根據你的測序需要，如果是僅僅檢測表達，可以使用單端的短序列測序，一般10M以上reads都滿足要求，如果是還要檢測SNP或可變剪下以及新基因之類的話需要使用更長片段的雙端測序，一般2x100以上或者2x125，資料量大概在2-3G以上，當然越多越好。轉錄組學的研究物件包括mRNA和非編碼RNA等。新一代高通量測序技術可以全面快速地獲得特定細胞或組織在某一個狀態下幾乎所有轉錄本的序列資訊和表達資訊，從而準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記（SNPs或SSR）等生命科學的重要問題。 基因表達譜測序是直接對某一物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的mRNA進行高通量測序，可以用來研究基因的表達差異情況。該技術結合了轉錄組測序建庫的實驗方法，與轉錄組測序相比，基因表達譜測序要求的讀長更短，測序通量更小，但僅可用於基因表達差異的研究。 轉錄組測序是RNA水平測序，相當於DNA水平的基因組測序，是一個框架。表達譜主要研究的是基因表達量的變化，上調或下降。先要有轉錄組或是基因組才可以做表達譜，否則沒有Ref做參考。 轉錄組測序和表達譜測序其實都是透過高通量測序技術進行的，轉錄組測序主要是針對沒有參考基因組（即基因組未完成測序）的物種，側重於獲得你材料的全部轉錄組資訊；而表達譜則側重於檢測各個基因的表達量。