爬蟲類的消化道比起鳥類及哺乳動物短得多，肉食爬蟲類的消化道構造簡單，而草食類則有很大的盲腸及結腸。肉食爬蟲類選擇利用脂肪和蛋白質當做食物來源；而草食爬蟲類則是利用水溶性碳水化合物及發酵的纖維當做營養來源。雜食者則脂肪、蛋白質以及碳水化合物三者都需要。
胃腸道
爬蟲類和鳥類皆缺乏嘴唇與前肢的協助，所以只能藉由下顎，有時甚至要靠舌頭來協助採食。咀嚼的行為會因品種差異而有所改變，但無論如何都遠比哺乳類的咀嚼行為要少得多。爬蟲類為了要提供食物的潤滑度，口腔內分泌腺的發育相當複雜（如顎、舌下還有下顎骨等）。許多蛇類則將這樣的腺體特化為像是杜氏腺（Duvernoy’s gland）的毒液腺，可以防止獵物逃脫或移動，也可避免對其脆弱頭骨可能的損傷。
爬蟲類的胃部較小，胃內會分泌鹽酸，鹽酸的功能除了可以預防食物腐敗之外，還可以進一步殺死獵物，並且能協助將食物中的骨質成分進行脫鈣作用（decalcifying）（Skoczylas 1978）。在放射線影像學檢查中，時常可以看到胃石，但除了鱷魚之外，胃石對於爬蟲類正常消化並不具任何實質上的功能，多半都是誤食而入的。爬蟲類的肝臟相當大，在蛇類則延伸得很長。通常爬蟲類具有膽囊。膽綠素（biliverdin）為最主要的膽色素，因為爬蟲類並沒有膽綠素還原酶（biliverdin reductase）可以產生膽紅素（bilirubin）。如陸龜等草食性爬蟲類的盲腸非常發達，相對在多數的蛇則否。爬蟲類並沒有皮下脂肪，他們將脂肪以脂肪體（fat bodies）的形式儲存在後側體腔及尾部之中。
洩殖腔
爬蟲類的直腸末端為一囊狀構造，稱之為洩殖腔（cloaca）。洩殖腔是由以下幾個部分組成：糞竇（copradeum）、尿竇（urodeum）以及肛竇（proctodeum）。位在較前側的腔室是糞竇，功能為收集糞便；位在中間的腔室為尿竇，為輸尿管和生殖系統的開口；而位在最後側的腔室稱為肛竇，會將所有排洩廢物收集起來，統一排出。各腔室會藉由橫走的黏膜褶皺將一部分的腔室邊界區隔開來。
對生存在沙漠中的爬蟲類來說，洩殖腔在水分儲存上扮演了很重要的角色。通常食物會在下消化道停留一小段時間，此時是結腸對其內容物進行必要水分吸收的最好時機；而尿液則會在洩殖腔進行水分吸收。最後排出的糞便內容物將僅剩一些無法消化的物質，如毛髮、喙、爪、卵殼、幾丁質殘餘物還有一些部分消化的草類等等（Bellairs 1969c）。
幾丁質的消化
昆蟲的外骨骼是由堅硬而厚重的幾丁質所構成。幾丁質是一種乙醯葡萄糖胺（acetylglucosamine）的聚合物，對於化學物質具有相當好的抵抗能力。然而，食蟲性的爬蟲類具有溶解幾丁質的酶（chitinolytic enzymes）。只有會吃下含有幾丁質昆蟲的爬蟲類具有幾丁質酶（chitinase），這種酶是由其胃和胰腺所分泌的。這對於他們將獵物堅硬的外骨骼開啟，進而將其初步水解為殼二糖（chitobiose）還有殼三糖（chitotriose）來說是最重要的一種酶（Skoczylas 1978）。接著殼二糖酶（chitobiase）可接續將其分解成遊離的乙醯葡萄糖胺。然而這種酶在消化功能上的重要性似乎不高，因為並非在每一種食蟲性爬蟲類中都存在。消化的速率則視外骨骼的堅硬程度而不同（Skoczylas 1978）。
植物的消化
一般來說，植物含有許多無法消化的物質，像是纖維素（cellulose）、木質素（lignin）等，而且植物本身也並不適合一般的消化液去作用。所以爬蟲類便必須利用包括機械性破壞及與微生物協同作用等方式來協助消化。草食爬蟲類會利用牙齒和下顎機械性地研磨食物，大腸內的微生物則可使食物發酵並降解成揮發性脂肪酸。為了這樣的發酵過程，他們的結腸變得相當大（無論長度還是容量都是），且食物在腸道內停留的時間，比起肉食動物來說要久得多（King 1996c；Lichtenbelt1992；Troyer 1984）。對他們來說，食物中的纖維對腸道運動十分重要。他們比起同體型的肉食爬蟲類來說，攝取的食物量較多，也偏好新長出的嫩葉，原因可能是蛋白質含量較高且交易消化。比起肉食性來，草食爬蟲類的消化銷量明顯較低（King 1996b）。
餵食頻率
爬蟲類不像是其他恆溫動物需要大量熱量以維持體溫，所以他們僅需要鳥類及哺乳類需求量的一小部分便得以存活（Bennett & Nagy 1977）。低代謝率和高食物利用率讓他們進食的間隔得以拉長很多。影響他們餵食頻率的因素也包括了溫度、體型、生殖狀態、健康狀況以及季節變化等。像是蟒蛇等大型肉食爬蟲類只需要數月進食一次即可。爬蟲類會在脫皮階段不進食，特別是在脫皮之前以及正在脫皮期間尤為明顯。
消化速率
消化速率和溫度息息相關，當溫度降低時，腸道的運動能力、消化液的分泌還有整體代謝速率都會降低（King 1996c）。當溫度在10~15℃時，消化功能會變得極緩慢；而當溫度低於7℃時消化功能則會完全停止。食物在消化道之中停留的時間也會因為食物的成分、消化道的活動力及長度，還有動物的整體健康狀況而有所變化。草食爬蟲類的消化時間較長，常會需要好幾天時間才能夠完全消化食物（King 1996c）
爬蟲類的消化道比起鳥類及哺乳動物短得多，肉食爬蟲類的消化道構造簡單，而草食類則有很大的盲腸及結腸。肉食爬蟲類選擇利用脂肪和蛋白質當做食物來源；而草食爬蟲類則是利用水溶性碳水化合物及發酵的纖維當做營養來源。雜食者則脂肪、蛋白質以及碳水化合物三者都需要。
胃腸道
爬蟲類和鳥類皆缺乏嘴唇與前肢的協助，所以只能藉由下顎，有時甚至要靠舌頭來協助採食。咀嚼的行為會因品種差異而有所改變，但無論如何都遠比哺乳類的咀嚼行為要少得多。爬蟲類為了要提供食物的潤滑度，口腔內分泌腺的發育相當複雜（如顎、舌下還有下顎骨等）。許多蛇類則將這樣的腺體特化為像是杜氏腺（Duvernoy’s gland）的毒液腺，可以防止獵物逃脫或移動，也可避免對其脆弱頭骨可能的損傷。
爬蟲類的胃部較小，胃內會分泌鹽酸，鹽酸的功能除了可以預防食物腐敗之外，還可以進一步殺死獵物，並且能協助將食物中的骨質成分進行脫鈣作用（decalcifying）（Skoczylas 1978）。在放射線影像學檢查中，時常可以看到胃石，但除了鱷魚之外，胃石對於爬蟲類正常消化並不具任何實質上的功能，多半都是誤食而入的。爬蟲類的肝臟相當大，在蛇類則延伸得很長。通常爬蟲類具有膽囊。膽綠素（biliverdin）為最主要的膽色素，因為爬蟲類並沒有膽綠素還原酶（biliverdin reductase）可以產生膽紅素（bilirubin）。如陸龜等草食性爬蟲類的盲腸非常發達，相對在多數的蛇則否。爬蟲類並沒有皮下脂肪，他們將脂肪以脂肪體（fat bodies）的形式儲存在後側體腔及尾部之中。
洩殖腔
爬蟲類的直腸末端為一囊狀構造，稱之為洩殖腔（cloaca）。洩殖腔是由以下幾個部分組成：糞竇（copradeum）、尿竇（urodeum）以及肛竇（proctodeum）。位在較前側的腔室是糞竇，功能為收集糞便；位在中間的腔室為尿竇，為輸尿管和生殖系統的開口；而位在最後側的腔室稱為肛竇，會將所有排洩廢物收集起來，統一排出。各腔室會藉由橫走的黏膜褶皺將一部分的腔室邊界區隔開來。
對生存在沙漠中的爬蟲類來說，洩殖腔在水分儲存上扮演了很重要的角色。通常食物會在下消化道停留一小段時間，此時是結腸對其內容物進行必要水分吸收的最好時機；而尿液則會在洩殖腔進行水分吸收。最後排出的糞便內容物將僅剩一些無法消化的物質，如毛髮、喙、爪、卵殼、幾丁質殘餘物還有一些部分消化的草類等等（Bellairs 1969c）。
幾丁質的消化
昆蟲的外骨骼是由堅硬而厚重的幾丁質所構成。幾丁質是一種乙醯葡萄糖胺（acetylglucosamine）的聚合物，對於化學物質具有相當好的抵抗能力。然而，食蟲性的爬蟲類具有溶解幾丁質的酶（chitinolytic enzymes）。只有會吃下含有幾丁質昆蟲的爬蟲類具有幾丁質酶（chitinase），這種酶是由其胃和胰腺所分泌的。這對於他們將獵物堅硬的外骨骼開啟，進而將其初步水解為殼二糖（chitobiose）還有殼三糖（chitotriose）來說是最重要的一種酶（Skoczylas 1978）。接著殼二糖酶（chitobiase）可接續將其分解成遊離的乙醯葡萄糖胺。然而這種酶在消化功能上的重要性似乎不高，因為並非在每一種食蟲性爬蟲類中都存在。消化的速率則視外骨骼的堅硬程度而不同（Skoczylas 1978）。
植物的消化
一般來說，植物含有許多無法消化的物質，像是纖維素（cellulose）、木質素（lignin）等，而且植物本身也並不適合一般的消化液去作用。所以爬蟲類便必須利用包括機械性破壞及與微生物協同作用等方式來協助消化。草食爬蟲類會利用牙齒和下顎機械性地研磨食物，大腸內的微生物則可使食物發酵並降解成揮發性脂肪酸。為了這樣的發酵過程，他們的結腸變得相當大（無論長度還是容量都是），且食物在腸道內停留的時間，比起肉食動物來說要久得多（King 1996c；Lichtenbelt1992；Troyer 1984）。對他們來說，食物中的纖維對腸道運動十分重要。他們比起同體型的肉食爬蟲類來說，攝取的食物量較多，也偏好新長出的嫩葉，原因可能是蛋白質含量較高且交易消化。比起肉食性來，草食爬蟲類的消化銷量明顯較低（King 1996b）。
餵食頻率
爬蟲類不像是其他恆溫動物需要大量熱量以維持體溫，所以他們僅需要鳥類及哺乳類需求量的一小部分便得以存活（Bennett & Nagy 1977）。低代謝率和高食物利用率讓他們進食的間隔得以拉長很多。影響他們餵食頻率的因素也包括了溫度、體型、生殖狀態、健康狀況以及季節變化等。像是蟒蛇等大型肉食爬蟲類只需要數月進食一次即可。爬蟲類會在脫皮階段不進食，特別是在脫皮之前以及正在脫皮期間尤為明顯。
消化速率
消化速率和溫度息息相關，當溫度降低時，腸道的運動能力、消化液的分泌還有整體代謝速率都會降低（King 1996c）。當溫度在10~15℃時，消化功能會變得極緩慢；而當溫度低於7℃時消化功能則會完全停止。食物在消化道之中停留的時間也會因為食物的成分、消化道的活動力及長度，還有動物的整體健康狀況而有所變化。草食爬蟲類的消化時間較長，常會需要好幾天時間才能夠完全消化食物（King 1996c）