第100集：草苗龜、樹林龜…然後土臺龜！（小智的草苗龜進化成樹林龜）
第101集：勁敵訓練家·阿順登場！！
第102集：緣之道館戰！對抗梅麗莎！！（小智拿到第五枚徽章，武藏得到第二個緞帶勳章）
鋼系道館（103－108）
第103集：混戰混亂 水脈市！
第104集：克雷色利亞對抗達克萊伊！（小光的小山豬進化成長毛豬)
第105集：森林羊羹與洛託姆！
第106集：與神奇寶貝友好相處之道！？（小智的天蠍王學會炎牙，小光的長毛豬學會原始之力進化成象牙豬）
第107集：戰槌龍對抗護城龍！！
第108集：水脈道館戰！鋼鐵的對戰！！（小智拿到第六枚徽章）
冰系道館（109－127）
第109集：迷路的吼吼鯨！
第110集：阿玄與路卡利歐！
第111集：鋼鐵島的遺蹟！
第112集：皮卡丘與波加曼，漂流記！
第113集：惡作劇的霏歐納！
第114集： 口袋妖怪華麗大賽 通草大會!! （小光的帕奇利茲學會憤怒門牙，小光得到第四個緞帶勳章）
第115集：野蠻的君莎與搭檔聒噪鳥！
第116集：暴風雪中的雪妖女！
第117集：火箭隊解散！？
第118集：神奇圓環！天空大決戰!!（小智的姆克鳥進化成姆克鷹，姆克鷹學會近身打）
第119集：激烈衝突！象牙豬對抗波士科多拉！
第120集：教學！神奇的口袋中的寶貝!!
特別篇：不可思議的生物 神奇寶貝！
第121集：寂寞的雪笠怪！！（小智的樹林龜學會岩石攀登）
第122集：進化！這次是波加曼!?
第123集：神奇寶貝華麗大賽立浪大會!! （小光挑戰華麗大賽失敗）
第124集：神奇寶貝乒乓球大會！加油，雙尾怪手!!(小光的雙尾怪手被送人）
第125集：櫻花寶!堅強之戰!?
第126集：訓練家培育學園的鈴奈老師！
第127集：切鋒道館！冰之戰鬥!!（小智拿到第七枚徽章）
銀河團劇情（128－152）
第128集：對戰金字塔！真司對抗神代！！
第129集：復活的雷吉奇卡斯！J再度登場！！
第130集：電龍列車！“好看”登場!!（小剛的胡說樹學會臂力拳）
第131集：全員對戰！真司對抗小智!! -前篇
第132集：全員對戰！真司對抗小智!! -後篇（小智的小火焰猴進化成猛火猴，猛火猴學會音速拳）
第133集：由克希之影！
第134集：森林之王巨蔓藤！（小光的象牙豬學會覺醒力量）
第135集：全員參戰！神奇寶貝齊心協力!!
第136集：殿元山的遺蹟！銀河團的陰謀！
第137集：瑪力露·波加曼·電擊怪!
第138集：小光vs媽媽!母女對抗!!
第139集：救出大木博士!牛蛙君對抗不良蛙!!
第140集：天然雀，天然鳥…不可思議的森林!
第141集：對戰塔大君！那位男子叫山棕!!（小智的樹林龜掌握了吃能量球提升力量）
第142集：史上最壞的波克比！
第143集：成都之節！菊草葉與小鋸鱷登場！！(小光得到蛋孵化出火球鼠，琴音與和也暫時加入）
第144集：迷宮攻略!?谷間發電所！
第145集：圓陸鯊…收服到了！(和也收服到圓陸鯊）
第146集：神奇寶貝華麗大賽！睡蓮大會!!（小光華麗大賽失敗，小次郎代替武藏參賽，武藏獲得第三個緞帶勳章）
第147集：小智與小光！雙打對戰!!（和也的小鋸鱷進化成藍鱷，藍鱷學會水炮）
第148集：夢妖和黑暗鴉與暗之石！！
第149集：皮卡丘和波加曼分開了！！
第150集：紅之鎖鏈！銀河團起動!
第151集：亞克諾姆·由克希·艾姆利多! （精靈獵人J下落不明）
第152集：迪亞魯加與帕魯奇亞!最後的戰鬥!（銀河團老大赤木進入新世界，三幹部被捕）
電系道館（153－ ）
第153集：危險滿滿！小次郎的百寶箱!
第154集：空中對戰大師登場！天蠍王對抗巨鉗螳螂!（小智的天蠍王學會超級衝擊，天蠍王留在米贊那鍛鍊）
第155集：雙打比賽!象牙豬與火球鼠!!
第156集：圓陸鯊與龍星群!
第157集：收服到圓陸鯊了!!（小智收服到圓陸鯊）
第158集：爆走！自爆磁怪VS巨金怪!!
第159集：急凍拳！泳氣鼬對抗吸盤魔偶!!（小智的泳氣鼬學會急凍拳）
第160集：燃燒吧卡比獸！神奇全能的王者!!第161集：神奇寶貝華麗大賽！淺蔥大會!!
第162集：雙打比賽!VS正電拍拍·負電拍拍!!
第163集：爆進化！烈焰猴！！
第164集：圓企鵝走散了！165集：四天王大葉與道館訓練家電磁
第161集：開幕！神奇寶貝華麗大賽·朝月大會!!
第162集：雙打比賽!VS正電拍拍・負電拍拍!!
第163集：爆裂進化！烈焰猴!!（小智的猛火猴進化成烈焰猴）
第164集：波加曼走散了！
第165集：出現了！狩獵鳳蝶Z!! (老任御用編劇，狩獵鳳蝶Z正式登場）
第166集：加油吧，樹林龜，叢林中的覺醒（小智的樹林龜進化成玄武龜）。
第100集：草苗龜、樹林龜…然後土臺龜！（小智的草苗龜進化成樹林龜）
第101集：勁敵訓練家·阿順登場！！
第102集：緣之道館戰！對抗梅麗莎！！（小智拿到第五枚徽章，武藏得到第二個緞帶勳章）
鋼系道館（103－108）
第103集：混戰混亂 水脈市！
第104集：克雷色利亞對抗達克萊伊！（小光的小山豬進化成長毛豬)
第105集：森林羊羹與洛託姆！
第106集：與神奇寶貝友好相處之道！？（小智的天蠍王學會炎牙，小光的長毛豬學會原始之力進化成象牙豬）
第107集：戰槌龍對抗護城龍！！
第108集：水脈道館戰！鋼鐵的對戰！！（小智拿到第六枚徽章）
冰系道館（109－127）
第109集：迷路的吼吼鯨！
第110集：阿玄與路卡利歐！
第111集：鋼鐵島的遺蹟！
第112集：皮卡丘與波加曼，漂流記！
第113集：惡作劇的霏歐納！
第114集： 口袋妖怪華麗大賽 通草大會!! （小光的帕奇利茲學會憤怒門牙，小光得到第四個緞帶勳章）
第115集：野蠻的君莎與搭檔聒噪鳥！
第116集：暴風雪中的雪妖女！
第117集：火箭隊解散！？
第118集：神奇圓環！天空大決戰!!（小智的姆克鳥進化成姆克鷹，姆克鷹學會近身打）
第119集：激烈衝突！象牙豬對抗波士科多拉！
第120集：教學！神奇的口袋中的寶貝!!
特別篇：不可思議的生物 神奇寶貝！
第121集：寂寞的雪笠怪！！（小智的樹林龜學會岩石攀登）
第122集：進化！這次是波加曼!?
第123集：神奇寶貝華麗大賽立浪大會!! （小光挑戰華麗大賽失敗）
第124集：神奇寶貝乒乓球大會！加油，雙尾怪手!!(小光的雙尾怪手被送人）
第125集：櫻花寶!堅強之戰!?
第126集：訓練家培育學園的鈴奈老師！
第127集：切鋒道館！冰之戰鬥!!（小智拿到第七枚徽章）
銀河團劇情（128－152）
第128集：對戰金字塔！真司對抗神代！！
第129集：復活的雷吉奇卡斯！J再度登場！！
第130集：電龍列車！“好看”登場!!（小剛的胡說樹學會臂力拳）
第131集：全員對戰！真司對抗小智!! -前篇
第132集：全員對戰！真司對抗小智!! -後篇（小智的小火焰猴進化成猛火猴，猛火猴學會音速拳）
第133集：由克希之影！
第134集：森林之王巨蔓藤！（小光的象牙豬學會覺醒力量）
第135集：全員參戰！神奇寶貝齊心協力!!
第136集：殿元山的遺蹟！銀河團的陰謀！
第137集：瑪力露·波加曼·電擊怪!
第138集：小光vs媽媽!母女對抗!!
第139集：救出大木博士!牛蛙君對抗不良蛙!!
第140集：天然雀，天然鳥…不可思議的森林!
第141集：對戰塔大君！那位男子叫山棕!!（小智的樹林龜掌握了吃能量球提升力量）
第142集：史上最壞的波克比！
第143集：成都之節！菊草葉與小鋸鱷登場！！(小光得到蛋孵化出火球鼠，琴音與和也暫時加入）
第144集：迷宮攻略!?谷間發電所！
第145集：圓陸鯊…收服到了！(和也收服到圓陸鯊）
第146集：神奇寶貝華麗大賽！睡蓮大會!!（小光華麗大賽失敗，小次郎代替武藏參賽，武藏獲得第三個緞帶勳章）
第147集：小智與小光！雙打對戰!!（和也的小鋸鱷進化成藍鱷，藍鱷學會水炮）
第148集：夢妖和黑暗鴉與暗之石！！
第149集：皮卡丘和波加曼分開了！！
第150集：紅之鎖鏈！銀河團起動!
第151集：亞克諾姆·由克希·艾姆利多! （精靈獵人J下落不明）
第152集：迪亞魯加與帕魯奇亞!最後的戰鬥!（銀河團老大赤木進入新世界，三幹部被捕）
電系道館（153－ ）
第153集：危險滿滿！小次郎的百寶箱!
第154集：空中對戰大師登場！天蠍王對抗巨鉗螳螂!（小智的天蠍王學會超級衝擊，天蠍王留在米贊那鍛鍊）
第155集：雙打比賽!象牙豬與火球鼠!!
第156集：圓陸鯊與龍星群!
第157集：收服到圓陸鯊了!!（小智收服到圓陸鯊）
第158集：爆走！自爆磁怪VS巨金怪!!
第159集：急凍拳！泳氣鼬對抗吸盤魔偶!!（小智的泳氣鼬學會急凍拳）
第160集：燃燒吧卡比獸！神奇全能的王者!!第161集：神奇寶貝華麗大賽！淺蔥大會!!
第162集：雙打比賽!VS正電拍拍·負電拍拍!!
第163集：爆進化！烈焰猴！！
第164集：圓企鵝走散了！165集：四天王大葉與道館訓練家電磁
第161集：開幕！神奇寶貝華麗大賽·朝月大會!!
第162集：雙打比賽!VS正電拍拍・負電拍拍!!
第163集：爆裂進化！烈焰猴!!（小智的猛火猴進化成烈焰猴）
第164集：波加曼走散了！
第165集：出現了！狩獵鳳蝶Z!! (老任御用編劇，狩獵鳳蝶Z正式登場）
第166集：加油吧，樹林龜，叢林中的覺醒（小智的樹林龜進化成玄武龜）。