1.細胞核有無。真核生物有雙層膜包圍的細胞核，原核生物只有DNA分子集中的核區或稱擬核，無膜包裹。

2.細胞壁成分。真核生物有以纖維素和果膠質為主的細胞壁（植物），以葡聚糖和甘露聚糖為主的細胞壁（酵母），以幾丁質為主的細胞壁（多細胞真菌）或無細胞壁（動物、黏菌），原核生物有肽聚糖為主的細胞壁（細菌、放線菌）或無細胞壁（支原體）。

3.細胞膜成分。真核生物細胞膜含固醇，原核生物除支原體外細胞膜中均無固醇。

4.DNA形態。真核生物基因組DNA為線性，分裂間期為30nm螺線管，分裂期高度盤繞成染色體。原核生物基因組為一高度盤繞的環狀超螺旋DNA。

5.DNA結合蛋白。真核生物DNA與組蛋白結合，形成核小體結構。原核生物DNA裸露。

6.基因結構。真核生物基因中存在大量內含子等非編碼區。原核生物無。

7.基因表達。真核生物的RNA轉錄本為單順反子，必須經過加工切除內含子，成為mRNA進入胞質後才能翻譯。原核生物的RNA轉錄本直接作為mRNA，為多順反子，可以邊轉錄邊翻譯。

8.蛋白質修飾。真核生物的蛋白存在糖基化修飾。原核生物無。

9.細胞質基質形態。真核生物細胞質基質中有細胞骨架，能流動。原核生物基質無細胞骨架，不流動。

10.細胞器形態。真核生物細胞有多種以單位膜包裹的細胞器，有複雜的內膜系統（內質網、高爾基體等）。原核生物只有核糖體一種細胞器，無內膜系統。

11.細胞分裂方式。真核生物為有絲分裂、減數分裂和無絲分裂。原核生物為簡單二分裂。

12.細胞分化。真核生物除單細胞和少數多細胞群體外均有。原核生物均無，全部為單細胞或群體。

13.有性生殖。真核生物絕大部分行有性生殖。原核生物為無性生殖。