神經細胞發出的熒光應該很微弱，所以第一步應該是想方設法把微弱的熒光收集起來，可以採用數值孔徑(N.A.)比較大的物鏡收集，然後將收集到的光透過反射鏡或者光纖引入光探測器進行探測。熒光相對於激發光弱得多，所以在探測熒光之前應先把激發光過濾掉，以免熒光被強烈的激發光埋沒以及太強的激發光對探測器造成損傷，常用的手段是根據激發光和熒光的波長選取合適的濾光片，如長波通濾光片(Longpass Filter)或者陷波濾光片(Notch Filter)，將激發光濾掉同時讓熒光透過。光探測器需要根據你的實驗條件和目的進行選擇，如果想要對神經細胞成像，可以選擇合適的CCD或者CMOS，這裡要注意熒光的波長和強度，如果熒光波長大於1.1um，則需要適用於紅外波段的CCD或CMOS，因為一般的CCD/CMOS都是用Si製成的，只能探測到波長小於1.1um的光，另外如果熒光的強度非常弱，以至於會被CCD/CMOS的噪聲埋沒，則需要液氮或者半導體制冷的CCD/CMOS，以降低器件噪聲，提高信噪比。如果只是想探測熒光，不需要對細胞成像，可以根據熒光波長選取合適的雪崩二極體(APD)或者光電倍增管(PMT)，因為它們可以對訊號放大，進而探測到微弱的光訊號。

鏡檢熒光只是定性的看到你的蛋白有表達並能定位，如果要定量的話最好做realtime PCR 並作western blot 驗證，這樣才能知道你的蛋白比較精確的表達量。