胚胎在發育過程中，必須不斷與外界進行熱能交換，得到氧氣供應的同時排出二氧化碳和水分。並且隨著胚齡的增長而增強，特別是孵化後期，鴨胚開始用肺呼吸，耗氧量更大，排出的二氧化碳更多，此時如果熱量散不出去，溫度過高，將嚴重阻礙胚胎的正常發育，甚至被“燒死”。因此，孵化器內部的通風換氣，不僅可提供胚胎髮育所需的氧氣，促進二氧化碳的排出，而且可使孵化器內溫度均勻，驅散餘熱，保證胚胎的正常發育。保持孵化器內空氣的一定流速和流動方向是十分必要的。通風不良時，孵化器內空氣流通不暢，溼度增大，胚蛋不易散熱；通風過度時，則會造成溫度和溼度都難於保持，特別是外界氣溫與孵化溫度相差很大時，冷的外界空氣直接進入孵化器會使孵化溫度迅速下降，加大了孵化成本。因此，應注意孵化器內通氣孔位置、大小和進氣孔啟開的程度，以控制孵化器內空氣的流速和路線。為維持孵化器內空氣新鮮和風速正常，通氣孔的大小和位置應適當，通常在孵化初期，氣孔宜開啟1/4～1/3，以後逐漸加大，至出殼時全部開啟。調節通氣孔的大小位置特別重要，應按照孵化機的說明要求操作。冬季或早春孵化時，應注意控制通風量；夏季孵化時，應注意適當加大通風量。此外，孵化室的通風換氣也是一個不可忽視的問題。除了保持孵化器與天花板有適當距離外，還應備有排風裝置，以保證室內空氣新鮮。