小，牙齦邊緣也漸向牙冠方向移位。